Eric Coissac
5c1584967f
The command now supports reopening existing indexes instead of failing when the output file exists. Control flow branches between opening an existing index and constructing a new one, moving configuration setup exclusively to the creation path. Directory existence is enforced upfront with proper I/O error propagation. The --force flag retains its original semantics by removing the target directory before proceeding with a fresh build.
1.1 KiB
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Coverage: implementation/unitig_evidence.md
Code couvert
obiskio/src/unitig_index.rs— format unitigs.bin + unitigs.bin.idx, UnitigFileWriter, UnitigFileReader, build_unitig_idx(), DEFAULT_BLOCK_BITS=0, chemin chaud block_bits=0 dans chunk_start()obikindex/src/layer/evidence.rs— encodage Evidence (chunk_id 25 bits | rank 7 bits), EvidenceWriterobidebruinj/src/debruijn.rs— extraction unitigs, chunking à MAX_KMERS_PER_CHUNK
Notes
FORT RISQUE DE DÉRIVE. Changements récents :
DEFAULT_BLOCK_BITSest passé de 6 à 0 (accès O(1) par défaut)block_bitsest maintenant un paramètre runtime debuild_unitig_idx()etUnitigFileWriterchunk_start()a un chemin chaud explicite pour block_bits=0 (accès tableau direct, 0 scan)open()vsopen_sequential(): distinction nouvelle, importante pour la compréhension du coûtiter_unitigs()ajouté comme alias public deiter_chunks_sequential()Mettre à jour la description du format .idx et le modèle de coût d'accès aléatoire.