Eric Coissac
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Removes circular-reverse complement machinery and explicit k-mer canonicalization across the entropy pipeline. Frequency tallying and Shannon entropy computation now operate directly on raw k-mer values, eliminating prior score inflation and alignment-dependent artifacts while preserving orientation invariance. Updates build scripts to generate normalized lookup tables for k-mer lengths 1–6, restricts the public API to `EntropyTracker`, and bumps crate versions. Documentation is updated to reflect the simplified raw-value approach and revised module structure.
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Coverage: theory/entropy.md
Code couvert
obikentropy/src/table.rs,obikentropy/src/tracker.rs— formule d'entropie et tables de correction petits effectifsobikentropy/src/kmer_entropy.rs— entropie d'un kmer isolé (KmerEntropy)obiskbuilder/src/rolling_stat.rs— composition deobikentropy::EntropyTrackerdans le suivi streaming (sélection de minimiseur + entropie)obiskbuilder/src/iter.rs,obiskbuilder/src/stream_iter.rs— application du filtre lors du scatter (phase 1)
Notes
Le repli en classes d'équivalence circulaires + brin inverse (décrit dans une version antérieure de ce document) a été supprimé : voir la section « Why no equivalence classes » de entropy.md pour la justification théorique et numérique.
Vérifier que les paramètres theta et level_max dans le CLI
(obikmer/src/cli.rs → CommonArgs) correspondent bien à ce qui est décrit.