Add Jaccard distance and similarity computations for KmerSet and KmerSetGroup
This commit introduces Jaccard distance and similarity methods for KmerSet and KmerSetGroup.
For KmerSet:
- Added JaccardDistance method to compute the Jaccard distance between two KmerSets
- Added JaccardSimilarity method to compute the Jaccard similarity between two KmerSets
For KmerSetGroup:
- Added JaccardDistanceMatrix method to compute a pairwise Jaccard distance matrix
- Added JaccardSimilarityMatrix method to compute a pairwise Jaccard similarity matrix
Also includes:
- New DistMatrix implementation in pkg/obidist for storing and computing distance/similarity matrices
- Updated version handling with bump-version target in Makefile
- Added tests for all new methods
This commit translates all French comments in the kmer filtering and set management code to English, improving code readability and maintainability for international collaborators.
Ajout de la fonctionnalité de sauvegarde et de chargement pour FrequencyFilter en utilisant le KmerSetGroup sous-jacent.
- Nouvelle méthode Save() pour enregistrer le filtre dans un répertoire avec formatage des métadonnées
- Nouvelle méthode LoadFrequencyFilter() pour charger un filtre depuis un répertoire
- Initialisation des métadonnées lors de la création du filtre
- Optimisation des méthodes Union() et Intersect() du KmerSetGroup
- Mise à jour du commit hash
This commit refactors the KmerSet and related structures to use an immutable K parameter and introduces consistent Copy methods instead of Clone. It also adds attribute API support for KmerSet and KmerSetGroup, and updates persistence logic to handle IDs and metadata correctly.
Cette modification ajoute la capacité de stocker et de persister des métadonnées utilisateur dans les structures KmerSet et KmerSetGroup. Les changements incluent l'ajout d'un champ Metadata dans KmerSet et KmerSetGroup, ainsi que la mise à jour des méthodes de clonage et de persistance pour gérer ces métadonnées. Cela permet de conserver des informations supplémentaires liées aux ensembles de k-mers tout en maintenant la compatibilité avec les opérations existantes.
Refactor FrequencyFilter to inherit from KmerSetGroup for better code organization and maintainability. This change replaces the direct bitmap management with a group-based approach, simplifying the implementation and improving readability.
