Eric Coissac
16a6b0d033
Introduces `EvidenceKind` and `LayerMeta` structs to manage per-layer evidence configuration and false-positive parameters. Adds JSON serialization for layer metadata persistence and updates `build_approx_evidence` to accept a `z` parameter for consecutive k-mer thresholds. Exposes these types publicly and documents a future `aggregate` command for merging index matrix columns.
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## A finir dans le cadre de l'extension des index à une forme approximative
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- Il faut avoir un chemin explicite pour construire en mode exact avec des méthodes qui ont ce mot exact à l'intérieur.
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- pub fn find_exact (src/obilayeredmap/src/mphf_layer.rs)
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- pub fn build_exact_evidence (src/obilayeredmap/src/layer.rs)
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Comme elles existent actuellement pour le mode approx.
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Ensuite, il faudra définir des méthodes génériques
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- find()
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- build_evidence()
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qui utilise la bonne version suivant le mode de l'index de manière complètement transparente.
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Avec ce système, tout le reste du code devrait être insensible au fait que l'on utilise un index exact ou approximatif.
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Sauf qu'avec un index approximatif, les résultats seront approximatifs.
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## commandes à ajouter
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- aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.
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- query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes
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--detail et --mismatch à implementer
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- status : affiche le statut de l'index
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