Actualiser src/libecoPCR/ecorank.c

the -c option was present or not.

.gitignore

@@ -1,8 +1,12 @@
+/.gitignore
+/.cproject
+/.project
 
 # /src/
 /src/ecoPCR
 /src/ecofind
 /src/*.P
+/src/*.o
 /src/ecogrep
 
 # /src/libapat/
@@ -14,3 +18,4 @@
 
 # /src/libthermo/
 /src/libthermo/*.P
+

LICENSE

@@ -0,0 +1,549 @@
+
+  CONTRAT DE LICENCE DE LOGICIEL LIBRE CeCILL
+
+Version 2.1 du 2013-06-21
+
+
+    Avertissement
+
+Ce contrat est une licence de logiciel libre issue d'une concertation
+entre ses auteurs afin que le respect de deux grands principes préside à
+sa rédaction:
+
+  * d'une part, le respect des principes de diffusion des logiciels
+    libres: accès au code source, droits étendus conférés aux utilisateurs,
+  * d'autre part, la désignation d'un droit applicable, le droit
+    français, auquel elle est conforme, tant au regard du droit de la
+    responsabilité civile que du droit de la propriété intellectuelle et
+    de la protection qu'il offre aux auteurs et titulaires des droits
+    patrimoniaux sur un logiciel.
+
+Les auteurs de la licence CeCILL (Ce[a] C[nrs] I[nria] L[ogiciel] L[ibre])
+sont:
+
+Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - CEA,
+établissement public de recherche à caractère scientifique, technique et
+industriel, dont le siège est situé 25 rue Leblanc, immeuble Le Ponant
+D, 75015 Paris.
+
+Centre National de la Recherche Scientifique - CNRS, établissement
+public à caractère scientifique et technologique, dont le siège est
+situé 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris cedex 16.
+
+Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique -
+Inria, établissement public à caractère scientifique et technologique,
+dont le siège est situé Domaine de Voluceau, Rocquencourt, BP 105, 78153
+Le Chesnay cedex.
+
+
+    Préambule
+
+Ce contrat est une licence de logiciel libre dont l'objectif est de
+conférer aux utilisateurs la liberté de modification et de
+redistribution du logiciel régi par cette licence dans le cadre d'un
+modèle de diffusion en logiciel libre.
+
+L'exercice de ces libertés est assorti de certains devoirs à la charge
+des utilisateurs afin de préserver ce statut au cours des
+redistributions ultérieures.
+
+L'accessibilité au code source et les droits de copie, de modification
+et de redistribution qui en découlent ont pour contrepartie de n'offrir
+aux utilisateurs qu'une garantie limitée et de ne faire peser sur
+l'auteur du logiciel, le titulaire des droits patrimoniaux et les
+concédants successifs qu'une responsabilité restreinte.
+
+A cet égard l'attention de l'utilisateur est attirée sur les risques
+associés au chargement, à l'utilisation, à la modification et/ou au
+développement et à la reproduction du logiciel par l'utilisateur étant
+donné sa spécificité de logiciel libre, qui peut le rendre complexe à
+manipuler et qui le réserve donc à des développeurs ou des
+professionnels avertis possédant des connaissances informatiques
+approfondies. Les utilisateurs sont donc invités à charger et tester
+l'adéquation du logiciel à leurs besoins dans des conditions permettant
+d'assurer la sécurité de leurs systèmes et/ou de leurs données et, plus
+généralement, à l'utiliser et l'exploiter dans les mêmes conditions de
+sécurité. Ce contrat peut être reproduit et diffusé librement, sous
+réserve de le conserver en l'état, sans ajout ni suppression de clauses.
+
+Ce contrat est susceptible de s'appliquer à tout logiciel dont le
+titulaire des droits patrimoniaux décide de soumettre l'exploitation aux
+dispositions qu'il contient.
+
+Une liste de questions fréquemment posées se trouve sur le site web
+officiel de la famille des licences CeCILL 
+(http://www.cecill.info/index.fr.html) pour toute clarification qui
+serait nécessaire.
+
+
+    Article 1 - DEFINITIONS
+
+Dans ce contrat, les termes suivants, lorsqu'ils seront écrits avec une
+lettre capitale, auront la signification suivante:
+
+Contrat: désigne le présent contrat de licence, ses éventuelles versions
+postérieures et annexes.
+
+Logiciel: désigne le logiciel sous sa forme de Code Objet et/ou de Code
+Source et le cas échéant sa documentation, dans leur état au moment de
+l'acceptation du Contrat par le Licencié.
+
+Logiciel Initial: désigne le Logiciel sous sa forme de Code Source et
+éventuellement de Code Objet et le cas échéant sa documentation, dans
+leur état au moment de leur première diffusion sous les termes du Contrat.
+
+Logiciel Modifié: désigne le Logiciel modifié par au moins une
+Contribution.
+
+Code Source: désigne l'ensemble des instructions et des lignes de
+programme du Logiciel et auquel l'accès est nécessaire en vue de
+modifier le Logiciel.
+
+Code Objet: désigne les fichiers binaires issus de la compilation du
+Code Source.
+
+Titulaire: désigne le ou les détenteurs des droits patrimoniaux d'auteur
+sur le Logiciel Initial.
+
+Licencié: désigne le ou les utilisateurs du Logiciel ayant accepté le
+Contrat.
+
+Contributeur: désigne le Licencié auteur d'au moins une Contribution.
+
+Concédant: désigne le Titulaire ou toute personne physique ou morale
+distribuant le Logiciel sous le Contrat.
+
+Contribution: désigne l'ensemble des modifications, corrections,
+traductions, adaptations et/ou nouvelles fonctionnalités intégrées dans
+le Logiciel par tout Contributeur, ainsi que tout Module Interne.
+
+Module: désigne un ensemble de fichiers sources y compris leur
+documentation qui permet de réaliser des fonctionnalités ou services
+supplémentaires à ceux fournis par le Logiciel.
+
+Module Externe: désigne tout Module, non dérivé du Logiciel, tel que ce
+Module et le Logiciel s'exécutent dans des espaces d'adressage
+différents, l'un appelant l'autre au moment de leur exécution.
+
+Module Interne: désigne tout Module lié au Logiciel de telle sorte
+qu'ils s'exécutent dans le même espace d'adressage.
+
+GNU GPL: désigne la GNU General Public License dans sa version 2 ou
+toute version ultérieure, telle que publiée par Free Software Foundation
+Inc.
+
+GNU Affero GPL: désigne la GNU Affero General Public License dans sa
+version 3 ou toute version ultérieure, telle que publiée par Free
+Software Foundation Inc.
+
+EUPL: désigne la Licence Publique de l'Union européenne dans sa version
+1.1 ou toute version ultérieure, telle que publiée par la Commission
+Européenne.
+
+Parties: désigne collectivement le Licencié et le Concédant.
+
+Ces termes s'entendent au singulier comme au pluriel.
+
+
+    Article 2 - OBJET
+
+Le Contrat a pour objet la concession par le Concédant au Licencié d'une
+licence non exclusive, cessible et mondiale du Logiciel telle que
+définie ci-après à l'article 5 <#etendue> pour toute la durée de
+protection des droits portant sur ce Logiciel.
+
+
+    Article 3 - ACCEPTATION
+
+3.1 L'acceptation par le Licencié des termes du Contrat est réputée
+acquise du fait du premier des faits suivants:
+
+  * (i) le chargement du Logiciel par tout moyen notamment par
+    téléchargement à partir d'un serveur distant ou par chargement à
+    partir d'un support physique;
+  * (ii) le premier exercice par le Licencié de l'un quelconque des
+    droits concédés par le Contrat.
+
+3.2 Un exemplaire du Contrat, contenant notamment un avertissement
+relatif aux spécificités du Logiciel, à la restriction de garantie et à
+la limitation à un usage par des utilisateurs expérimentés a été mis à
+disposition du Licencié préalablement à son acceptation telle que
+définie à l'article 3.1 <#acceptation-acquise> ci dessus et le Licencié
+reconnaît en avoir pris connaissance.
+
+
+    Article 4 - ENTREE EN VIGUEUR ET DUREE
+
+
+      4.1 ENTREE EN VIGUEUR
+
+Le Contrat entre en vigueur à la date de son acceptation par le Licencié
+telle que définie en 3.1 <#acceptation-acquise>.
+
+
+      4.2 DUREE
+
+Le Contrat produira ses effets pendant toute la durée légale de
+protection des droits patrimoniaux portant sur le Logiciel.
+
+
+    Article 5 - ETENDUE DES DROITS CONCEDES
+
+Le Concédant concède au Licencié, qui accepte, les droits suivants sur
+le Logiciel pour toutes destinations et pour la durée du Contrat dans
+les conditions ci-après détaillées.
+
+Par ailleurs, si le Concédant détient ou venait à détenir un ou
+plusieurs brevets d'invention protégeant tout ou partie des
+fonctionnalités du Logiciel ou de ses composants, il s'engage à ne pas
+opposer les éventuels droits conférés par ces brevets aux Licenciés
+successifs qui utiliseraient, exploiteraient ou modifieraient le
+Logiciel. En cas de cession de ces brevets, le Concédant s'engage à
+faire reprendre les obligations du présent alinéa aux cessionnaires.
+
+
+      5.1 DROIT D'UTILISATION
+
+Le Licencié est autorisé à utiliser le Logiciel, sans restriction quant
+aux domaines d'application, étant ci-après précisé que cela comporte:
+
+ 1.
+
+    la reproduction permanente ou provisoire du Logiciel en tout ou
+    partie par tout moyen et sous toute forme.
+
+ 2.
+
+    le chargement, l'affichage, l'exécution, ou le stockage du Logiciel
+    sur tout support.
+
+ 3.
+
+    la possibilité d'en observer, d'en étudier, ou d'en tester le
+    fonctionnement afin de déterminer les idées et principes qui sont à
+    la base de n'importe quel élément de ce Logiciel; et ceci, lorsque
+    le Licencié effectue toute opération de chargement, d'affichage,
+    d'exécution, de transmission ou de stockage du Logiciel qu'il est en
+    droit d'effectuer en vertu du Contrat.
+
+
+      5.2 DROIT D'APPORTER DES CONTRIBUTIONS
+
+Le droit d'apporter des Contributions comporte le droit de traduire,
+d'adapter, d'arranger ou d'apporter toute autre modification au Logiciel
+et le droit de reproduire le logiciel en résultant.
+
+Le Licencié est autorisé à apporter toute Contribution au Logiciel sous
+réserve de mentionner, de façon explicite, son nom en tant qu'auteur de
+cette Contribution et la date de création de celle-ci.
+
+
+      5.3 DROIT DE DISTRIBUTION
+
+Le droit de distribution comporte notamment le droit de diffuser, de
+transmettre et de communiquer le Logiciel au public sur tout support et
+par tout moyen ainsi que le droit de mettre sur le marché à titre
+onéreux ou gratuit, un ou des exemplaires du Logiciel par tout procédé.
+
+Le Licencié est autorisé à distribuer des copies du Logiciel, modifié ou
+non, à des tiers dans les conditions ci-après détaillées.
+
+
+        5.3.1 DISTRIBUTION DU LOGICIEL SANS MODIFICATION
+
+Le Licencié est autorisé à distribuer des copies conformes du Logiciel,
+sous forme de Code Source ou de Code Objet, à condition que cette
+distribution respecte les dispositions du Contrat dans leur totalité et
+soit accompagnée:
+
+ 1.
+
+    d'un exemplaire du Contrat,
+
+ 2.
+
+    d'un avertissement relatif à la restriction de garantie et de
+    responsabilité du Concédant telle que prévue aux articles 8
+    <#responsabilite> et 9 <#garantie>,
+
+et que, dans le cas où seul le Code Objet du Logiciel est redistribué,
+le Licencié permette un accès effectif au Code Source complet du
+Logiciel pour une durée d'au moins 3 ans à compter de la distribution du
+logiciel, étant entendu que le coût additionnel d'acquisition du Code
+Source ne devra pas excéder le simple coût de transfert des données.
+
+
+        5.3.2 DISTRIBUTION DU LOGICIEL MODIFIE
+
+Lorsque le Licencié apporte une Contribution au Logiciel, les conditions
+de distribution du Logiciel Modifié en résultant sont alors soumises à
+l'intégralité des dispositions du Contrat.
+
+Le Licencié est autorisé à distribuer le Logiciel Modifié, sous forme de
+code source ou de code objet, à condition que cette distribution
+respecte les dispositions du Contrat dans leur totalité et soit
+accompagnée:
+
+ 1.
+
+    d'un exemplaire du Contrat,
+
+ 2.
+
+    d'un avertissement relatif à la restriction de garantie et de
+    responsabilité du Concédant telle que prévue aux articles 8
+    <#responsabilite> et 9 <#garantie>,
+
+et, dans le cas où seul le code objet du Logiciel Modifié est redistribué,
+
+ 3.
+
+    d'une note précisant les conditions d'accès effectif au code source
+    complet du Logiciel Modifié, pendant une période d'au moins 3 ans à
+    compter de la distribution du Logiciel Modifié, étant entendu que le
+    coût additionnel d'acquisition du code source ne devra pas excéder
+    le simple coût de transfert des données.
+
+
+        5.3.3 DISTRIBUTION DES MODULES EXTERNES
+
+Lorsque le Licencié a développé un Module Externe les conditions du
+Contrat ne s'appliquent pas à ce Module Externe, qui peut être distribué
+sous un contrat de licence différent.
+
+
+        5.3.4 COMPATIBILITE AVEC D'AUTRES LICENCES
+
+Le Licencié peut inclure un code soumis aux dispositions d'une des
+versions de la licence GNU GPL, GNU Affero GPL et/ou EUPL dans le
+Logiciel modifié ou non et distribuer l'ensemble sous les conditions de
+la même version de la licence GNU GPL, GNU Affero GPL et/ou EUPL.
+
+Le Licencié peut inclure le Logiciel modifié ou non dans un code soumis
+aux dispositions d'une des versions de la licence GNU GPL, GNU Affero
+GPL et/ou EUPL et distribuer l'ensemble sous les conditions de la même
+version de la licence GNU GPL, GNU Affero GPL et/ou EUPL.
+
+
+    Article 6 - PROPRIETE INTELLECTUELLE
+
+
+      6.1 SUR LE LOGICIEL INITIAL
+
+Le Titulaire est détenteur des droits patrimoniaux sur le Logiciel
+Initial. Toute utilisation du Logiciel Initial est soumise au respect
+des conditions dans lesquelles le Titulaire a choisi de diffuser son
+oeuvre et nul autre n'a la faculté de modifier les conditions de
+diffusion de ce Logiciel Initial.
+
+Le Titulaire s'engage à ce que le Logiciel Initial reste au moins régi
+par le Contrat et ce, pour la durée visée à l'article 4.2 <#duree>.
+
+
+      6.2 SUR LES CONTRIBUTIONS
+
+Le Licencié qui a développé une Contribution est titulaire sur celle-ci
+des droits de propriété intellectuelle dans les conditions définies par
+la législation applicable.
+
+
+      6.3 SUR LES MODULES EXTERNES
+
+Le Licencié qui a développé un Module Externe est titulaire sur celui-ci
+des droits de propriété intellectuelle dans les conditions définies par
+la législation applicable et reste libre du choix du contrat régissant
+sa diffusion.
+
+
+      6.4 DISPOSITIONS COMMUNES
+
+Le Licencié s'engage expressément:
+
+ 1.
+
+    à ne pas supprimer ou modifier de quelque manière que ce soit les
+    mentions de propriété intellectuelle apposées sur le Logiciel;
+
+ 2.
+
+    à reproduire à l'identique lesdites mentions de propriété
+    intellectuelle sur les copies du Logiciel modifié ou non.
+
+Le Licencié s'engage à ne pas porter atteinte, directement ou
+indirectement, aux droits de propriété intellectuelle du Titulaire et/ou
+des Contributeurs sur le Logiciel et à prendre, le cas échéant, à
+l'égard de son personnel toutes les mesures nécessaires pour assurer le
+respect des dits droits de propriété intellectuelle du Titulaire et/ou
+des Contributeurs.
+
+
+    Article 7 - SERVICES ASSOCIES
+
+7.1 Le Contrat n'oblige en aucun cas le Concédant à la réalisation de
+prestations d'assistance technique ou de maintenance du Logiciel.
+
+Cependant le Concédant reste libre de proposer ce type de services. Les
+termes et conditions d'une telle assistance technique et/ou d'une telle
+maintenance seront alors déterminés dans un acte séparé. Ces actes de
+maintenance et/ou assistance technique n'engageront que la seule
+responsabilité du Concédant qui les propose.
+
+7.2 De même, tout Concédant est libre de proposer, sous sa seule
+responsabilité, à ses licenciés une garantie, qui n'engagera que lui,
+lors de la redistribution du Logiciel et/ou du Logiciel Modifié et ce,
+dans les conditions qu'il souhaite. Cette garantie et les modalités
+financières de son application feront l'objet d'un acte séparé entre le
+Concédant et le Licencié.
+
+
+    Article 8 - RESPONSABILITE
+
+8.1 Sous réserve des dispositions de l'article 8.2
+<#limite-responsabilite>, le Licencié a la faculté, sous réserve de
+prouver la faute du Concédant concerné, de solliciter la réparation du
+préjudice direct qu'il subirait du fait du Logiciel et dont il apportera
+la preuve.
+
+8.2 La responsabilité du Concédant est limitée aux engagements pris en
+application du Contrat et ne saurait être engagée en raison notamment:
+(i) des dommages dus à l'inexécution, totale ou partielle, de ses
+obligations par le Licencié, (ii) des dommages directs ou indirects
+découlant de l'utilisation ou des performances du Logiciel subis par le
+Licencié et (iii) plus généralement d'un quelconque dommage indirect. En
+particulier, les Parties conviennent expressément que tout préjudice
+financier ou commercial (par exemple perte de données, perte de
+bénéfices, perte d'exploitation, perte de clientèle ou de commandes,
+manque à gagner, trouble commercial quelconque) ou toute action dirigée
+contre le Licencié par un tiers, constitue un dommage indirect et
+n'ouvre pas droit à réparation par le Concédant.
+
+
+    Article 9 - GARANTIE
+
+9.1 Le Licencié reconnaît que l'état actuel des connaissances
+scientifiques et techniques au moment de la mise en circulation du
+Logiciel ne permet pas d'en tester et d'en vérifier toutes les
+utilisations ni de détecter l'existence d'éventuels défauts. L'attention
+du Licencié a été attirée sur ce point sur les risques associés au
+chargement, à l'utilisation, la modification et/ou au développement et à
+la reproduction du Logiciel qui sont réservés à des utilisateurs avertis.
+
+Il relève de la responsabilité du Licencié de contrôler, par tous
+moyens, l'adéquation du produit à ses besoins, son bon fonctionnement et
+de s'assurer qu'il ne causera pas de dommages aux personnes et aux biens.
+
+9.2 Le Concédant déclare de bonne foi être en droit de concéder
+l'ensemble des droits attachés au Logiciel (comprenant notamment les
+droits visés à l'article 5 <#etendue>).
+
+9.3 Le Licencié reconnaît que le Logiciel est fourni "en l'état" par le
+Concédant sans autre garantie, expresse ou tacite, que celle prévue à
+l'article 9.2 <#bonne-foi> et notamment sans aucune garantie sur sa
+valeur commerciale, son caractère sécurisé, innovant ou pertinent.
+
+En particulier, le Concédant ne garantit pas que le Logiciel est exempt
+d'erreur, qu'il fonctionnera sans interruption, qu'il sera compatible
+avec l'équipement du Licencié et sa configuration logicielle ni qu'il
+remplira les besoins du Licencié.
+
+9.4 Le Concédant ne garantit pas, de manière expresse ou tacite, que le
+Logiciel ne porte pas atteinte à un quelconque droit de propriété
+intellectuelle d'un tiers portant sur un brevet, un logiciel ou sur tout
+autre droit de propriété. Ainsi, le Concédant exclut toute garantie au
+profit du Licencié contre les actions en contrefaçon qui pourraient être
+diligentées au titre de l'utilisation, de la modification, et de la
+redistribution du Logiciel. Néanmoins, si de telles actions sont
+exercées contre le Licencié, le Concédant lui apportera son expertise
+technique et juridique pour sa défense. Cette expertise technique et
+juridique est déterminée au cas par cas entre le Concédant concerné et
+le Licencié dans le cadre d'un protocole d'accord. Le Concédant dégage
+toute responsabilité quant à l'utilisation de la dénomination du
+Logiciel par le Licencié. Aucune garantie n'est apportée quant à
+l'existence de droits antérieurs sur le nom du Logiciel et sur
+l'existence d'une marque.
+
+
+    Article 10 - RESILIATION
+
+10.1 En cas de manquement par le Licencié aux obligations mises à sa
+charge par le Contrat, le Concédant pourra résilier de plein droit le
+Contrat trente (30) jours après notification adressée au Licencié et
+restée sans effet.
+
+10.2 Le Licencié dont le Contrat est résilié n'est plus autorisé à
+utiliser, modifier ou distribuer le Logiciel. Cependant, toutes les
+licences qu'il aura concédées antérieurement à la résiliation du Contrat
+resteront valides sous réserve qu'elles aient été effectuées en
+conformité avec le Contrat.
+
+
+    Article 11 - DISPOSITIONS DIVERSES
+
+
+      11.1 CAUSE EXTERIEURE
+
+Aucune des Parties ne sera responsable d'un retard ou d'une défaillance
+d'exécution du Contrat qui serait dû à un cas de force majeure, un cas
+fortuit ou une cause extérieure, telle que, notamment, le mauvais
+fonctionnement ou les interruptions du réseau électrique ou de
+télécommunication, la paralysie du réseau liée à une attaque
+informatique, l'intervention des autorités gouvernementales, les
+catastrophes naturelles, les dégâts des eaux, les tremblements de terre,
+le feu, les explosions, les grèves et les conflits sociaux, l'état de
+guerre...
+
+11.2 Le fait, par l'une ou l'autre des Parties, d'omettre en une ou
+plusieurs occasions de se prévaloir d'une ou plusieurs dispositions du
+Contrat, ne pourra en aucun cas impliquer renonciation par la Partie
+intéressée à s'en prévaloir ultérieurement.
+
+11.3 Le Contrat annule et remplace toute convention antérieure, écrite
+ou orale, entre les Parties sur le même objet et constitue l'accord
+entier entre les Parties sur cet objet. Aucune addition ou modification
+aux termes du Contrat n'aura d'effet à l'égard des Parties à moins
+d'être faite par écrit et signée par leurs représentants dûment habilités.
+
+11.4 Dans l'hypothèse où une ou plusieurs des dispositions du Contrat
+s'avèrerait contraire à une loi ou à un texte applicable, existants ou
+futurs, cette loi ou ce texte prévaudrait, et les Parties feraient les
+amendements nécessaires pour se conformer à cette loi ou à ce texte.
+Toutes les autres dispositions resteront en vigueur. De même, la
+nullité, pour quelque raison que ce soit, d'une des dispositions du
+Contrat ne saurait entraîner la nullité de l'ensemble du Contrat.
+
+
+      11.5 LANGUE
+
+Le Contrat est rédigé en langue française et en langue anglaise, ces
+deux versions faisant également foi.
+
+
+    Article 12 - NOUVELLES VERSIONS DU CONTRAT
+
+12.1 Toute personne est autorisée à copier et distribuer des copies de
+ce Contrat.
+
+12.2 Afin d'en préserver la cohérence, le texte du Contrat est protégé
+et ne peut être modifié que par les auteurs de la licence, lesquels se
+réservent le droit de publier périodiquement des mises à jour ou de
+nouvelles versions du Contrat, qui posséderont chacune un numéro
+distinct. Ces versions ultérieures seront susceptibles de prendre en
+compte de nouvelles problématiques rencontrées par les logiciels libres.
+
+12.3 Tout Logiciel diffusé sous une version donnée du Contrat ne pourra
+faire l'objet d'une diffusion ultérieure que sous la même version du
+Contrat ou une version postérieure, sous réserve des dispositions de
+l'article 5.3.4 <#compatibilite>.
+
+
+    Article 13 - LOI APPLICABLE ET COMPETENCE TERRITORIALE
+
+13.1 Le Contrat est régi par la loi française. Les Parties conviennent
+de tenter de régler à l'amiable les différends ou litiges qui
+viendraient à se produire par suite ou à l'occasion du Contrat.
+
+13.2 A défaut d'accord amiable dans un délai de deux (2) mois à compter
+de leur survenance et sauf situation relevant d'une procédure d'urgence,
+les différends ou litiges seront portés par la Partie la plus diligente
+devant les Tribunaux compétents de Paris.
+

VERSION

@@ -1 +1 @@
-0.5.0
+1.0.0

src/ecopcr.c

@@ -6,7 +6,7 @@
 #include <getopt.h>
 
 
-#define VERSION "0.2"
+#define VERSION "1.0.1"
 
 
 /* ----------------------------------------------- */
@@ -26,7 +26,7 @@ static void PrintHelp()
         PP      "-a    : Salt concentration in M for Tm computation (default 0.05 M)\n\n");
         PP      "-c    : Consider that the database sequences are [c]ircular\n\n");
         PP      "-d    : [D]atabase : to match the expected format, the database\n");
-        PP      "        has to be formated first by the ecoPCRFormat.py program located.\n");
+        PP      "        has to be formatted first by the ecoPCRFormat.py program located.\n");
         PP      "        in the tools directory.\n");
         PP      "        ecoPCRFormat.py creates three file types :\n");
         PP      "            .sdx : contains the sequences\n");
@@ -80,7 +80,7 @@ static void PrintHelp()
         PP      "column 21 : sequence\n");
         PP      "column 22 : definition\n");
         PP      "------------------------------------------\n");
-        PP		" http://www.grenoble.prabi.fr/trac/ecoPCR/\n");
+        PP		" https://git.metabarcoding.org/obitools/ecopcr/wikis/home\n");
         PP      "------------------------------------------\n\n");        
         PP      "\n");
 
@@ -566,11 +566,11 @@ int main(int argc, char **argv)
 		        )
 		     {
 		
-				scname = taxonomy->taxons->taxon[seq->taxid].name;
-				strncpy(head,seq->SQ,10);
-				head[10]=0;
-				strncpy(tail,seq->SQ+seq->SQ_length-10,10);
-				tail[10]=0;
+				//scname = taxonomy->taxons->taxon[seq->taxid].name;
+				//strncpy(head,seq->SQ,10);
+				//head[10]=0;
+				//strncpy(tail,seq->SQ+seq->SQ_length-10,10);
+				//tail[10]=0;
 		
 				apatseq=ecoseq2apatseq(seq,apatseq,circular);
 				
@@ -610,18 +610,21 @@ int main(int argc, char **argv)
 									{
 										posj+=o2c->patlen;
 										// printf("coucou %d %d %d\n",posi,posj,apatseq->seqlen);
-										errj  =apatseq->hiterr[1]->val[j];
+										errj = apatseq->hiterr[1]->val[j];
 										length = 0;
 										if (posj > posi)
-											length=posj - posi  - o1->patlen - o2->patlen; 
-										if (posj < posi)
-											length= posj + apatseq->seqlen - posi - o1->patlen - o2->patlen;
-										if (length &&
+											length = posj - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+										else {
+											if (circular > 0)
+												length = posj + apatseq->seqlen - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+										}
+										if ((length>0) &&	// For when primers touch or overlap
 											(!lmin || (length >= lmin)) &&
-										    (!lmax || (length <= lmax)))
+											(!lmax || (length <= lmax)))
+										{
 										    printRepeat(seq,oligo1,oligo2,&tparm,o1,o2c,'D',kingdom_mode,posi,posj,erri,errj,taxonomy,delta);
 											//printf("%s\tD\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o1Hits,o2cHits,posi,posj,scname);
-	
+										}
 									}
 								}
 							}
@@ -647,7 +650,7 @@ int main(int argc, char **argv)
 					}	
 
 					o1cHits = ManberAll(apatseq,o1c,3,begin,length);
-					
+					// printf("circular=  %d\n",circular);
 					if (o1cHits)
 						for (i=0; i < o2Hits;i++)
 						{
@@ -666,15 +669,19 @@ int main(int argc, char **argv)
 
 										length = 0;
 										if (posj > posi)
-											length=posj - posi + 1  - o2->patlen - o1->patlen; /* - o1->patlen : suppress by <EC> */
-										if (posj < posi)
-											length= posj + apatseq->seqlen - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+											length = posj - posi + 1  - o2->patlen - o1->patlen; /* - o1->patlen : deleted by <EC> (prior to the OBITools3) */
+										else {
+										if (circular > 0)
+											length = posj + apatseq->seqlen - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+										}
 
-										if (length &&
+										if ((length>0) &&	// For when primers touch or overlap
 											(!lmin || (length >= lmin)) &&
-										    (!lmax || (length <= lmax)))
+											(!lmax || (length <= lmax)))
+										{
 										    printRepeat(seq,oligo1,oligo2,&tparm,o2,o1c,'R',kingdom_mode,posi,posj,erri,errj,taxonomy,delta);
-											//printf("%s\tR\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o2Hits,o1cHits,posi,posj,scname);								
+											//printf("%s\tR\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o2Hits,o1cHits,posi,posj,scname);
+										}
 									}
 								}
 							}

src/global.mk

@@ -1,14 +1,13 @@
-MACHINE=MAC_OS_X
 LIBPATH= -Llibapat -LlibecoPCR -Llibthermo
-MAKEDEPEND = gcc -D$(MACHINE) -M $(CPPFLAGS) -o $*.d $<
+MAKEDEPEND = gcc -M $(CPPFLAGS) -o $*.d $<
 
 CC=gcc
-CFLAGS= -W -Wall -O2 -g
+CFLAGS= -O3 -w
 
 default: all
 
 %.o: %.c
-	$(CC) -D$(MACHINE) $(CFLAGS) -c -o $@ $<
+	$(CC) $(CFLAGS) -c -o $@ $<
 
 %.P : %.c
 	$(MAKEDEPEND)

src/libapat/Gtypes.h

@@ -27,13 +27,9 @@
 #define PROTO   1                       /* prototypes flag              */
 #endif
 
-#ifdef MAC_OS_C
-#define Vrai    true                    /* TC boolean values            */
-#define Faux    false                   /*                              */
-#else
+
 #define Vrai    0x1                     /* bool values  = TRUE          */
 #define Faux    0x0                     /*              = FALSE         */
-#endif
 
 #define Nil     NULL                    /* nil pointer                  */
 
@@ -42,28 +38,7 @@
 #define kBigUInt16      0xffff          /* plus grand 16 bits ~signe    */
 #define kBigUInt32      0xffffffff      /* plus grand 32 bits ~signe    */
 
-#ifdef MAC_OS_C
-/* ==================================================== */
-/*  Types (for Macintosh ThinK C || MWerks)             */
-/* ==================================================== */
 
-                                        /* --- specific sizes --------- */
-typedef long            Int32;          /* Int32  = 32 bits signe       */
-typedef unsigned long   UInt32;         /* UInt32 = 32 bits ~signe      */
-typedef short           Int16;          /* Int16  = 16 bits signe       */
-typedef unsigned short  UInt16;         /* UInt32 = 16 bits ~signe      */
-typedef char            Int8;           /* Int8   = 8 bits signe        */
-typedef unsigned char   UInt8;          /* UInt8  = 8 bits ~signe       */
-
-                                        /* --- default types ---------- */
-
-typedef Boolean         Bool;           /* booleen                      */
-
-typedef long            Int;            /* 'natural' int (>= 32 bits)   */
-
-typedef void            *Ptr;           /* pointeur                     */
-
-#elif ((defined SUN) || (defined SGI) || (defined UNIX))
 /* ==================================================== */
 /*  Types (for Sun & Iris - 32 bits machines)           */
 /* ==================================================== */
@@ -84,14 +59,7 @@ typedef int             Int;            /* 'natural' int (>= 32 bits)   */
 
 typedef void            *Ptr;           /* pointeur                     */
 
-#else 
-/* ==================================================== */
-/*  Types (for undefined machines)                      */
-/* ==================================================== */
 
-#error undefined MACHINE <please edit Gmach.h>
-
-#endif
 
 /* ==================================================== */
 /*  special macro for prototypes                        */

src/libecoPCR/ecorank.c

@@ -12,14 +12,14 @@ ecorankidx_t     *read_rankidx(const char *filename)
 	int32_t      i;
 	int32_t      rs;
 	char         *buffer;
-	
+
 	f = open_ecorecorddb(filename,&count,1);
-	
+
 	index = (ecorankidx_t*) ECOMALLOC(sizeof(ecorankidx_t) + sizeof(char*) * (count-1),
 	                                  "Allocate rank index");
-	 
-	index->count=count;                                 
-	          
+
+	index->count=count;
+
 	for (i=0; i < count; i++)
 		{
 			buffer = read_ecorecord(f,&rs);
@@ -27,21 +27,18 @@ ecorankidx_t     *read_rankidx(const char *filename)
 			                                  "Allocate rank label");
 			strncpy(index->label[i],buffer,rs);
 		}
-		
+
 	return index;
 }
 
 int32_t rank_index(const char* label,ecorankidx_t* ranks)
 {
 	char **rep;
-	
+        fprintf(stderr,"Looking for rank -%s-... ",label);
 	rep = bsearch(label,ranks->label,ranks->count,sizeof(char*),compareRankLabel);
-	
+
 	if (rep)
 		return rep-ranks->label;
-	else
-		ECOERROR(ECO_NOTFOUND_ERROR,"Rank label not found");
-		
 	return -1;
 }
 

src/libecoPCR/ecotax.c

@@ -5,10 +5,10 @@
 
 static ecotx_t *readnext_ecotaxon(FILE *f,ecotx_t *taxon);
 
- /** 
- * Open the taxonomy database 
- * @param	pointer to the database (.tdx file) 
- * @return	a ecotxidx_t structure 
+ /**
+ * Open the taxonomy database
+ * @param	pointer to the database (.tdx file)
+ * @return	a ecotxidx_t structure
  */
 ecotxidx_t     *read_taxonomyidx(const char *filename,const char *filename2)
 {
@@ -18,22 +18,22 @@ ecotxidx_t     *read_taxonomyidx(const char *filename,const char *filename2)
 	FILE         *f2;
 	ecotxidx_t *index;
 	int32_t      i;
-	
+
 	f  = open_ecorecorddb(filename,&count,1);
 	f2 = open_ecorecorddb(filename2,&count2,0);
 
 
-	
+
 	index = (ecotxidx_t*) ECOMALLOC(sizeof(ecotxidx_t) + sizeof(ecotx_t) * (count+count2-1),
 	                                  "Allocate taxonomy");
-	 
+
 	index->count=count+count2;
 
 	fprintf(stderr,"Reading %d taxa...\n",count);
 	for (i=0; i < count; i++){
 		readnext_ecotaxon(f,&(index->taxon[i]));
 		index->taxon[i].parent=index->taxon + (int32_t)index->taxon[i].parent;
-	}					
+	}
 
 	if (count2>0)
 		fprintf(stderr,"Reading %d local taxa...\n",count2);
@@ -52,18 +52,18 @@ ecotxidx_t     *read_taxonomyidx(const char *filename,const char *filename2)
 int32_t delete_taxonomy(ecotxidx_t *index)
 {
 	int32_t i;
-	
+
 	if (index)
 	{
 		for (i=0; i< index->count; i++)
 			if (index->taxon[i].name)
 				ECOFREE(index->taxon[i].name,"Free scientific name");
-				
+
 		ECOFREE(index,"Free Taxonomy");
-		
+
 		return 0;
 	}
-	
+
 	return 1;
 }
 
@@ -75,32 +75,32 @@ int32_t delete_taxon(ecotx_t *taxon)
 	{
 		if (taxon->name)
 			ECOFREE(taxon->name,"Free scientific name");
-			
+
 		ECOFREE(taxon,"Free Taxon");
-		
+
 		return 0;
 	}
-		
+
 	return 1;
 }
 
 
 /**
- * Read the database for a given taxon a save the data 
+ * Read the database for a given taxon a save the data
  * into the taxon structure(if any found)
  * @param	*f	pointer to FILE type returned by fopen
  * @param	*taxon	pointer to the structure
- * 
- * @return	a ecotx_t structure if any taxon found else NULL 
+ *
+ * @return	a ecotx_t structure if any taxon found else NULL
  */
 ecotx_t *readnext_ecotaxon(FILE *f,ecotx_t *taxon)
 {
-	
+
 	ecotxformat_t *raw;
 	int32_t  rs;
-	
+
 	raw = read_ecorecord(f,&rs);
-	
+
 	if (!raw)
 		return NULL;
 
@@ -109,18 +109,18 @@ ecotx_t *readnext_ecotaxon(FILE *f,ecotx_t *taxon)
 		raw->namelength = swap_int32_t(raw->namelength);
 		raw->parent     = swap_int32_t(raw->parent);
 		raw->rank       = swap_int32_t(raw->rank);
-		raw->taxid      = swap_int32_t(raw->taxid); 
+		raw->taxid      = swap_int32_t(raw->taxid);
 	}
-	
+
 	taxon->parent = (ecotx_t*)raw->parent;
 	taxon->taxid  = raw->taxid;
 	taxon->rank   = raw->rank;
-	
+
 	taxon->name   = ECOMALLOC((raw->namelength+1) * sizeof(char),
 	                          "Allocate taxon scientific name");
-	                          
+
 	strncpy(taxon->name,raw->name,raw->namelength);
-		
+
 	return taxon;
 }
 
@@ -131,26 +131,26 @@ ecotaxonomy_t    *read_taxonomy(const char *prefix,int32_t readAlternativeName)
 	char          *filename;
 	char          *filename2;
 	int           buffsize;
-	
+
 	tax = ECOMALLOC(sizeof(ecotaxonomy_t),
 	                "Allocate taxonomy structure");
-	
+
 	buffsize = strlen(prefix)+10;
-	
+
 	filename = ECOMALLOC(buffsize,
 	                     "Allocate filename");
 	filename2= ECOMALLOC(buffsize,
 	                     "Allocate filename");
-	
+
 	snprintf(filename,buffsize,"%s.rdx",prefix);
-	
+
 	tax->ranks = read_rankidx(filename);
-	
+
 	snprintf(filename,buffsize,"%s.tdx",prefix);
 	snprintf(filename2,buffsize,"%s.ldx",prefix);
-	
+
 	tax->taxons = read_taxonomyidx(filename,filename2);
-	
+
 	if (readAlternativeName)
 	{
   	   snprintf(filename,buffsize,"%s.ndx",prefix);
@@ -159,7 +159,7 @@ ecotaxonomy_t    *read_taxonomy(const char *prefix,int32_t readAlternativeName)
 	else
 	   tax->names=NULL;
 	return tax;
-	
+
 }
 
 
@@ -170,15 +170,15 @@ int32_t delete_ecotaxonomy(ecotaxonomy_t *taxonomy)
 	{
 		if (taxonomy->ranks)
 			ECOFREE(taxonomy->ranks,"Free rank index");
-			
+
 		if (taxonomy->taxons)
 			ECOFREE(taxonomy->taxons,"Free taxon index");
-			
+
 		ECOFREE(taxonomy,"Free taxonomy structure");
-		
+
 		return 0;
 	}
-	
+
 	return 1;
 }
 
@@ -187,17 +187,17 @@ ecotx_t *eco_findtaxonatrank(ecotx_t *taxon,
 {
 	ecotx_t *current_taxon;
 	ecotx_t *next_taxon;
-	
+
 	current_taxon = taxon;
 	next_taxon    = current_taxon->parent;
-	
+
 	while ((current_taxon!=next_taxon) &&  // I' am the root node
 		   (current_taxon->rank!=rankidx))
 		   {
 		   	current_taxon = next_taxon;
 		   	next_taxon    = current_taxon->parent;
 		   }
-		   
+
 	if (current_taxon->rank==rankidx)
 		return current_taxon;
 	else
@@ -207,19 +207,19 @@ ecotx_t *eco_findtaxonatrank(ecotx_t *taxon,
 /**
  * Get back information concerning a taxon from a taxonomic id
  * @param 	*taxonomy 	the taxonomy database
- * @param	taxid		the taxonomic id 
- * 
- * @result	a ecotx_t structure containing the taxonimic information  
+ * @param	taxid		the taxonomic id
+ *
+ * @result	a ecotx_t structure containing the taxonimic information
  **/
-ecotx_t *eco_findtaxonbytaxid(ecotaxonomy_t *taxonomy, 
+ecotx_t *eco_findtaxonbytaxid(ecotaxonomy_t *taxonomy,
 							  int32_t taxid)
 {
 	ecotx_t    *current_taxon;
 	int32_t     taxoncount;
 	int32_t     i;
-	
+
 	taxoncount=taxonomy->taxons->count;
-	
+
 	for (current_taxon=taxonomy->taxons->taxon,
 	     i=0;
 	     i < taxoncount;
@@ -229,30 +229,30 @@ ecotx_t *eco_findtaxonbytaxid(ecotaxonomy_t *taxonomy,
 	     	return current_taxon;
 	     }
 	 }
-	
-	return (ecotx_t*)NULL;	
+
+	return (ecotx_t*)NULL;
 }
 
 /**
  * Find out if taxon is son of other taxon (identified by its taxid)
  * @param	*taxon son 		taxon
  * @param	parent_taxid 	taxonomic id of the other taxon
- * 
+ *
  * @return 	1 is the other taxid math a parent taxid, else 0
  **/
-int eco_isundertaxon(ecotx_t *taxon, 
+int eco_isundertaxon(ecotx_t *taxon,
 						int other_taxid)
 {
 	ecotx_t *next_parent;
-	
-	next_parent = taxon->parent;	
-	
-	while ( (other_taxid != next_parent->taxid) && 
+
+	next_parent = taxon->parent;
+
+	while ( (other_taxid != next_parent->taxid) &&
 			(strcmp(next_parent->name, "root")) )
 	{
 		next_parent = next_parent->parent;
 	}
-		
+
 	if (other_taxid == next_parent->taxid)
 		return 1;
 	else
@@ -264,16 +264,16 @@ ecotx_t *eco_getspecies(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("species",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }
 
@@ -282,16 +282,16 @@ ecotx_t *eco_getgenus(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("genus",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }
 
@@ -301,16 +301,16 @@ ecotx_t *eco_getfamily(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("family",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }
 
@@ -319,16 +319,16 @@ ecotx_t *eco_getkingdom(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("kingdom",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }
 
@@ -337,15 +337,18 @@ ecotx_t *eco_getsuperkingdom(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("superkingdom",taxonomy->ranks);
+                if (rankindex < 0) {
+		   rankindex = rank_index("domain",taxonomy->ranks);
+                }
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }

tools/ecoPCRFormat.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python2.7
 
 import re
 import gzip
@@ -7,11 +7,8 @@ import sys
 import time
 import getopt
 
-try:
-    import psycopg2
-    _dbenable=True
-except ImportError:
-    _dbenable=False
+_dbenable=False
+
 
 #####
 #
@@ -221,56 +218,7 @@ def readTaxonomyDump(taxdir):
     
     return taxonomy,ranks,alternativeName,index
 
-def readTaxonomyDB(dbname):
-    connection = psycopg2.connect(database=dbname)
-    
-    cursor = connection.cursor()
-    cursor.execute("select numid,rank,parent from ncbi_taxonomy.taxon")
-    taxonomy=[list(x) for x in cursor]
 
-    cursor.execute("select rank_class from ncbi_taxonomy.taxon_rank_class order by rank_class")
-    ranks=cursor.fetchall()
-    ranks = dict(map(None,(x[0] for x in ranks),xrange(len(ranks))))
-    
-    print >>sys.stderr,"Sorting taxons..."
-    taxonomy.sort(taxonCmp)
-
-    print >>sys.stderr,"Indexing taxonomy..."
-    index = {}
-    for t in taxonomy:
-        index[t[0]]=bsearchTaxon(taxonomy, t[0])
-    
-    print >>sys.stderr,"Indexing parent and rank..."
-    for t in taxonomy:
-        t[1]=ranks[t[1]]
-        try:
-            t[2]=index[t[2]]
-        except KeyError,e:
-            if t[2] is None and t[0]==1:
-                t[2]=index[t[0]]
-            else:
-                raise e
-        
-    cursor.execute("select taxid,name,category from ncbi_taxonomy.name")
-    
-    alternativeName=[]
-    for taxid,name,classname in cursor:
-        alternativeName.append((name,classname,index[taxid]))
-        if classname == 'scientific name':
-            taxonomy[index[taxid]].append(name)
-    
-    cursor.execute("select old_numid,current_numid from ncbi_taxonomy.taxon_id_alias")
- 
-    print >>sys.stderr,"Adding taxid alias..."
-    for taxid,current in cursor:
-        if current is not None:
-            index[taxid]=index[current]
-        else:
-            index[taxid]=None
-            
-       
-    return taxonomy,ranks,alternativeName,index
-    
 #####
 #
 #
@@ -585,10 +533,9 @@ def ecoParseOptions(arguments):
            }
     
     o,filenames = getopt.getopt(arguments,
-                                'ht:T:n:gfe',
+                                'ht:n:gfe',
                                 ['help',
                                  'taxonomy=',
-                                 'taxonomy_db=',
                                  'name=',
                                  'genbank',
                                  'fasta',
@@ -601,9 +548,6 @@ def ecoParseOptions(arguments):
         elif name in ('-t','--taxonomy'):
             opt['taxmod']='dump'
             opt['taxdir']=value
-        elif name in ('-T','--taxonomy_db'):
-            opt['taxmod']='db'
-            opt['taxdb']=value
         elif name in ('-n','--name'):
             opt['prefix']=value
         elif name in ('-g','--genbank'):
@@ -622,6 +566,7 @@ def ecoParseOptions(arguments):
 
     return opt,filenames
 
+
 def printHelp():
     print "-----------------------------------"
     print " ecoPCRFormat.py"
@@ -641,11 +586,7 @@ if __name__ == '__main__':
     
     opt,filenames = ecoParseOptions(sys.argv[1:])
     
-    if opt['taxmod']=='dump':
-        taxonomy = readTaxonomyDump(opt['taxdir'])
-    elif opt['taxmod']=='db':
-        taxonomy = readTaxonomyDB(opt['taxdb'])
-        
-   
+    taxonomy = readTaxonomyDump(opt['taxdir'])
+    
     ecoDBWriter(opt['prefix'], taxonomy, filenames, opt['parser'])