Eric Coissac
fd2c23e7df
Removes circular-reverse complement machinery and explicit k-mer canonicalization across the entropy pipeline. Frequency tallying and Shannon entropy computation now operate directly on raw k-mer values, eliminating prior score inflation and alignment-dependent artifacts while preserving orientation invariance. Updates build scripts to generate normalized lookup tables for k-mer lengths 1–6, restricts the public API to `EntropyTracker`, and bumps crate versions. Documentation is updated to reflect the simplified raw-value approach and revised module structure.
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# Coverage: theory/entropy.md
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## Code couvert
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- `obikentropy/src/table.rs`, `obikentropy/src/tracker.rs` — formule d'entropie et tables de correction petits effectifs
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- `obikentropy/src/kmer_entropy.rs` — entropie d'un kmer isolé (`KmerEntropy`)
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- `obiskbuilder/src/rolling_stat.rs` — composition de `obikentropy::EntropyTracker` dans le suivi streaming (sélection de minimiseur + entropie)
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- `obiskbuilder/src/iter.rs`, `obiskbuilder/src/stream_iter.rs` — application du filtre lors du scatter (phase 1)
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## Notes
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Le repli en classes d'équivalence circulaires + brin inverse (décrit dans une version antérieure de ce document) a été supprimé : voir la section « Why no equivalence classes » de `entropy.md` pour la justification théorique et numérique.
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Vérifier que les paramètres `theta` et `level_max` dans le CLI
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(`obikmer/src/cli.rs` → `CommonArgs`) correspondent bien à ce qui est décrit.
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