Eric Coissac
5c1584967f
The command now supports reopening existing indexes instead of failing when the output file exists. Control flow branches between opening an existing index and constructing a new one, moving configuration setup exclusively to the creation path. Directory existence is enforced upfront with proper I/O error propagation. The --force flag retains its original semantics by removing the target directory before proceeding with a fresh build.
1.5 KiB
1.5 KiB
Coverage: implementation/layer_tier.md
Code couvert
obikindex/src/layer/mphf_layer.rs— MphfLayer, LayerEvidence enum (Exact/Approx), find(), find_exact(), find_approx()obikindex/src/layer/typed_layer.rs— Layer, trait LayerData, modes () / PersistentCompactIntMatrix / PersistentBitMatrix, build(), build_evidence(), append_genome_column()obikindex/src/layer/map.rs— LayeredMap, push_layer(), query()obikindex/src/layer/evidence.rs— Evidence, EvidenceWriter, encodage chunk_id:rankobikindex/src/layer/fingerprint.rs— FingerprintVec, FingerprintVecWriter, matches()obikindex/src/layer/meta.rs— LayerMeta, EvidenceKind (Exact / Approx { b, z })
Notes
FORT RISQUE DE DÉRIVE. C'est le fichier le plus affecté par les changements récents :
- EvidenceKind (Exact / Approx) est désormais un concept de premier plan — toute la sémantique de query en dépend
LayerEvidenceenum interne àMphfLayer: dispatch transparent find() → find_exact() ou find_approx()fingerprint.rs: module entièrement nouveau (FingerprintVec + FingerprintVecWriter)build_evidence()/build_exact_evidence()/build_approx_evidence()sont nouveauxblock_bitsdans les fonctions build : O(1) garanti avec le chemin chaud explicit pour block_bits=0- Séparation open() (accès aléatoire, requiert .idx) vs open_sequential() (itération seule) Pratiquement toute cette page est à réécrire.