Eric Coissac
13599dd444
This change introduces the `query` CLI command and its supporting infrastructure for sequence-to-genome mapping and k-mer matching. It adds a `QueryLayer` abstraction backed by MPHF and persistent matrices, exposes the index partition for direct querying, and implements `Hash`/`Eq` for `RoutableSuperKmer`. The command ingests sequence batches, deduplicates superkmers, routes them to index partitions for parallel exact or 1-mismatch matching, and outputs results as FASTA records annotated with JSON metadata. Includes `serde_json` dependency addition, module exports, and documentation updates.
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## commandes à ajouter
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- aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.
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- query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes
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--detail et --mismatch à implementer
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- status : affiche le statut de l'index
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