c6918180597a4516223c692815ba0e5e25074ca8

@ -1 +1,6 @@
/test/
/.DS_Store
/samples/
/toto.embl
/toto.fasta
/toto.log

@ -0,0 +1,2 @@
/its/
/.DS_Store
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -79,3 +79,4 @@
/ycf2/
/ycf3/
/ycf4/
/.DS_Store

@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -0,0 +1,6 @@
/nuc_RRNA_18S_RC.fst
/nuc_RRNA_18S_RC.hmm
/nuc_RRNA_18S.hmm
/nuc_RRNA_28S_RC.fst
/nuc_RRNA_28S_RC.hmm
/nuc_RRNA_28S.hmm
@ -0,0 +1,13 @@
/16S.goodali.rc.fst
/23S.goodali.rc.fst
/4.5S.goodali.rc.fst
/5S.goodali.rc.fst
/plast_RRNA_16S_RC.hmm
/plast_RRNA_16S.hmm
/plast_RRNA_23S_RC.hmm
/plast_RRNA_23S.hmm
/plast_RRNA_4.5S_RC.hmm
/plast_RRNA_4.5S.hmm
/plast_RRNA_5S_RC.hmm
/plast_RRNA_5S.hmm
/.DS_Store
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -0,0 +1 @@
/draft
@ -0,0 +1 @@
/draft
@ -0,0 +1 @@
/draft
@ -0,0 +1 @@
/draft
@ -0,0 +1,3 @@
/.DS_Store
/trnascan-se/
/gnuplot/
@ -0,0 +1 @@
/build.i386-darwin/
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -1 +1,2 @@
/build.i386-darwin/
/.DS_Store

@ -1 +1,2 @@
/build.i386-darwin/
/.DS_Store

@ -1,2 +1,3 @@
/build.i386-darwin/
/gawk-4/
/.DS_Store

@ -1 +1,2 @@
/build.i386-darwin/
/.DS_Store

@ -1 +1,2 @@
/build.i386-darwin/
/.DS_Store

@ -0,0 +1,13 @@
/fasta_io.o
/kim_alphabet.o
/kim_codonskew.o
/kim_counter.o
/kim_distance.o
/kim_genetic.o
/kim_indexer.o
/kim_mixer.o
/kim_sequence.o
/kim_util.o
/kim_zone.o
/kimfit
/kimono
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -0,0 +1,148 @@
/aligngivenpath.o
/aligngivenpathsw.o
/aligntwomsas.o
/aligntwoprofs.o
/aln.o
/alpha.o
/anchors.o
/bittraceback.o
/blosum62.o
/blosumla.o
/clust.o
/cluster.o
/clwwt.o
/color.o
/cons.o
/diaglist.o
/diffobjscore.o
/diffpaths.o
/difftrees.o
/difftreese.o
/distcalc.o
/distfunc.o
/distpwkimura.o
/domuscle.o
/dosp.o
/dpreglist.o
/drawtree.o
/edgelist.o
/enumopts.o
/enumtostr.o
/estring.o
/fasta.o
/fasta2.o
/fastclust.o
/fastdist.o
/fastdistjones.o
/fastdistkbit.o
/fastdistkmer.o
/fastdistmafft.o
/fastdistnuc.o
/fastscorepath2.o
/finddiags.o
/finddiagsn.o
/glbalign.o
/glbalign352.o
/glbaligndiag.o
/glbalignle.o
/glbalignsimple.o
/glbalignsp.o
/glbalignspn.o
/glbalignss.o
/glbalndimer.o
/globals.o
/globalslinux.o
/globalsosx.o
/globalsother.o
/globalswin32.o
/gonnet.o
/henikoffweight.o
/henikoffweightpb.o
/html.o
/hydro.o
/intmath.o
/local.o
/main.o
/makerootmsa.o
/makerootmsab.o
/maketree.o
/mhack.o
/mpam200.o
/msa.o
/msa2.o
/msadistkimura.o
/msf.o
/muscle
/muscle.o
/muscleout.o
/nucmx.o
/nwdasimple.o
/nwdasimple2.o
/nwdasmall.o
/nwrec.o
/nwsmall.o
/objscore.o
/objscore2.o
/objscoreda.o
/onexception.o
/options.o
/outweights.o
/pam200mafft.o
/params.o
/phy.o
/phy2.o
/phy3.o
/phy4.o
/phyfromclust.o
/phyfromfile.o
/physeq.o
/phytofile.o
/posgap.o
/ppscore.o
/profdb.o
/profile.o
/profilefrommsa.o
/progalign.o
/progress.o
/progressivealign.o
/pwpath.o
/readmx.o
/realigndiffs.o
/realigndiffse.o
/refine.o
/refinehoriz.o
/refinesubfams.o
/refinetree.o
/refinetreee.o
/refinevert.o
/refinew.o
/savebest.o
/scoredist.o
/scoregaps.o
/scorehistory.o
/scorepp.o
/seq.o
/seqvect.o
/setblosumweights.o
/setgscweights.o
/setnewhandler.o
/spfast.o
/sptest.o
/stabilize.o
/subfam.o
/subfams.o
/sw.o
/termgaps.o
/textfile.o
/threewaywt.o
/tomhydro.o
/traceback.o
/tracebackopt.o
/tracebacksw.o
/treefrommsa.o
/typetostr.o
/upgma2.o
/usage.o
/validateids.o
/vtml2.o
/writescorefile.o
@ -0,0 +1,150 @@
/aligngivenpath.o
/aligngivenpathsw.o
/aligntwomsas.o
/aligntwoprofs.o
/aln.o
/alpha.o
/anchors.o
/bittraceback.o
/blosum62.o
/blosumla.o
/clust.o
/cluster.o
/clwwt.o
/color.o
/cons.o
/diaglist.o
/diffobjscore.o
/diffpaths.o
/difftrees.o
/difftreese.o
/distcalc.o
/distfunc.o
/distpwkimura.o
/domuscle.o
/dosp.o
/dpreglist.o
/drawtree.o
/edgelist.o
/enumopts.o
/enumtostr.o
/estring.o
/fasta.o
/fasta2.o
/fastclust.o
/fastdist.o
/fastdistjones.o
/fastdistkbit.o
/fastdistkmer.o
/fastdistmafft.o
/fastdistnuc.o
/fastscorepath2.o
/finddiags.o
/finddiagsn.o
/glbalign.o
/glbalign352.o
/glbaligndiag.o
/glbalignle.o
/glbalignsimple.o
/glbalignsp.o
/glbalignspn.o
/glbalignss.o
/glbalndimer.o
/globals.o
/globalslinux.o
/globalsosx.o
/globalsother.o
/globalswin32.o
/gonnet.o
/henikoffweight.o
/henikoffweightpb.o
/html.o
/hydro.o
/intmath.o
/local.o
/main.o
/makerootmsa.o
/makerootmsab.o
/maketree.o
/mhack.o
/mpam200.o
/msa.o
/msa2.o
/msadistkimura.o
/msf.o
/muscle
/muscle.make.stderr.txt
/muscle.make.stdout.txt
/muscle.o
/muscleout.o
/nucmx.o
/nwdasimple.o
/nwdasimple2.o
/nwdasmall.o
/nwrec.o
/nwsmall.o
/objscore.o
/objscore2.o
/objscoreda.o
/onexception.o
/options.o
/outweights.o
/pam200mafft.o
/params.o
/phy.o
/phy2.o
/phy3.o
/phy4.o
/phyfromclust.o
/phyfromfile.o
/physeq.o
/phytofile.o
/posgap.o
/ppscore.o
/profdb.o
/profile.o
/profilefrommsa.o
/progalign.o
/progress.o
/progressivealign.o
/pwpath.o
/readmx.o
/realigndiffs.o
/realigndiffse.o
/refine.o
/refinehoriz.o
/refinesubfams.o
/refinetree.o
/refinetreee.o
/refinevert.o
/refinew.o
/savebest.o
/scoredist.o
/scoregaps.o
/scorehistory.o
/scorepp.o
/seq.o
/seqvect.o
/setblosumweights.o
/setgscweights.o
/setnewhandler.o
/spfast.o
/sptest.o
/stabilize.o
/subfam.o
/subfams.o
/sw.o
/termgaps.o
/textfile.o
/threewaywt.o
/tomhydro.o
/traceback.o
/tracebackopt.o
/tracebacksw.o
/treefrommsa.o
/typetostr.o
/upgma2.o
/usage.o
/validateids.o
/vtml2.o
/writescorefile.o
@ -1 +1,2 @@
/bin.i386-darwin/
/.DS_Store

@ -0,0 +1,9 @@
/fasta_io.o
/libkov_io.o
/libkov_proba.o
/libkov_util.o
/prokov_cds
/prokov_curve
/prokov_learn
/prokov_orf
/prokov_score
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store
@ -0,0 +1,6 @@
/fasta_header_handler.o
/fasta_header_parser.o
/fasta_seq_writer.o
/header_mem_handler.o
/libfasta.a
/sequence.o
@ -0,0 +1,2 @@
/fileHandling.o
/libfile.a
@ -0,0 +1,3 @@
/liblcs.a
/sse_banded_LCS_alignment.o
/upperband.o
@ -0,0 +1,3 @@
/debug.o
/libutils.a
/utilities.o
@ -0,0 +1,2 @@
/build.i386-darwin/
/.DS_Store
@ -0,0 +1 @@
/.DS_Store