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Author	SHA1	Message	Date
Eric Coissac	a7ea47624b	Optimisation du parsing des grandes séquences ... Implémente une optimisation du parsing des grandes séquences en évitant l'allocation de mémoire inutile lors de la fusion des chunks. Ajoute un support pour le parsing direct de la structure rope, ce qui permet de réduire les allocations et d'améliorer les performances lors du traitement de fichiers GenBank/EMBL et FASTA/FASTQ de plusieurs Gbp. Les parseurs sont mis à jour pour utiliser la rope non-packée et le nouveau mécanisme d'écriture in-place pour les séquences GenBank.	2026-03-10 14:20:21 +01:00
Eric Coissac	5a3705b6bb	Adds the --silent-warning options to the obitools commands and removes the --pared-with option from some of the obitols commands.	2025-03-25 16:44:46 +01:00
Eric Coissac	3a1cf4fe97	Accelerate the speed of very long fasta sequences, and more generaly of every format	2025-03-12 13:29:41 +01:00
Eric Coissac	00b0edc15a	refactoring of the file chunck writing	2024-11-29 18:15:03 +01:00