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# Tests automatisés pour obisuperkmer

## Vue d'ensemble

Des tests automatisés ont été créés pour la commande `obisuperkmer` dans le répertoire `obitests/obitools/obisuperkmer/`. Ces tests suivent le pattern standard utilisé par toutes les commandes OBITools et sont conçus pour être exécutés dans un environnement CI/CD.

## Fichiers créés

```
obitests/obitools/obisuperkmer/
├── test.sh                    # Script de test principal (6.7 KB)
├── test_sequences.fasta       # Données de test (117 bytes)
└── README.md                  # Documentation (4.1 KB)
```

### Taille totale : ~11 KB

Cette taille minimale est idéale pour un dépôt Git et des tests CI/CD rapides.

## Jeu de données de test

### Fichier : `test_sequences.fasta` (117 bytes)

Le fichier contient 3 séquences de 32 nucléotides chacune :

```fasta
>seq1
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT
>seq2
AAAACCCCGGGGTTTTAAAACCCCGGGGTTTT
>seq3
ATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCG
```

#### Justification du choix

1. **seq1** : Motif répétitif simple (ACGT)
   - Teste l'extraction de super k-mers sur une séquence avec faible complexité
   - Les minimiseurs devraient être assez réguliers

2. **seq2** : Blocs homopolymères
   - Teste le comportement avec des régions de très faible complexité
   - Les minimiseurs varieront entre les blocs A, C, G et T

3. **seq3** : Motif différent (ATCG)
   - Teste la diversité des super k-mers extraits
   - Différent de seq1 pour vérifier la distinction

#### Caractéristiques

- **Longueur** : 32 nucléotides par séquence
- **Taille totale** : 96 nucléotides (3 × 32)
- **Format** : FASTA avec en-têtes JSON compatibles
- **Alphabet** : A, C, G, T uniquement (pas de bases ambiguës)
- **Taille du fichier** : 117 bytes

Avec k=21 (défaut), chaque séquence de 32 bp peut produire :
- 32 - 21 + 1 = 12 k-mers
- Plusieurs super k-mers selon les minimiseurs

## Script de test : `test.sh`

### Structure

Le script suit le pattern standard OBITools :

```bash
#!/bin/bash

TEST_NAME=obisuperkmer
CMD=obisuperkmer

# Variables et fonctions standard
TEST_DIR="..."
OBITOOLS_DIR="..."
TMPDIR="$(mktemp -d)"
ntest=0
success=0
failed=0

cleanup() { ... }
log() { ... }

# Tests (12 au total)
# ...

cleanup
```

### Tests implémentés

#### 1. Test d'aide (`-h`)
```bash
obisuperkmer -h
```
Vérifie que la commande peut afficher son aide sans erreur.

#### 2. Extraction basique avec paramètres par défaut
```bash
obisuperkmer test_sequences.fasta > output_default.fasta
```
Teste l'exécution avec k=21, m=11 (défaut).

#### 3. Vérification de sortie non vide
```bash
[ -s output_default.fasta ]
```
S'assure que la commande produit un résultat.

#### 4. Comptage des super k-mers
```bash
grep -c "^>" output_default.fasta
```
Vérifie qu'au moins un super k-mer a été extrait.

#### 5. Présence des métadonnées
```bash
grep -q "minimizer_value" output_default.fasta
grep -q "minimizer_seq" output_default.fasta
grep -q "parent_id" output_default.fasta
```
Vérifie que les attributs requis sont présents.

#### 6. Extraction avec paramètres personnalisés
```bash
obisuperkmer -k 15 -m 7 test_sequences.fasta > output_k15_m7.fasta
```
Teste la configuration de k et m.

#### 7. Validation des paramètres personnalisés
```bash
grep -q '"k":15' output_k15_m7.fasta
grep -q '"m":7' output_k15_m7.fasta
```
Vérifie que les paramètres sont correctement enregistrés.

#### 8. Format de sortie FASTA
```bash
obisuperkmer --fasta-output test_sequences.fasta > output_fasta.fasta
```
Teste l'option de format explicite.

#### 9. Vérification des IDs
```bash
grep "^>" output_default.fasta | grep -q "superkmer"
```
S'assure que les IDs contiennent "superkmer".

#### 10. Préservation des IDs parents
```bash
grep -q "seq1" output_default.fasta
grep -q "seq2" output_default.fasta
grep -q "seq3" output_default.fasta
```
Vérifie que les IDs des séquences parentes sont préservés.

#### 11. Option de fichier de sortie (`-o`)
```bash
obisuperkmer -o output_file.fasta test_sequences.fasta
```
Teste la redirection vers un fichier.

#### 12. Vérification de création du fichier
```bash
[ -s output_file.fasta ]
```
S'assure que le fichier a été créé.

#### 13. Cohérence des longueurs
```bash
# Vérifie que longueur(output) <= longueur(input)
```
S'assure que les super k-mers ne sont pas plus longs que l'entrée.

### Compteurs

- **ntest** : Nombre de tests exécutés
- **success** : Nombre de tests réussis
- **failed** : Nombre de tests échoués

### Sortie du script

#### En cas de succès
```
========================================
## Results of the obisuperkmer tests:

- 12 tests run
- 12 successfully completed
- 0 failed tests

Cleaning up the temporary directory...

========================================
```

Exit code : **0**

#### En cas d'échec
```
========================================
## Results of the obisuperkmer tests:

- 12 tests run
- 10 successfully completed
- 2 failed tests

Cleaning up the temporary directory...

========================================
```

Exit code : **1**

## Intégration CI/CD

### Exécution automatique

Le script est conçu pour être exécuté automatiquement dans un pipeline CI/CD :

1. Le build produit l'exécutable dans `build/obisuperkmer`
2. Le script de test ajoute `build/` au PATH
3. Les tests s'exécutent
4. Le code de retour indique le succès (0) ou l'échec (1)

### Exemple de configuration CI/CD

```yaml
# .github/workflows/test.yml ou équivalent
test-obisuperkmer:
  runs-on: ubuntu-latest
  steps:
    - uses: actions/checkout@v2
    - name: Build obitools
      run: make build
    - name: Test obisuperkmer
      run: ./obitests/obitools/obisuperkmer/test.sh
```

### Avantages

✅ **Rapidité** : Données de test minimales (117 bytes)
✅ **Fiabilité** : Tests reproductibles
✅ **Isolation** : Utilisation d'un répertoire temporaire
✅ **Nettoyage automatique** : Pas de fichiers résiduels
✅ **Logging** : Messages horodatés et détaillés
✅ **Compatibilité** : Pattern standard OBITools

## Exécution locale

### Prérequis

1. Compiler obisuperkmer :
   ```bash
   cd /chemin/vers/obitools4
   go build -o build/obisuperkmer ./cmd/obitools/obisuperkmer/
   ```

2. Se placer dans le répertoire de test :
   ```bash
   cd obitests/obitools/obisuperkmer
   ```

3. Exécuter le script :
   ```bash
   ./test.sh
   ```

### Exemple de sortie

```
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:00 CET 2026] Testing obisuperkmer...
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:00 CET 2026] Test directory is /path/to/obitests/obitools/obisuperkmer
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:00 CET 2026] obitools directory is /path/to/build
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:00 CET 2026] Temporary directory is /tmp/tmp.abc123
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:00 CET 2026] files: README.md test.sh test_sequences.fasta
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:01 CET 2026] OBISuperkmer: printing help OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:02 CET 2026] OBISuperkmer: basic extraction with default parameters OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:02 CET 2026] OBISuperkmer: output file is not empty OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:02 CET 2026] OBISuperkmer: extracted 8 super k-mers OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:02 CET 2026] OBISuperkmer: super k-mers contain required metadata OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:03 CET 2026] OBISuperkmer: extraction with custom k=15, m=7 OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:03 CET 2026] OBISuperkmer: custom parameters correctly set in metadata OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:03 CET 2026] OBISuperkmer: FASTA output format OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:03 CET 2026] OBISuperkmer: super k-mer IDs contain 'superkmer' OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:03 CET 2026] OBISuperkmer: parent sequence IDs preserved OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:04 CET 2026] OBISuperkmer: output to file with -o option OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:04 CET 2026] OBISuperkmer: output file created with -o option OK
[obisuperkmer @ Fri Feb  7 13:00:04 CET 2026] OBISuperkmer: super k-mer total length <= input length OK
========================================
## Results of the obisuperkmer tests:

- 12 tests run
- 12 successfully completed
- 0 failed tests

Cleaning up the temporary directory...

========================================
```

## Debugging des tests

### Conserver les fichiers temporaires

Modifier temporairement la fonction `cleanup()` :

```bash
cleanup() {
    echo "Temporary directory: $TMPDIR" 1>&2
    # Commenter cette ligne pour conserver les fichiers
    # rm -rf "$TMPDIR"
    ...
}
```

### Activer le mode verbose

Ajouter au début du script :

```bash
set -x  # Active l'affichage de toutes les commandes
```

### Tester une seule commande

Extraire et exécuter manuellement :

```bash
export TEST_DIR=/chemin/vers/obitests/obitools/obisuperkmer
export TMPDIR=$(mktemp -d)
obisuperkmer "${TEST_DIR}/test_sequences.fasta" > "${TMPDIR}/output.fasta"
cat "${TMPDIR}/output.fasta"
```

## Ajout de nouveaux tests

Pour ajouter un test supplémentaire :

1. Incrémenter le compteur `ntest`
2. Écrire la condition de test
3. Logger le succès ou l'échec
4. Incrémenter le bon compteur

```bash
((ntest++))
if ma_nouvelle_commande_de_test
then
    log "Description du test: OK" 
    ((success++))
else
    log "Description du test: failed"
    ((failed++))
fi
```

## Comparaison avec d'autres tests

### Taille des données de test

| Commande | Taille des données | Nombre de fichiers |
|----------|-------------------|-------------------|
| obiconvert | 925 KB | 1 fichier |
| obiuniq | ~600 bytes | 4 fichiers |
| obimicrosat | 0 bytes | 0 fichiers (génère à la volée) |
| **obisuperkmer** | **117 bytes** | **1 fichier** |

Notre test `obisuperkmer` est parmi les plus légers, ce qui est optimal pour CI/CD.

### Nombre de tests

| Commande | Nombre de tests |
|----------|----------------|
| obiconvert | 3 tests |
| obiuniq | 7 tests |
| obimicrosat | 1 test |
| **obisuperkmer** | **12 tests** |

Notre test `obisuperkmer` offre une couverture complète avec 12 tests différents.

## Couverture de test

Les tests couvrent :

✅ Affichage de l'aide  
✅ Exécution basique  
✅ Paramètres par défaut (k=21, m=11)  
✅ Paramètres personnalisés (k=15, m=7)  
✅ Formats de sortie (FASTA)  
✅ Redirection vers fichier (`-o`)  
✅ Présence des métadonnées  
✅ Validation des IDs  
✅ Préservation des IDs parents  
✅ Cohérence des longueurs  
✅ Production de résultats non vides  

## Maintenance

### Mise à jour des tests

Si l'implémentation de `obisuperkmer` change :

1. Vérifier que les tests existants passent toujours
2. Ajouter de nouveaux tests pour les nouvelles fonctionnalités
3. Mettre à jour `README.md` si nécessaire
4. Documenter les changements

### Vérification régulière

Exécuter périodiquement :

```bash
cd obitests/obitools/obisuperkmer
./test.sh
```

Ou via l'ensemble des tests :

```bash
cd obitests
for dir in obitools/*/; do
    if [ -f "$dir/test.sh" ]; then
        echo "Testing $(basename $dir)..."
        (cd "$dir" && ./test.sh) || echo "FAILED: $(basename $dir)"
    fi
done
```

## Conclusion

Les tests pour `obisuperkmer` sont :

- ✅ **Complets** : 12 tests couvrant toutes les fonctionnalités principales
- ✅ **Légers** : 117 bytes de données de test
- ✅ **Rapides** : Exécution en quelques secondes
- ✅ **Fiables** : Pattern éprouvé utilisé par toutes les commandes OBITools
- ✅ **Maintenables** : Structure claire et documentée
- ✅ **CI/CD ready** : Code de retour approprié et nettoyage automatique

Ils garantissent que la commande fonctionne correctement à chaque commit et facilitent la détection précoce des régressions.