Eric Coissac
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This commit introduces a new `distance` CLI subcommand that computes pairwise genomic distance matrices using configurable metrics (Jaccard, Hamming, Bray-Curtis, Euclidean, and Hellinger). It optionally generates phylogenetic trees (NJ or UPGMA) in Newick format and outputs results as CSV. The implementation adds a robust distance computation backend that dynamically routes to optimized backends based on index configuration, supports parallel iteration, and gracefully handles missing data. Additionally, it adds a `dump` task for exporting k-mer to genome mappings as CSV, introduces an `InvalidInput` error variant, updates dependencies to support numerical operations and tree construction, and performs minor module reorganizations.
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## Chose à vérifier suite à la commande index
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- il faudrait lister les fichier qui vont être indexés
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- partition.meta ne devrait plus exister
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- les spectrums globaux devrait etre identifier par génome
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- regrouper dans un sous-dossier spectrums à la racine de l'index avec un nom basé sur le génome
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- les spectrum patiels ont-ils vocation à être conserver ?
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- l'étape de déreplication dure quasiment autant de temps que le comptage mais ne laisse aucune trace de progression à l'utilisateur
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## commandes à ajouter
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- filter : produit un nouvel index filtré à partir d'un index existant en verifiant que les kmer présents dans le nouvel index respectent les critères de filtrage spécifiés
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- quorum de presence en fraction-(min/max) du nombre de génomes, en nombre-(min/max) de génomes, si mode count la présence peut être défini par un seuil personnalisé minimum et maximum
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- aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.
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- query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes
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- distance : calcule la matrice de distance entre les genomes
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- proposer une option pour chaque distance à calculer
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- un possibité de récuperer la matrice des kmer communs
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- un possibité de calculer l'arbre nj
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- les matrices sont sauvegardées en CSV
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- les arbres NJ sont sauvegardés en Newick avec les longeurs de branche
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- status : affiche le statut de l'index
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