Actualiser src/libecoPCR/ecorank.c

Actualiser src/libecoPCR/ecotax.c
Update ecopcr.c to comment a debug message
2025-06-12 13:35:06 +00:00 · 2025-06-12 13:34:30 +00:00 · 2020-04-27 14:10:30 +02:00 · 2020-04-27 12:07:28 +02:00 · 2019-01-22 15:17:59 +01:00 · 2018-07-30 14:45:48 +02:00
30 changed files with 2040 additions and 306 deletions
--- a/.cproject
+++ b/.cproject
@ -0,0 +1,122 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<?fileVersion 4.0.0?>
+
+<cproject>
+<storageModule moduleId="org.eclipse.cdt.core.settings">
+<cconfiguration id="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base.985481067">
+<storageModule buildSystemId="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.configurationDataProvider" id="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base.985481067" moduleId="org.eclipse.cdt.core.settings" name="MacOSX GCC">
+<externalSettings/>
+<extensions>
+<extension id="org.eclipse.cdt.core.MachO" point="org.eclipse.cdt.core.BinaryParser"/>
+<extension id="org.eclipse.cdt.core.GASErrorParser" point="org.eclipse.cdt.core.ErrorParser"/>
+<extension id="org.eclipse.cdt.core.GLDErrorParser" point="org.eclipse.cdt.core.ErrorParser"/>
+<extension id="org.eclipse.cdt.core.GCCErrorParser" point="org.eclipse.cdt.core.ErrorParser"/>
+<extension id="org.eclipse.cdt.core.MakeErrorParser" point="org.eclipse.cdt.core.ErrorParser"/>
+</extensions>
+</storageModule>
+<storageModule moduleId="cdtBuildSystem" version="4.0.0">
+<configuration artifactName="ecoPCR" buildProperties="" id="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base.985481067" name="MacOSX GCC" parent="org.eclipse.cdt.build.core.emptycfg">
+<folderInfo id="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base.985481067.141857048" name="/" resourcePath="">
+<toolChain id="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base.1673936174" name="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base" superClass="cdt.managedbuild.toolchain.gnu.macosx.base">
+<targetPlatform archList="all" binaryParser="org.eclipse.cdt.core.MachO" id="cdt.managedbuild.target.gnu.platform.macosx.base.584997877" name="Debug Platform" osList="macosx" superClass="cdt.managedbuild.target.gnu.platform.macosx.base"/>
+<builder id="cdt.managedbuild.target.gnu.builder.macosx.base.328283627" managedBuildOn="false" name="Gnu Make Builder.MacOSX GCC" superClass="cdt.managedbuild.target.gnu.builder.macosx.base"/>
+<tool id="cdt.managedbuild.tool.macosx.c.linker.macosx.base.627652869" name="MacOS X C Linker" superClass="cdt.managedbuild.tool.macosx.c.linker.macosx.base"/>
+<tool id="cdt.managedbuild.tool.macosx.cpp.linker.macosx.base.815782479" name="MacOS X C++ Linker" superClass="cdt.managedbuild.tool.macosx.cpp.linker.macosx.base"/>
+<tool id="cdt.managedbuild.tool.gnu.assembler.macosx.base.536333148" name="GCC Assembler" superClass="cdt.managedbuild.tool.gnu.assembler.macosx.base"/>
+<tool id="cdt.managedbuild.tool.gnu.archiver.macosx.base.202459766" name="GCC Archiver" superClass="cdt.managedbuild.tool.gnu.archiver.macosx.base"/>
+<tool id="cdt.managedbuild.tool.gnu.cpp.compiler.macosx.base.1142106025" name="GCC C++ Compiler" superClass="cdt.managedbuild.tool.gnu.cpp.compiler.macosx.base"/>
+<tool id="cdt.managedbuild.tool.gnu.c.compiler.macosx.base.845498516" name="GCC C Compiler" superClass="cdt.managedbuild.tool.gnu.c.compiler.macosx.base"/>
+</toolChain>
+</folderInfo>
+</configuration>
+</storageModule>
+<storageModule moduleId="scannerConfiguration">
+<autodiscovery enabled="true" problemReportingEnabled="true" selectedProfileId="org.eclipse.cdt.make.core.GCCStandardMakePerProjectProfile"/>
+<profile id="org.eclipse.cdt.make.core.GCCStandardMakePerProjectProfile">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="true" filePath=""/>
+<parser enabled="true"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/${specs_file}" command="gcc" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.make.core.GCCStandardMakePerFileProfile">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="true" filePath=""/>
+<parser enabled="true"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="makefileGenerator">
+<runAction arguments="-f ${project_name}_scd.mk" command="make" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.GCCManagedMakePerProjectProfile">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="false" filePath=""/>
+<parser enabled="false"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/${specs_file}" command="gcc" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.GCCManagedMakePerProjectProfileCPP">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="false" filePath=""/>
+<parser enabled="false"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/specs.cpp" command="g++" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.GCCManagedMakePerProjectProfileC">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="false" filePath=""/>
+<parser enabled="false"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/specs.c" command="gcc" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.GCCWinManagedMakePerProjectProfile">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="false" filePath=""/>
+<parser enabled="false"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/${specs_file}" command="gcc" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.GCCWinManagedMakePerProjectProfileCPP">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="false" filePath=""/>
+<parser enabled="false"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/specs.cpp" command="g++" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+<profile id="org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.GCCWinManagedMakePerProjectProfileC">
+<buildOutputProvider>
+<openAction enabled="false" filePath=""/>
+<parser enabled="false"/>
+</buildOutputProvider>
+<scannerInfoProvider id="specsFile">
+<runAction arguments="-E -P -v -dD ${plugin_state_location}/specs.c" command="gcc" useDefault="true"/>
+<parser enabled="true"/>
+</scannerInfoProvider>
+</profile>
+</storageModule>
+<storageModule moduleId="org.eclipse.cdt.core.externalSettings"/>
+</cconfiguration>
+</storageModule>
+<storageModule moduleId="cdtBuildSystem" version="4.0.0">
+<project id="ecoPCR.null.1320766773" name="ecoPCR"/>
+</storageModule>
+</cproject>
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@ -0,0 +1,21 @@
+/.gitignore
+/.cproject
+/.project
+
+# /src/
+/src/ecoPCR
+/src/ecofind
+/src/*.P
+/src/*.o
+/src/ecogrep
+
+# /src/libapat/
+/src/libapat/libapat.a
+/src/libapat/*.P
+
+# /src/libecoPCR/
+/src/libecoPCR/*.P
+
+# /src/libthermo/
+/src/libthermo/*.P
+
--- a/.project
+++ b/.project
@ -0,0 +1,83 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<projectDescription>
+	<name>ecoPCR</name>
+	<comment></comment>
+	<projects>
+	</projects>
+	<buildSpec>
+		<buildCommand>
+			<name>org.python.pydev.PyDevBuilder</name>
+			<arguments>
+			</arguments>
+		</buildCommand>
+		<buildCommand>
+			<name>org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.genmakebuilder</name>
+			<triggers>clean,full,incremental,</triggers>
+			<arguments>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.fullBuildTarget</key>
+					<value>all</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>?name?</key>
+					<value></value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.enableAutoBuild</key>
+					<value>false</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.enableFullBuild</key>
+					<value>true</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.enableCleanBuild</key>
+					<value>true</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.cleanBuildTarget</key>
+					<value>clean</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.append_environment</key>
+					<value>true</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.contents</key>
+					<value>org.eclipse.cdt.make.core.activeConfigSettings</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.useDefaultBuildCmd</key>
+					<value>true</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.buildArguments</key>
+					<value></value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.buildCommand</key>
+					<value>make</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.autoBuildTarget</key>
+					<value>all</value>
+				</dictionary>
+				<dictionary>
+					<key>org.eclipse.cdt.make.core.stopOnError</key>
+					<value>true</value>
+				</dictionary>
+			</arguments>
+		</buildCommand>
+		<buildCommand>
+			<name>org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.ScannerConfigBuilder</name>
+			<arguments>
+			</arguments>
+		</buildCommand>
+	</buildSpec>
+	<natures>
+		<nature>org.eclipse.cdt.core.cnature</nature>
+		<nature>org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.ScannerConfigNature</nature>
+		<nature>org.eclipse.cdt.managedbuilder.core.managedBuildNature</nature>
+		<nature>org.python.pydev.pythonNature</nature>
+	</natures>
+</projectDescription>
--- a/.pydevproject
+++ b/.pydevproject
@ -0,0 +1,7 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<?eclipse-pydev version="1.0"?>
+
+<pydev_project>
+<pydev_property name="org.python.pydev.PYTHON_PROJECT_VERSION">python 2.4</pydev_property>
+<pydev_property name="org.python.pydev.PYTHON_PROJECT_INTERPRETER">Default</pydev_property>
+</pydev_project>
--- a/549
+++ b/549
@ -0,0 +1,549 @@
+
+  CONTRAT DE LICENCE DE LOGICIEL LIBRE CeCILL
+
+Version 2.1 du 2013-06-21
+
+
+    Avertissement
+
+Ce contrat est une licence de logiciel libre issue d'une concertation
+entre ses auteurs afin que le respect de deux grands principes préside à
+sa rédaction:
+
+  * d'une part, le respect des principes de diffusion des logiciels
+    libres: accès au code source, droits étendus conférés aux utilisateurs,
+  * d'autre part, la désignation d'un droit applicable, le droit
+    français, auquel elle est conforme, tant au regard du droit de la
+    responsabilité civile que du droit de la propriété intellectuelle et
+    de la protection qu'il offre aux auteurs et titulaires des droits
+    patrimoniaux sur un logiciel.
+
+Les auteurs de la licence CeCILL (Ce[a] C[nrs] I[nria] L[ogiciel] L[ibre])
+sont:
+
+Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - CEA,
+établissement public de recherche à caractère scientifique, technique et
+industriel, dont le siège est situé 25 rue Leblanc, immeuble Le Ponant
+D, 75015 Paris.
+
+Centre National de la Recherche Scientifique - CNRS, établissement
+public à caractère scientifique et technologique, dont le siège est
+situé 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris cedex 16.
+
+Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique -
+Inria, établissement public à caractère scientifique et technologique,
+dont le siège est situé Domaine de Voluceau, Rocquencourt, BP 105, 78153
+Le Chesnay cedex.
+
+
+    Préambule
+
+Ce contrat est une licence de logiciel libre dont l'objectif est de
+conférer aux utilisateurs la liberté de modification et de
+redistribution du logiciel régi par cette licence dans le cadre d'un
+modèle de diffusion en logiciel libre.
+
+L'exercice de ces libertés est assorti de certains devoirs à la charge
+des utilisateurs afin de préserver ce statut au cours des
+redistributions ultérieures.
+
+L'accessibilité au code source et les droits de copie, de modification
+et de redistribution qui en découlent ont pour contrepartie de n'offrir
+aux utilisateurs qu'une garantie limitée et de ne faire peser sur
+l'auteur du logiciel, le titulaire des droits patrimoniaux et les
+concédants successifs qu'une responsabilité restreinte.
+
+A cet égard l'attention de l'utilisateur est attirée sur les risques
+associés au chargement, à l'utilisation, à la modification et/ou au
+développement et à la reproduction du logiciel par l'utilisateur étant
+donné sa spécificité de logiciel libre, qui peut le rendre complexe à
+manipuler et qui le réserve donc à des développeurs ou des
+professionnels avertis possédant des connaissances informatiques
+approfondies. Les utilisateurs sont donc invités à charger et tester
+l'adéquation du logiciel à leurs besoins dans des conditions permettant
+d'assurer la sécurité de leurs systèmes et/ou de leurs données et, plus
+généralement, à l'utiliser et l'exploiter dans les mêmes conditions de
+sécurité. Ce contrat peut être reproduit et diffusé librement, sous
+réserve de le conserver en l'état, sans ajout ni suppression de clauses.
+
+Ce contrat est susceptible de s'appliquer à tout logiciel dont le
+titulaire des droits patrimoniaux décide de soumettre l'exploitation aux
+dispositions qu'il contient.
+
+Une liste de questions fréquemment posées se trouve sur le site web
+officiel de la famille des licences CeCILL 
+(http://www.cecill.info/index.fr.html) pour toute clarification qui
+serait nécessaire.
+
+
+    Article 1 - DEFINITIONS
+
+Dans ce contrat, les termes suivants, lorsqu'ils seront écrits avec une
+lettre capitale, auront la signification suivante:
+
+Contrat: désigne le présent contrat de licence, ses éventuelles versions
+postérieures et annexes.
+
+Logiciel: désigne le logiciel sous sa forme de Code Objet et/ou de Code
+Source et le cas échéant sa documentation, dans leur état au moment de
+l'acceptation du Contrat par le Licencié.
+
+Logiciel Initial: désigne le Logiciel sous sa forme de Code Source et
+éventuellement de Code Objet et le cas échéant sa documentation, dans
+leur état au moment de leur première diffusion sous les termes du Contrat.
+
+Logiciel Modifié: désigne le Logiciel modifié par au moins une
+Contribution.
+
+Code Source: désigne l'ensemble des instructions et des lignes de
+programme du Logiciel et auquel l'accès est nécessaire en vue de
+modifier le Logiciel.
+
+Code Objet: désigne les fichiers binaires issus de la compilation du
+Code Source.
+
+Titulaire: désigne le ou les détenteurs des droits patrimoniaux d'auteur
+sur le Logiciel Initial.
+
+Licencié: désigne le ou les utilisateurs du Logiciel ayant accepté le
+Contrat.
+
+Contributeur: désigne le Licencié auteur d'au moins une Contribution.
+
+Concédant: désigne le Titulaire ou toute personne physique ou morale
+distribuant le Logiciel sous le Contrat.
+
+Contribution: désigne l'ensemble des modifications, corrections,
+traductions, adaptations et/ou nouvelles fonctionnalités intégrées dans
+le Logiciel par tout Contributeur, ainsi que tout Module Interne.
+
+Module: désigne un ensemble de fichiers sources y compris leur
+documentation qui permet de réaliser des fonctionnalités ou services
+supplémentaires à ceux fournis par le Logiciel.
+
+Module Externe: désigne tout Module, non dérivé du Logiciel, tel que ce
+Module et le Logiciel s'exécutent dans des espaces d'adressage
+différents, l'un appelant l'autre au moment de leur exécution.
+
+Module Interne: désigne tout Module lié au Logiciel de telle sorte
+qu'ils s'exécutent dans le même espace d'adressage.
+
+GNU GPL: désigne la GNU General Public License dans sa version 2 ou
+toute version ultérieure, telle que publiée par Free Software Foundation
+Inc.
+
+GNU Affero GPL: désigne la GNU Affero General Public License dans sa
+version 3 ou toute version ultérieure, telle que publiée par Free
+Software Foundation Inc.
+
+EUPL: désigne la Licence Publique de l'Union européenne dans sa version
+1.1 ou toute version ultérieure, telle que publiée par la Commission
+Européenne.
+
+Parties: désigne collectivement le Licencié et le Concédant.
+
+Ces termes s'entendent au singulier comme au pluriel.
+
+
+    Article 2 - OBJET
+
+Le Contrat a pour objet la concession par le Concédant au Licencié d'une
+licence non exclusive, cessible et mondiale du Logiciel telle que
+définie ci-après à l'article 5 <#etendue> pour toute la durée de
+protection des droits portant sur ce Logiciel.
+
+
+    Article 3 - ACCEPTATION
+
+3.1 L'acceptation par le Licencié des termes du Contrat est réputée
+acquise du fait du premier des faits suivants:
+
+  * (i) le chargement du Logiciel par tout moyen notamment par
+    téléchargement à partir d'un serveur distant ou par chargement à
+    partir d'un support physique;
+  * (ii) le premier exercice par le Licencié de l'un quelconque des
+    droits concédés par le Contrat.
+
+3.2 Un exemplaire du Contrat, contenant notamment un avertissement
+relatif aux spécificités du Logiciel, à la restriction de garantie et à
+la limitation à un usage par des utilisateurs expérimentés a été mis à
+disposition du Licencié préalablement à son acceptation telle que
+définie à l'article 3.1 <#acceptation-acquise> ci dessus et le Licencié
+reconnaît en avoir pris connaissance.
+
+
+    Article 4 - ENTREE EN VIGUEUR ET DUREE
+
+
+      4.1 ENTREE EN VIGUEUR
+
+Le Contrat entre en vigueur à la date de son acceptation par le Licencié
+telle que définie en 3.1 <#acceptation-acquise>.
+
+
+      4.2 DUREE
+
+Le Contrat produira ses effets pendant toute la durée légale de
+protection des droits patrimoniaux portant sur le Logiciel.
+
+
+    Article 5 - ETENDUE DES DROITS CONCEDES
+
+Le Concédant concède au Licencié, qui accepte, les droits suivants sur
+le Logiciel pour toutes destinations et pour la durée du Contrat dans
+les conditions ci-après détaillées.
+
+Par ailleurs, si le Concédant détient ou venait à détenir un ou
+plusieurs brevets d'invention protégeant tout ou partie des
+fonctionnalités du Logiciel ou de ses composants, il s'engage à ne pas
+opposer les éventuels droits conférés par ces brevets aux Licenciés
+successifs qui utiliseraient, exploiteraient ou modifieraient le
+Logiciel. En cas de cession de ces brevets, le Concédant s'engage à
+faire reprendre les obligations du présent alinéa aux cessionnaires.
+
+
+      5.1 DROIT D'UTILISATION
+
+Le Licencié est autorisé à utiliser le Logiciel, sans restriction quant
+aux domaines d'application, étant ci-après précisé que cela comporte:
+
+ 1.
+
+    la reproduction permanente ou provisoire du Logiciel en tout ou
+    partie par tout moyen et sous toute forme.
+
+ 2.
+
+    le chargement, l'affichage, l'exécution, ou le stockage du Logiciel
+    sur tout support.
+
+ 3.
+
+    la possibilité d'en observer, d'en étudier, ou d'en tester le
+    fonctionnement afin de déterminer les idées et principes qui sont à
+    la base de n'importe quel élément de ce Logiciel; et ceci, lorsque
+    le Licencié effectue toute opération de chargement, d'affichage,
+    d'exécution, de transmission ou de stockage du Logiciel qu'il est en
+    droit d'effectuer en vertu du Contrat.
+
+
+      5.2 DROIT D'APPORTER DES CONTRIBUTIONS
+
+Le droit d'apporter des Contributions comporte le droit de traduire,
+d'adapter, d'arranger ou d'apporter toute autre modification au Logiciel
+et le droit de reproduire le logiciel en résultant.
+
+Le Licencié est autorisé à apporter toute Contribution au Logiciel sous
+réserve de mentionner, de façon explicite, son nom en tant qu'auteur de
+cette Contribution et la date de création de celle-ci.
+
+
+      5.3 DROIT DE DISTRIBUTION
+
+Le droit de distribution comporte notamment le droit de diffuser, de
+transmettre et de communiquer le Logiciel au public sur tout support et
+par tout moyen ainsi que le droit de mettre sur le marché à titre
+onéreux ou gratuit, un ou des exemplaires du Logiciel par tout procédé.
+
+Le Licencié est autorisé à distribuer des copies du Logiciel, modifié ou
+non, à des tiers dans les conditions ci-après détaillées.
+
+
+        5.3.1 DISTRIBUTION DU LOGICIEL SANS MODIFICATION
+
+Le Licencié est autorisé à distribuer des copies conformes du Logiciel,
+sous forme de Code Source ou de Code Objet, à condition que cette
+distribution respecte les dispositions du Contrat dans leur totalité et
+soit accompagnée:
+
+ 1.
+
+    d'un exemplaire du Contrat,
+
+ 2.
+
+    d'un avertissement relatif à la restriction de garantie et de
+    responsabilité du Concédant telle que prévue aux articles 8
+    <#responsabilite> et 9 <#garantie>,
+
+et que, dans le cas où seul le Code Objet du Logiciel est redistribué,
+le Licencié permette un accès effectif au Code Source complet du
+Logiciel pour une durée d'au moins 3 ans à compter de la distribution du
+logiciel, étant entendu que le coût additionnel d'acquisition du Code
+Source ne devra pas excéder le simple coût de transfert des données.
+
+
+        5.3.2 DISTRIBUTION DU LOGICIEL MODIFIE
+
+Lorsque le Licencié apporte une Contribution au Logiciel, les conditions
+de distribution du Logiciel Modifié en résultant sont alors soumises à
+l'intégralité des dispositions du Contrat.
+
+Le Licencié est autorisé à distribuer le Logiciel Modifié, sous forme de
+code source ou de code objet, à condition que cette distribution
+respecte les dispositions du Contrat dans leur totalité et soit
+accompagnée:
+
+ 1.
+
+    d'un exemplaire du Contrat,
+
+ 2.
+
+    d'un avertissement relatif à la restriction de garantie et de
+    responsabilité du Concédant telle que prévue aux articles 8
+    <#responsabilite> et 9 <#garantie>,
+
+et, dans le cas où seul le code objet du Logiciel Modifié est redistribué,
+
+ 3.
+
+    d'une note précisant les conditions d'accès effectif au code source
+    complet du Logiciel Modifié, pendant une période d'au moins 3 ans à
+    compter de la distribution du Logiciel Modifié, étant entendu que le
+    coût additionnel d'acquisition du code source ne devra pas excéder
+    le simple coût de transfert des données.
+
+
+        5.3.3 DISTRIBUTION DES MODULES EXTERNES
+
+Lorsque le Licencié a développé un Module Externe les conditions du
+Contrat ne s'appliquent pas à ce Module Externe, qui peut être distribué
+sous un contrat de licence différent.
+
+
+        5.3.4 COMPATIBILITE AVEC D'AUTRES LICENCES
+
+Le Licencié peut inclure un code soumis aux dispositions d'une des
+versions de la licence GNU GPL, GNU Affero GPL et/ou EUPL dans le
+Logiciel modifié ou non et distribuer l'ensemble sous les conditions de
+la même version de la licence GNU GPL, GNU Affero GPL et/ou EUPL.
+
+Le Licencié peut inclure le Logiciel modifié ou non dans un code soumis
+aux dispositions d'une des versions de la licence GNU GPL, GNU Affero
+GPL et/ou EUPL et distribuer l'ensemble sous les conditions de la même
+version de la licence GNU GPL, GNU Affero GPL et/ou EUPL.
+
+
+    Article 6 - PROPRIETE INTELLECTUELLE
+
+
+      6.1 SUR LE LOGICIEL INITIAL
+
+Le Titulaire est détenteur des droits patrimoniaux sur le Logiciel
+Initial. Toute utilisation du Logiciel Initial est soumise au respect
+des conditions dans lesquelles le Titulaire a choisi de diffuser son
+oeuvre et nul autre n'a la faculté de modifier les conditions de
+diffusion de ce Logiciel Initial.
+
+Le Titulaire s'engage à ce que le Logiciel Initial reste au moins régi
+par le Contrat et ce, pour la durée visée à l'article 4.2 <#duree>.
+
+
+      6.2 SUR LES CONTRIBUTIONS
+
+Le Licencié qui a développé une Contribution est titulaire sur celle-ci
+des droits de propriété intellectuelle dans les conditions définies par
+la législation applicable.
+
+
+      6.3 SUR LES MODULES EXTERNES
+
+Le Licencié qui a développé un Module Externe est titulaire sur celui-ci
+des droits de propriété intellectuelle dans les conditions définies par
+la législation applicable et reste libre du choix du contrat régissant
+sa diffusion.
+
+
+      6.4 DISPOSITIONS COMMUNES
+
+Le Licencié s'engage expressément:
+
+ 1.
+
+    à ne pas supprimer ou modifier de quelque manière que ce soit les
+    mentions de propriété intellectuelle apposées sur le Logiciel;
+
+ 2.
+
+    à reproduire à l'identique lesdites mentions de propriété
+    intellectuelle sur les copies du Logiciel modifié ou non.
+
+Le Licencié s'engage à ne pas porter atteinte, directement ou
+indirectement, aux droits de propriété intellectuelle du Titulaire et/ou
+des Contributeurs sur le Logiciel et à prendre, le cas échéant, à
+l'égard de son personnel toutes les mesures nécessaires pour assurer le
+respect des dits droits de propriété intellectuelle du Titulaire et/ou
+des Contributeurs.
+
+
+    Article 7 - SERVICES ASSOCIES
+
+7.1 Le Contrat n'oblige en aucun cas le Concédant à la réalisation de
+prestations d'assistance technique ou de maintenance du Logiciel.
+
+Cependant le Concédant reste libre de proposer ce type de services. Les
+termes et conditions d'une telle assistance technique et/ou d'une telle
+maintenance seront alors déterminés dans un acte séparé. Ces actes de
+maintenance et/ou assistance technique n'engageront que la seule
+responsabilité du Concédant qui les propose.
+
+7.2 De même, tout Concédant est libre de proposer, sous sa seule
+responsabilité, à ses licenciés une garantie, qui n'engagera que lui,
+lors de la redistribution du Logiciel et/ou du Logiciel Modifié et ce,
+dans les conditions qu'il souhaite. Cette garantie et les modalités
+financières de son application feront l'objet d'un acte séparé entre le
+Concédant et le Licencié.
+
+
+    Article 8 - RESPONSABILITE
+
+8.1 Sous réserve des dispositions de l'article 8.2
+<#limite-responsabilite>, le Licencié a la faculté, sous réserve de
+prouver la faute du Concédant concerné, de solliciter la réparation du
+préjudice direct qu'il subirait du fait du Logiciel et dont il apportera
+la preuve.
+
+8.2 La responsabilité du Concédant est limitée aux engagements pris en
+application du Contrat et ne saurait être engagée en raison notamment:
+(i) des dommages dus à l'inexécution, totale ou partielle, de ses
+obligations par le Licencié, (ii) des dommages directs ou indirects
+découlant de l'utilisation ou des performances du Logiciel subis par le
+Licencié et (iii) plus généralement d'un quelconque dommage indirect. En
+particulier, les Parties conviennent expressément que tout préjudice
+financier ou commercial (par exemple perte de données, perte de
+bénéfices, perte d'exploitation, perte de clientèle ou de commandes,
+manque à gagner, trouble commercial quelconque) ou toute action dirigée
+contre le Licencié par un tiers, constitue un dommage indirect et
+n'ouvre pas droit à réparation par le Concédant.
+
+
+    Article 9 - GARANTIE
+
+9.1 Le Licencié reconnaît que l'état actuel des connaissances
+scientifiques et techniques au moment de la mise en circulation du
+Logiciel ne permet pas d'en tester et d'en vérifier toutes les
+utilisations ni de détecter l'existence d'éventuels défauts. L'attention
+du Licencié a été attirée sur ce point sur les risques associés au
+chargement, à l'utilisation, la modification et/ou au développement et à
+la reproduction du Logiciel qui sont réservés à des utilisateurs avertis.
+
+Il relève de la responsabilité du Licencié de contrôler, par tous
+moyens, l'adéquation du produit à ses besoins, son bon fonctionnement et
+de s'assurer qu'il ne causera pas de dommages aux personnes et aux biens.
+
+9.2 Le Concédant déclare de bonne foi être en droit de concéder
+l'ensemble des droits attachés au Logiciel (comprenant notamment les
+droits visés à l'article 5 <#etendue>).
+
+9.3 Le Licencié reconnaît que le Logiciel est fourni "en l'état" par le
+Concédant sans autre garantie, expresse ou tacite, que celle prévue à
+l'article 9.2 <#bonne-foi> et notamment sans aucune garantie sur sa
+valeur commerciale, son caractère sécurisé, innovant ou pertinent.
+
+En particulier, le Concédant ne garantit pas que le Logiciel est exempt
+d'erreur, qu'il fonctionnera sans interruption, qu'il sera compatible
+avec l'équipement du Licencié et sa configuration logicielle ni qu'il
+remplira les besoins du Licencié.
+
+9.4 Le Concédant ne garantit pas, de manière expresse ou tacite, que le
+Logiciel ne porte pas atteinte à un quelconque droit de propriété
+intellectuelle d'un tiers portant sur un brevet, un logiciel ou sur tout
+autre droit de propriété. Ainsi, le Concédant exclut toute garantie au
+profit du Licencié contre les actions en contrefaçon qui pourraient être
+diligentées au titre de l'utilisation, de la modification, et de la
+redistribution du Logiciel. Néanmoins, si de telles actions sont
+exercées contre le Licencié, le Concédant lui apportera son expertise
+technique et juridique pour sa défense. Cette expertise technique et
+juridique est déterminée au cas par cas entre le Concédant concerné et
+le Licencié dans le cadre d'un protocole d'accord. Le Concédant dégage
+toute responsabilité quant à l'utilisation de la dénomination du
+Logiciel par le Licencié. Aucune garantie n'est apportée quant à
+l'existence de droits antérieurs sur le nom du Logiciel et sur
+l'existence d'une marque.
+
+
+    Article 10 - RESILIATION
+
+10.1 En cas de manquement par le Licencié aux obligations mises à sa
+charge par le Contrat, le Concédant pourra résilier de plein droit le
+Contrat trente (30) jours après notification adressée au Licencié et
+restée sans effet.
+
+10.2 Le Licencié dont le Contrat est résilié n'est plus autorisé à
+utiliser, modifier ou distribuer le Logiciel. Cependant, toutes les
+licences qu'il aura concédées antérieurement à la résiliation du Contrat
+resteront valides sous réserve qu'elles aient été effectuées en
+conformité avec le Contrat.
+
+
+    Article 11 - DISPOSITIONS DIVERSES
+
+
+      11.1 CAUSE EXTERIEURE
+
+Aucune des Parties ne sera responsable d'un retard ou d'une défaillance
+d'exécution du Contrat qui serait dû à un cas de force majeure, un cas
+fortuit ou une cause extérieure, telle que, notamment, le mauvais
+fonctionnement ou les interruptions du réseau électrique ou de
+télécommunication, la paralysie du réseau liée à une attaque
+informatique, l'intervention des autorités gouvernementales, les
+catastrophes naturelles, les dégâts des eaux, les tremblements de terre,
+le feu, les explosions, les grèves et les conflits sociaux, l'état de
+guerre...
+
+11.2 Le fait, par l'une ou l'autre des Parties, d'omettre en une ou
+plusieurs occasions de se prévaloir d'une ou plusieurs dispositions du
+Contrat, ne pourra en aucun cas impliquer renonciation par la Partie
+intéressée à s'en prévaloir ultérieurement.
+
+11.3 Le Contrat annule et remplace toute convention antérieure, écrite
+ou orale, entre les Parties sur le même objet et constitue l'accord
+entier entre les Parties sur cet objet. Aucune addition ou modification
+aux termes du Contrat n'aura d'effet à l'égard des Parties à moins
+d'être faite par écrit et signée par leurs représentants dûment habilités.
+
+11.4 Dans l'hypothèse où une ou plusieurs des dispositions du Contrat
+s'avèrerait contraire à une loi ou à un texte applicable, existants ou
+futurs, cette loi ou ce texte prévaudrait, et les Parties feraient les
+amendements nécessaires pour se conformer à cette loi ou à ce texte.
+Toutes les autres dispositions resteront en vigueur. De même, la
+nullité, pour quelque raison que ce soit, d'une des dispositions du
+Contrat ne saurait entraîner la nullité de l'ensemble du Contrat.
+
+
+      11.5 LANGUE
+
+Le Contrat est rédigé en langue française et en langue anglaise, ces
+deux versions faisant également foi.
+
+
+    Article 12 - NOUVELLES VERSIONS DU CONTRAT
+
+12.1 Toute personne est autorisée à copier et distribuer des copies de
+ce Contrat.
+
+12.2 Afin d'en préserver la cohérence, le texte du Contrat est protégé
+et ne peut être modifié que par les auteurs de la licence, lesquels se
+réservent le droit de publier périodiquement des mises à jour ou de
+nouvelles versions du Contrat, qui posséderont chacune un numéro
+distinct. Ces versions ultérieures seront susceptibles de prendre en
+compte de nouvelles problématiques rencontrées par les logiciels libres.
+
+12.3 Tout Logiciel diffusé sous une version donnée du Contrat ne pourra
+faire l'objet d'une diffusion ultérieure que sous la même version du
+Contrat ou une version postérieure, sous réserve des dispositions de
+l'article 5.3.4 <#compatibilite>.
+
+
+    Article 13 - LOI APPLICABLE ET COMPETENCE TERRITORIALE
+
+13.1 Le Contrat est régi par la loi française. Les Parties conviennent
+de tenter de régler à l'amiable les différends ou litiges qui
+viendraient à se produire par suite ou à l'occasion du Contrat.
+
+13.2 A défaut d'accord amiable dans un délai de deux (2) mois à compter
+de leur survenance et sauf situation relevant d'une procédure d'urgence,
+les différends ou litiges seront portés par la Partie la plus diligente
+devant les Tribunaux compétents de Paris.
+
--- a/1
+++ b/1
@ -0,0 +1 @@
+1.0.0
--- a/src/Makefile
+++ b/src/Makefile
@ -1,4 +1,4 @@
-EXEC=ecoPCR ecofind ecoisundertaxon
+EXEC=ecoPCR ecofind ecogrep

 PCR_SRC= ecopcr.c
 PCR_OBJ= $(patsubst %.c,%.o,$(PCR_SRC))
@ -6,15 +6,19 @@ PCR_OBJ= $(patsubst %.c,%.o,$(PCR_SRC))
 FIND_SRC= ecofind.c
 FIND_OBJ= $(patsubst %.c,%.o,$(FIND_SRC))

+GREP_SRC= ecogrep.c
+GREP_OBJ= $(patsubst %.c,%.o,$(GREP_SRC))
+
 IUT_SRC= ecoisundertaxon.c
 IUT_OBJ= $(patsubst %.c,%.o,$(IUT_SRC))

 SRCS= $(PCR_SRC) $(FIND_SRC) $(IUT_SRC)

-LIB= -lecoPCR -lapat -lz -lm
+LIB= -lecoPCR -lthermo -lapat -lz -lm

 LIBFILE= libapat/libapat.a \
-         libecoPCR/libecoPCR.a
+         libecoPCR/libecoPCR.a \
+         libthermo/libthermo.a


 include global.mk
@ -44,6 +48,17 @@ ecoPCR: $(PCR_OBJ) $(LIBFILE)
 ecofind: $(FIND_OBJ) $(LIBFILE)
 	$(CC) $(LDFLAGS) -o $@ $< $(LIBPATH) $(LIB)
 	
+########
+#
+# ecogrep compilation
+#
+########
+	
+# executable compilation and link
+
+ecogrep: $(GREP_OBJ) $(LIBFILE)
+	$(CC) $(LDFLAGS) -o $@ $< $(LIBPATH) $(LIB)
+	
 ########
 #
 # IsUnderTaxon compilation
@ -67,6 +82,9 @@ libapat/libapat.a:
 libecoPCR/libecoPCR.a:
 	$(MAKE) -C libecoPCR
 	
+libthermo/libthermo.a:
+	$(MAKE) -C libthermo
+	
 	
 ########
 #
@ -79,6 +97,7 @@ clean:
 	rm -f $(EXEC)
 	$(MAKE) -C libapat clean
 	$(MAKE) -C libecoPCR clean
+	$(MAKE) -C libthermo clean
 		

 		
--- a/src/ecoPCR.gz
+++ b/src/ecoPCR.gz
--- a/src/ecofind.c
+++ b/src/ecofind.c
@ -9,10 +9,23 @@
 /**
 * display the result
 **/
-static void printresult(ecotx_t *taxon,econame_t* name,ecotaxonomy_t *taxonomy)
+
+void displayPath(ecotx_t *taxon, ecotaxonomy_t *taxonomy){
+
+	if (taxon != taxon->parent){
+		displayPath(taxon->parent,taxonomy);
+		printf(";");
+	}
+	if (rank_index("no rank",taxonomy->ranks) != taxon->rank)
+		printf("%s:", taxonomy->ranks->label[taxon->rank]);
+	printf("%s", taxon->name);
+}
+
+
+static void printresult(ecotx_t *taxon,econame_t* name,ecotaxonomy_t *taxonomy, int32_t pathDisplay)
 {
 	char* rankname;
-	char*  classname;
+	char* classname;
 	char* matchedname=taxon->name;
 	
 	classname="scientific name";
@ -24,31 +37,38 @@ static void printresult(ecotx_t *taxon,econame_t* name,ecotaxonomy_t *taxonomy)
 	
 	rankname= taxonomy->ranks->label[taxon->rank];	
 	
-	printf("%10d \t| %15s \t|\t %-50s \t|\t %15s \t|\t %s\n",
+	printf("%10d \t| %15s \t|\t %-50s \t|\t %15s \t|\t %s",
 			taxon->taxid,
 			rankname,
 			matchedname,
 			classname,
-			taxon->name);	
+			taxon->name);
+	if (pathDisplay) {
+	    printf("\t|\t");
+	    displayPath(taxon, taxonomy);
+	}
+    printf("\n");
 }

 /**
 * display header before printing any result
 **/
-static void printheader(void)
+static void printheader(int32_t pathDisplay)
 {
-	printf("# %12s \t| %15s \t|\t %-50s \t|\t %-15s \t|\t %s\n#\n",
+	printf("# %12s \t| %15s \t|\t %-50s \t|\t %-15s \t|\t %s%s\n#\n",
 			"taxonomy id",
 			"taxonomy rank",
 			"name",
 			"class name",
-			"scientific name");
+			"scientific name",
+			pathDisplay ? "\t|\t path":"");
 }

+
 /**
 * display son's list for given taxon
 **/
-static void get_son(ecotaxonomy_t *taxonomy, ecotx_t *taxon, int32_t *count, char *rankname)
+static void get_son(ecotaxonomy_t *taxonomy, ecotx_t *taxon, int32_t *count, char *rankname, int32_t pathDisplay)
 {
 	int32_t		i;
 	ecotx_t 	*current_taxon;
@ -57,14 +77,15 @@ static void get_son(ecotaxonomy_t *taxonomy, ecotx_t *taxon, int32_t *count, cha
 			i < taxonomy->taxons->count; 
 			i++, current_taxon++)
 	{	
-		if (taxon->taxid == current_taxon->parent->taxid)
+
+		if (taxon != current_taxon && taxon->taxid == current_taxon->parent->taxid)
 		{
 			if (rankname == NULL || !strcmp(rankname,taxonomy->ranks->label[current_taxon->rank]))
 			{
-				printresult(current_taxon, NULL, taxonomy);
+				printresult(current_taxon, NULL, taxonomy, pathDisplay);
 				(*count)++;	
 			}
-			get_son(taxonomy,current_taxon,count,rankname);
+			get_son(taxonomy,current_taxon,count,rankname, pathDisplay);
 		}
 	}
 }
@ -95,23 +116,23 @@ static void listfilteroptions(ecorankidx_t *ranks)
 /* get back on given taxid taxonomic parent	*/
 /* and display it							*/
 /* ---------------------------------------- */
-void gettaxidparents(int32_t taxid, ecotaxonomy_t *taxonomy, char *rankname)
+void gettaxidparents(int32_t taxid, ecotaxonomy_t *taxonomy, char *rankname, int32_t pathDisplay)
 {
 	ecotx_t *next_parent;
 	int32_t	c = 0;
 	
 	next_parent = eco_findtaxonbytaxid(taxonomy, taxid);		
 	
-	printheader();
+	printheader(pathDisplay);
 	
-	printresult(next_parent, NULL,taxonomy);
+	printresult(next_parent, NULL,taxonomy, pathDisplay);
 		
 	while ( strcmp(next_parent->name, "root") )
 	{
 		next_parent = next_parent->parent;
 		if (rankname == NULL || !strcmp(rankname,taxonomy->ranks->label[next_parent->rank]))
 		{
-			printresult(next_parent, NULL,taxonomy);
+			printresult(next_parent, NULL,taxonomy, pathDisplay);
 			c++;
 		}
 	}
@ -128,7 +149,7 @@ void gettaxidparents(int32_t taxid, ecotaxonomy_t *taxonomy, char *rankname)
 static void ExitUsage(stat)
        int stat;
 {
-        PP      "usage: ecofind [-d database] [-h] [-l] [-r taxonomic rank] [-p taxid] [-s taxid] <taxon name pattern> ... \n");
+        PP      "usage: ecofind [-d database] [-h] [-l] [-P] [-r taxonomic rank] [-p taxid] [-s taxid] <taxon name pattern> ... \n");
        PP      "type \"ecofind -h\" for help\n");
        if (stat)
            exit(stat);
@ -159,9 +180,11 @@ static void PrintHelp()
        PP		"     Write the database radical without any extension.\n\n");
        PP      "-h : [H]elp - print <this> help\n\n");
        PP      "-l : [L]ist all taxonomic rank available for -r option\n\n");
+        PP      "-P : [P]ath : add a column containing the full path for each displayed taxon\n\n");
        PP      "-p : [P]arents : specifiying this option displays all parental tree's information for the given taxid.\n\n");
        PP      "-r : [R]estrict to given taxonomic rank\n\n");      
        PP      "-s : [S]ons: specifiying this option displays all subtree's information for the given taxid.\n\n");
+        PP      "-P : Display taxonomic [P]ath as suplementary column in output\n\n");
        PP      "arguments:\n");        
        PP      "<taxon> name pattern bearing regular expressions\n\n");
        PP      "------------------------------------------\n");
@ -197,31 +220,36 @@ int main(int argc, char **argv)
 	char			*rankname	= NULL;
 	int32_t			rankfilter 	= 1;
 	int32_t			list 		= 0;
+	int32_t			path 		= 0;
 	
 	ecotx_t 		*subtree_parent;
 	int32_t			count_son = 0;


-	while ((carg = getopt(argc, argv, "had:p:s:r:l")) != -1) {
+	while ((carg = getopt(argc, argv, "had:p:s:r:lP")) != -1) {
 	    switch (carg) {                        
 	       case 's':               	/* path to the database     */
 	          sscanf(optarg,"%d",&subtree);
 	          break;

 	       case 'r':               	/* rank filter     */
-	          rankname = ECOMALLOC(strlen(optarg),"allocation rankname");
+	          rankname = ECOMALLOC(strlen(optarg)+1,"allocation rankname");
 	          strcpy(rankname,optarg);
 	          rankfilter = 0;
 	          break;

 	       case 'd':               	/* path to the database     */
-	          prefix = ECOMALLOC(strlen(optarg),"allocation prefix");
+	          prefix = ECOMALLOC(strlen(optarg)+1,"allocation prefix");
 	          strcpy(prefix,optarg);
 	          break;
 	          
 	       case 'l':               	/* list rank filter options */
 	          list = 1;
 	          break;
+
+	       case 'P':               	/* Path output option */
+	          path=1;
+	          break;
 	
 	       case 'a':               	/* allow alternative names  */
 	          alternative = 1;
@ -279,7 +307,7 @@ int main(int argc, char **argv)
 	/* ----------------------------------------	*/	
 	if (uptree)
 	{
-		gettaxidparents(uptree,taxonomy,rankname);
+		gettaxidparents(uptree,taxonomy,rankname, path);
 		return 0;	
 	}
 	
@ -289,10 +317,10 @@ int main(int argc, char **argv)
 	/* ----------------------------------------	*/		
 	if (subtree)
 	{
-		printheader();
+		printheader(path);
 		subtree_parent = eco_findtaxonbytaxid(taxonomy,subtree);
-		printresult(subtree_parent, NULL,taxonomy);
-		get_son(taxonomy, subtree_parent,&count_son,rankname);
+		printresult(subtree_parent, NULL,taxonomy, path);
+		get_son(taxonomy, subtree_parent,&count_son,rankname, path);
 		printf("#  %d son(s) found\n#\n",count_son);
 		return 0;
 	}
@ -315,7 +343,7 @@ int main(int argc, char **argv)
 		
 		nummatch=0;
 		
-	    printheader();
+	    printheader(path);
 		
 		for (j=0,name=taxonomy->names->names;
 		     j < name_count;
@ -329,7 +357,7 @@ int main(int argc, char **argv)
   			
   			if (!re_match && (alternative || name->is_scientificname) && rankfilter)
   			{
-   				printresult(name->taxon,name,taxonomy);
+   				printresult(name->taxon,name,taxonomy, path);
   				nummatch++;
   			}
   			
--- a/src/ecofind.gz
+++ b/src/ecofind.gz
--- a/src/ecogrep.c
+++ b/src/ecogrep.c
@ -22,18 +22,18 @@ void getLineContent(char *stream, ecoseq_t *seq, ecoseq_t *oligoseq_1, ecoseq_t
 				case 0:
 					seq->AC = strdup(buffer);
 					break;
-				case 4:
+				case 2:
 					sscanf(buffer,"%d",&seq->taxid);
 					break;
 				case 13:
 					oligoseq_1->SQ = strdup(buffer);
 					oligoseq_1->SQ_length = strlen(buffer);
 					break;
-				case 15:
+				case 16:
 					oligoseq_2->SQ = strdup(buffer);
 					oligoseq_2->SQ_length = strlen(buffer);
 					break;
-				case 18:
+				case 20:
 					seq->SQ = strdup(buffer);
 					seq->SQ_length = strlen(buffer);
 					break;
@ -64,7 +64,7 @@ int	ispatternmatching(ecoseq_t *seq, PatternPtr pattern){
 	if (pattern != NULL)
 	{
 		SeqPtr 	apatseq	= NULL;
-		apatseq=ecoseq2apatseq(seq,apatseq);
+		apatseq=ecoseq2apatseq(seq,apatseq,0);
 		return ManberAll(apatseq,pattern,0,0,apatseq->seqlen) > 0;
 	}
 	else return 0;
@ -400,4 +400,4 @@ int main(int argc, char **argv){
 	ECOFREE(restricted_taxid,"Error in free stream");
 	
 	return 0;
-}
+}
--- a/src/ecogrep.gz
+++ b/src/ecogrep.gz
--- a/src/ecopcr.c
+++ b/src/ecopcr.c
@ -1,11 +1,13 @@
 #include "libecoPCR/ecoPCR.h"
+#include "libthermo/nnparams.h"
 #include <stdio.h>
 #include <string.h>
 #include <stdlib.h>
 #include <getopt.h>


-#define VERSION "0.1"
+#define VERSION "1.0.1"
+

 /* ----------------------------------------------- */
 /* printout help                                   */                                           
@ -21,16 +23,21 @@ static void PrintHelp()
        PP      "usage: ecoPCR [options] <nucleotidic patterns>\n");
        PP      "------------------------------------------\n");
        PP      "options:\n");
+        PP      "-a    : Salt concentration in M for Tm computation (default 0.05 M)\n\n");
+        PP      "-c    : Consider that the database sequences are [c]ircular\n\n");
        PP      "-d    : [D]atabase : to match the expected format, the database\n");
-        PP      "        has to be formated first by the ecoPCRFormat.py program located.\n");
+        PP      "        has to be formatted first by the ecoPCRFormat.py program located.\n");
        PP      "        in the tools directory.\n");
        PP      "        ecoPCRFormat.py creates three file types :\n");
        PP      "            .sdx : contains the sequences\n");
        PP      "            .tdx : contains information concerning the taxonomy\n");
        PP      "            .rdx : contains the taxonomy rank\n\n");
        PP      "        ecoPCR needs all the file type. As a result, you have to write the\n");
-        PP      "        database radical without any extension. For example /ecoPCRDB/gbmam\n\n");        
-        PP      "-e    : [E]rror : max error allowed by oligonucleotide (0 by default)\n\n");
+        PP      "        database radical without any extension. For example /ecoPCRDB/gbmam\n\n");
+        PP      "-D    : Keeps the specified number of nucleotides on each side of the in silico \n");
+        PP      "        amplified sequences (including the amplified DNA fragment plus the two target \n");
+        PP      "        sequences of the primers).\n\n");
+        PP      "-e    : [E]rror : max errors allowed by oligonucleotide (0 by default)\n\n");
        PP      "-h    : [H]elp - print <this> help\n\n");
        PP      "-i    : [I]gnore the given taxonomy id.\n");
        PP      "        Taxonomy id are available using the ecofind program.\n");
@ -39,9 +46,11 @@ static void PrintHelp()
        PP      "        super kingdom mode by default.\n\n");
        PP      "-l    : minimum [L]ength : define the minimum amplication length. \n\n");
        PP      "-L    : maximum [L]ength : define the maximum amplicationlength. \n\n");
+        PP      "-m    : Salt correction method for Tm computation (SANTALUCIA : 1\n");
+		PP      "        or OWCZARZY:2, default=1)\n\n");
        PP      "-r    : [R]estricts the search to the given taxonomic id.\n");
        PP      "        Taxonomy id are available using the ecofind program.\n");
-        PP      "        see its help typing ecofind -h for more information.\n");
+        PP      "        see its help typing ecofind -h for more information.\n\n");
        PP      "\n");
        PP      "------------------------------------------\n");
        PP      "first argument : oligonucleotide for direct strand\n\n");
@ -63,13 +72,15 @@ static void PrintHelp()
        PP      "column 13 : strand (direct or reverse)\n");
        PP      "column 14 : first oligonucleotide\n");
        PP      "column 15 : number of errors for the first strand\n");
-        PP      "column 16 : second oligonucleotide\n");
-        PP      "column 17 : number of errors for the second strand\n");
-        PP      "column 18 : amplification length\n");
-        PP      "column 19 : sequence\n");
-        PP      "column 20 : definition\n");
+        PP      "column 16 : Tm for hybridization of primer 1 at this site\n");
+        PP      "column 17 : second oligonucleotide\n");
+        PP      "column 18 : number of errors for the second strand\n");
+        PP      "column 19 : Tm for hybridization of primer 1 at this site\n");
+        PP      "column 20 : amplification length\n");
+        PP      "column 21 : sequence\n");
+        PP      "column 22 : definition\n");
        PP      "------------------------------------------\n");
-        PP		" http://www.grenoble.prabi.fr/trac/ecoPCR/\n");
+        PP		" https://git.metabarcoding.org/obitools/ecopcr/wikis/home\n");
        PP      "------------------------------------------\n\n");        
        PP      "\n");

@ -96,12 +107,15 @@ static void ExitUsage(stat)
 #undef  PP

 void printRepeat(ecoseq_t *seq,
+				 char* primer1, char* primer2,
+				 PNNParams tparm,
                 PatternPtr o1, PatternPtr o2,
                 char strand, 
                 char kingdom,
                 int32_t pos1, int32_t pos2,
                 int32_t err1, int32_t err2,
-                 ecotaxonomy_t *taxonomy)
+                 ecotaxonomy_t *taxonomy,
+                 int32_t delta)
 {
 	char     *AC;
 	int32_t  seqlength;
@ -124,12 +138,18 @@ void printRepeat(ecoseq_t *seq,
 	
 	int32_t  error1;
 	int32_t  error2;
+	int32_t  ldelta,rdelta;
 	
 	char     *amplifia = NULL;
 	int32_t  amplength;
+	double   tm1,tm2;
+	double   tm=0;
 	
+	int32_t i;
+
 	AC = seq->AC;
 	seqlength = seq->SQ_length;
+
 	
 	main_taxon    = &taxonomy->taxons->taxon[seq->taxid];
 	taxid         = main_taxon->taxid;
@ -184,44 +204,81 @@ void printRepeat(ecoseq_t *seq,
 			superkingdom_name  = "###";
 		}
 	
-	amplength = pos2-pos1;     
-	
-	amplifia = getSubSequence(seq->SQ,pos1,pos2);
-	
+
+
+	ldelta=(pos1 <= delta)?pos1:delta;
+
+
+
+	/*rdelta=((pos2+delta)>=seqlength)?seqlength-pos2-1:delta;        */
+	rdelta=((pos2+delta)>=seqlength)?seqlength-pos2:delta;
+
+	amplifia = getSubSequence(seq->SQ,pos1-ldelta,pos2+rdelta);
+	amplength= strlen(amplifia)-rdelta-ldelta;
 	
 	if (strand=='R')
 	{
-		ecoComplementSequence(amplifia);
-		strncpy(oligo1,amplifia,o2->patlen);
+
+	    ecoComplementSequence(amplifia);
+
+		strncpy(oligo1,amplifia + rdelta ,o2->patlen);
+
 		oligo1[o2->patlen]=0;
 		error1=err2;
-		
-		strncpy(oligo2,amplifia + amplength - o1->patlen,o1->patlen);
+
+		strncpy(oligo2, amplifia + rdelta + amplength - o1->patlen,o1->patlen);
 		oligo2[o1->patlen]=0;
 		error2=err1;
 		
-		amplifia+=o2->patlen;
+		if (delta==0)
+			amplifia+=o2->patlen;
+		else
+		{
+			delta=ldelta;
+			ldelta=rdelta+o2->patlen;
+			rdelta=delta+o1->patlen;
+		}
 	}
-	else
+	else /* strand == 'D' */
 	{
-		strncpy(oligo1,amplifia,o1->patlen);
+		strncpy(oligo1,amplifia+ldelta,o1->patlen);
 		oligo1[o1->patlen]=0;
 		error1=err1;
 		
-		strncpy(oligo2,amplifia + amplength - o2->patlen,o2->patlen);
+		strncpy(oligo2,amplifia + ldelta + amplength - o2->patlen,o2->patlen);
 		oligo2[o2->patlen]=0;
 		error2=err2;
 		
-		amplifia+=o1->patlen;
+		if (delta==0)
+			amplifia+=o1->patlen;
+		else
+		{
+			ldelta+=o1->patlen;
+			rdelta+=o2->patlen;
+		}
 		
 	}
 	
-
 	
 	ecoComplementSequence(oligo2);
-	amplifia[amplength - o2->patlen - o1->patlen]=0;
+	if(delta==0)
+		amplifia[amplength - o2->patlen - o1->patlen]=0;
+	else
+	{
+		delta=ldelta+rdelta+amplength-o1->patlen-o2->patlen;
+		for (i=0;i<ldelta;i++)
+			amplifia[i]|=32;
+		for (i=1;i<=rdelta;i++)
+			amplifia[delta-i]|=32;
+
+		amplifia[delta]=0;
+
+	}
 	
-	printf("%-15s | %9d | %8d | %-20s | %8d | %-30s | %8d | %-30s | %8d | %-30s | %8d | %-30s | %c | %-32s | %2d | %-32s | %2d | %5d | %s | %s\n",
+	tm1=nparam_CalcTwoTM(tparm,oligo1,primer1,o1->patlen) - 273.15;
+	tm2=nparam_CalcTwoTM(tparm,oligo2,primer2,o2->patlen) - 273.15;
+	tm = (tm1 < tm2) ? tm1:tm2;
+	printf("%-15s | %9d | %8d | %-20s | %8d | %-30s | %8d | %-30s | %8d | %-30s | %8d | %-30s | %c | %-32s | %2d | %5.2f | %-32s | %2d | %5.2f | %5d | %s | %s\n",
 			AC,
 			seqlength,
 			taxid,
@ -237,12 +294,15 @@ void printRepeat(ecoseq_t *seq,
 			strand,
 			oligo1,
 			error1,
+			tm1,
 			oligo2,
 			error2,
-			amplength,
+			tm2,
+			amplength - o1->patlen - o2->patlen,
 			amplifia,
 			seq->DE
 		  );
+
 }

 int main(int argc, char **argv) 
@ -263,6 +323,7 @@ int main(int argc, char **argv)
 	PatternPtr    o1c;
 	PatternPtr 	  o2c;
 	
+	int32_t       delta=0;
 	int32_t       lmin=0;
 	int32_t       lmax=0;
 	int32_t       error_max=0;
@ -297,9 +358,13 @@ int main(int argc, char **argv)
 	int32_t       *ignored_taxid	= NULL;
 	int32_t		  r=0;
 	int32_t		  g=0;	
+	int32_t		  circular=0;
 	
+	int32_t		  saltmethod=SALT_METHOD_SANTALUCIA;
+	double		  salt=0.05;
+	CNNParams     tparm;

-    while ((carg = getopt(argc, argv, "hd:l:L:e:i:r:k")) != -1) {
+    while ((carg = getopt(argc, argv, "hcd:l:L:e:i:r:km:a:tD:")) != -1) {
    	
     switch (carg) {
                                /* -------------------- */
@ -317,6 +382,12 @@ int main(int argc, char **argv)
           exit(0);
           break;

+           	   	   	   	   	    /* ------------------------- */
+        case 'D':               /* min amplification lenght  */
+        						/* ------------------------- */
+        	sscanf(optarg,"%d",&delta);
+        	break;
+
                                /* ------------------------- */
        case 'l':               /* min amplification lenght  */
                                /* ------------------------- */
@ -359,7 +430,25 @@ int main(int argc, char **argv)
          break;
          
                                /* -------------------- */
-        case '?':               /* bad option           */
+        case 'c':               /* stores the taxonomic id to ignore */
+        						/* --------------------------------- */
+		  circular = 1;
+          break;
+          
+
+					/* --------------------------------- */
+		case 'm':               /* set salt method                   */
+					/* --------------------------------- */
+		sscanf(optarg,"%d",&(saltmethod));
+		break;
+
+					/* --------------------------------- */
+		case 'a':               /* set salt 	         */
+					/* --------------------------------- */
+		sscanf(optarg,"%lf",&(salt));
+		break;
+
+		case '?':               /* bad option           */
                                /* -------------------- */
            errflag++;
   		}
@ -379,6 +468,13 @@ int main(int argc, char **argv)
 		oligo2 = ECOMALLOC(strlen(argv[optind])+1,
                              "Error on oligo1 allocation");
 		strcpy(oligo2,argv[optind]);
+		
+		if (circular)
+		{
+			circular = strlen(oligo1);
+			if (strlen(oligo2)>(size_t)circular)
+				circular = strlen(oligo2);
+		}
 	}
 	else
 		errflag++;
@ -390,6 +486,10 @@ int main(int argc, char **argv)
 			errflag++;
 	}
 	
+	nparam_InitParams(&tparm,DEF_CONC_PRIMERS,
+				 	  DEF_CONC_PRIMERS,
+					  salt,
+					  saltmethod);
 	                  
    if (!oligo1 || !oligo2)
    		errflag++;
@ -403,12 +503,22 @@ int main(int argc, char **argv)
 	o1c = complementPattern(o1);
 	o2c = complementPattern(o2);
 	
+	printf("#@ecopcr-v2\n");
 	printf("#\n");
 	printf("# ecoPCR version %s\n",VERSION);
 	printf("# direct  strand oligo1 : %-32s ; oligo2c : %32s\n", o1->cpat,o2c->cpat);
 	printf("# reverse strand oligo2 : %-32s ; oligo1c : %32s\n", o2->cpat,o1c->cpat);
 	printf("# max error count by oligonucleotide : %d\n",error_max);
 	
+	double tm,tm1,tm2;
+
+	tm1=nparam_CalcSelfTM(&tparm,o1->cpat,o1->patlen) - 273.15;
+	tm2=nparam_CalcSelfTM(&tparm,o2->cpat,o2->patlen) - 273.15;
+	tm = (tm1 < tm2) ? tm1:tm2;
+
+	printf("# optimal Tm for primers 1 : %5.2f\n",tm1);
+	printf("# optimal Tm for primers 2 : %5.2f\n",tm2);
+
 	printf("# database : %s\n",prefix);
 	if (lmin && lmax)
 		printf("# amplifiat length between [%d,%d] bp\n",lmin,lmax);
@ -420,6 +530,10 @@ int main(int argc, char **argv)
 		printf("# output in kingdom mode\n");
 	else
 		printf("# output in superkingdom mode\n");
+	if (circular)
+		printf("# DB sequences are considered as circular\n");
+	else
+		printf("# DB sequences are considered as linear\n");
 	printf("#\n");

 	taxonomy = read_taxonomy(prefix,0);
@ -452,15 +566,15 @@ int main(int argc, char **argv)
 		        )
 		     {
 		
-				scname = taxonomy->taxons->taxon[seq->taxid].name;
-				strncpy(head,seq->SQ,10);
-				head[10]=0;
-				strncpy(tail,seq->SQ+seq->SQ_length-10,10);
-				tail[10]=0;
+				//scname = taxonomy->taxons->taxon[seq->taxid].name;
+				//strncpy(head,seq->SQ,10);
+				//head[10]=0;
+				//strncpy(tail,seq->SQ+seq->SQ_length-10,10);
+				//tail[10]=0;
 		
-				apatseq=ecoseq2apatseq(seq,apatseq);
+				apatseq=ecoseq2apatseq(seq,apatseq,circular);
 				
-				o1Hits = ManberAll(apatseq,o1,0,0,apatseq->seqlen);
+				o1Hits = ManberAll(apatseq,o1,0,0,apatseq->seqlen+apatseq->circular);
 				o2cHits= 0;
 				
 				if (o1Hits)
@ -472,24 +586,47 @@ int main(int argc, char **argv)
 						length= stktmp->val[stktmp->top-1] + o1->patlen - begin + lmax + o2->patlen;
 					else
 						length= apatseq->seqlen - begin;
-						
+					
+					if (circular)
+					{
+						begin = 0;
+						length=apatseq->seqlen+circular;
+					}	
 					o2cHits = ManberAll(apatseq,o2c,1,begin,length);
 		
 					if (o2cHits)
 						for (i=0; i < o1Hits;i++)
 						{
 							posi = apatseq->hitpos[0]->val[i];
-							erri = apatseq->hiterr[0]->val[i];
-							for (j=0; j < o2cHits; j++)
+														
+							if (posi < apatseq->seqlen)
 							{
-								posj  =apatseq->hitpos[1]->val[j] + o2c->patlen;
-								errj  =apatseq->hiterr[1]->val[j];
-								length=posj - posi + 1  - o1->patlen - o2->patlen;
-								
-								if ((!lmin || (length >= lmin)) &&
-								    (!lmax || (length <= lmax)))
-								    printRepeat(seq,o1,o2c,'D',kingdom_mode,posi,posj,erri,errj,taxonomy);
-									//printf("%s\tD\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o1Hits,o2cHits,posi,posj,scname);
+								erri = apatseq->hiterr[0]->val[i];
+								for (j=0; j < o2cHits; j++)
+								{
+									posj  =apatseq->hitpos[1]->val[j];
+									
+									if (posj < apatseq->seqlen)
+									{
+										posj+=o2c->patlen;
+										// printf("coucou %d %d %d\n",posi,posj,apatseq->seqlen);
+										errj = apatseq->hiterr[1]->val[j];
+										length = 0;
+										if (posj > posi)
+											length = posj - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+										else {
+											if (circular > 0)
+												length = posj + apatseq->seqlen - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+										}
+										if ((length>0) &&	// For when primers touch or overlap
+											(!lmin || (length >= lmin)) &&
+											(!lmax || (length <= lmax)))
+										{
+										    printRepeat(seq,oligo1,oligo2,&tparm,o1,o2c,'D',kingdom_mode,posi,posj,erri,errj,taxonomy,delta);
+											//printf("%s\tD\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o1Hits,o2cHits,posi,posj,scname);
+										}
+									}
+								}
 							}
 						}
 				}
@ -506,23 +643,47 @@ int main(int argc, char **argv)
 					else
 						length= apatseq->seqlen - begin;
 						
+					if (circular)
+					{
+						begin = 0;
+						length=apatseq->seqlen+circular;
+					}	
+
 					o1cHits = ManberAll(apatseq,o1c,3,begin,length);
-					
+					// printf("circular=  %d\n",circular);
 					if (o1cHits)
 						for (i=0; i < o2Hits;i++)
 						{
 							posi = apatseq->hitpos[2]->val[i];
-							erri = apatseq->hiterr[2]->val[i];
-							for (j=0; j < o1cHits; j++)
+
+							if (posi < apatseq->seqlen)
 							{
-								posj=apatseq->hitpos[3]->val[j] + o1c->patlen;
-								errj=apatseq->hiterr[3]->val[j];
-								length=posj - posi + 1 - o1->patlen - o2->patlen;
-								
-								if ((!lmin || (length >= lmin)) &&
-								    (!lmax || (length <= lmax)))
-								    printRepeat(seq,o2,o1c,'R',kingdom_mode,posi,posj,erri,errj,taxonomy);
-									//printf("%s\tR\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o2Hits,o1cHits,posi,posj,scname);
+								erri = apatseq->hiterr[2]->val[i];
+								for (j=0; j < o1cHits; j++)
+								{
+									posj=apatseq->hitpos[3]->val[j];
+									if (posj < apatseq->seqlen)
+									{
+										posj+=o1c->patlen;
+										errj=apatseq->hiterr[3]->val[j];
+
+										length = 0;
+										if (posj > posi)
+											length = posj - posi + 1  - o2->patlen - o1->patlen; /* - o1->patlen : deleted by <EC> (prior to the OBITools3) */
+										else {
+										if (circular > 0)
+											length = posj + apatseq->seqlen - posi - o1->patlen - o2->patlen;
+										}
+
+										if ((length>0) &&	// For when primers touch or overlap
+											(!lmin || (length >= lmin)) &&
+											(!lmax || (length <= lmax)))
+										{
+										    printRepeat(seq,oligo1,oligo2,&tparm,o2,o1c,'R',kingdom_mode,posi,posj,erri,errj,taxonomy,delta);
+											//printf("%s\tR\t%s...%s (%d)\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\n",seq->AC,head,tail,seq->SQ_length,o2Hits,o1cHits,posi,posj,scname);
+										}
+									}
+								}
 							}
 						}
 				}	
--- a/src/global.mk
+++ b/src/global.mk
@ -1,14 +1,13 @@
-MACHINE=MAC_OS_X
-LIBPATH= -Llibapat -LlibecoPCR
-MAKEDEPEND = gcc -D$(MACHINE) -M $(CPPFLAGS) -o $*.d $<
+LIBPATH= -Llibapat -LlibecoPCR -Llibthermo
+MAKEDEPEND = gcc -M $(CPPFLAGS) -o $*.d $<

 CC=gcc
-CFLAGS= -W -Wall -O2 -g
+CFLAGS= -O3 -w

 default: all

 %.o: %.c
-	$(CC) -D$(MACHINE) $(CFLAGS) -c -o $@ $<
+	$(CC) $(CFLAGS) -c -o $@ $<

 %.P : %.c
 	$(MAKEDEPEND)
--- a/src/libapat/Gtypes.h
+++ b/src/libapat/Gtypes.h
@ -27,13 +27,9 @@
 #define PROTO   1                       /* prototypes flag              */
 #endif

-#ifdef MAC_OS_C
-#define Vrai    true                    /* TC boolean values            */
-#define Faux    false                   /*                              */
-#else
+
 #define Vrai    0x1                     /* bool values  = TRUE          */
 #define Faux    0x0                     /*              = FALSE         */
-#endif

 #define Nil     NULL                    /* nil pointer                  */

@ -42,28 +38,7 @@
 #define kBigUInt16      0xffff          /* plus grand 16 bits ~signe    */
 #define kBigUInt32      0xffffffff      /* plus grand 32 bits ~signe    */

-#ifdef MAC_OS_C
-/* ==================================================== */
-/*  Types (for Macintosh ThinK C || MWerks)             */
-/* ==================================================== */

-                                        /* --- specific sizes --------- */
-typedef long            Int32;          /* Int32  = 32 bits signe       */
-typedef unsigned long   UInt32;         /* UInt32 = 32 bits ~signe      */
-typedef short           Int16;          /* Int16  = 16 bits signe       */
-typedef unsigned short  UInt16;         /* UInt32 = 16 bits ~signe      */
-typedef char            Int8;           /* Int8   = 8 bits signe        */
-typedef unsigned char   UInt8;          /* UInt8  = 8 bits ~signe       */
-
-                                        /* --- default types ---------- */
-
-typedef Boolean         Bool;           /* booleen                      */
-
-typedef long            Int;            /* 'natural' int (>= 32 bits)   */
-
-typedef void            *Ptr;           /* pointeur                     */
-
-#elif ((defined SUN) || (defined SGI) || (defined UNIX))
 /* ==================================================== */
 /*  Types (for Sun & Iris - 32 bits machines)           */
 /* ==================================================== */
@ -84,14 +59,7 @@ typedef int             Int;            /* 'natural' int (>= 32 bits)   */

 typedef void            *Ptr;           /* pointeur                     */

-#else 
-/* ==================================================== */
-/*  Types (for undefined machines)                      */
-/* ==================================================== */

-#error undefined MACHINE <please edit Gmach.h>
-
-#endif

 /* ==================================================== */
 /*  special macro for prototypes                        */
--- a/src/libapat/Makefile
+++ b/src/libapat/Makefile
@ -9,6 +9,7 @@ SRCS=$(SOURCES)
 OBJECTS= $(patsubst %.c,%.o,$(SOURCES))

 LIBFILE= libapat.a
+RANLIB=ranlib


 include ../global.mk
@ -20,4 +21,4 @@ clean:

 $(LIBFILE): $(OBJECTS)
 	ar -cr $@ $?
-	
+	$(RANLIB) $@
--- a/src/libapat/apat.h
+++ b/src/libapat/apat.h
@ -103,6 +103,7 @@ typedef struct {                        /* sequence             */
    Int32     seqlen;                   /* sequence length      */
    Int32     seqsiz;                   /* sequence buffer size */
    Int32     datsiz;                   /* data buffer size     */
+    Int32     circular;
    UInt8     *data;                    /* data buffer          */
    char      *cseq;                    /* sequence buffer      */
    StackiPtr hitpos[MAX_PATTERN];      /* stack of hit pos.    */
--- a/src/libapat/apat_search.c
+++ b/src/libapat/apat_search.c
@ -80,14 +80,14 @@ int CreateS(Pattern *ppat, Int32 lalpha)
 /* -------------------------------------------- */
 Int32 ManberNoErr(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
 {
-        Int32     pos;
+        UInt32     pos;
        UInt32    smask, r;
        UInt8     *data;
        StackiPtr *stkpos, *stkerr;
        UInt32    end;
        
        end = begin + length;
-        end = (end <= pseq->seqlen) ? end:pseq->seqlen;
+        end = (end <= (size_t)(pseq->seqlen+pseq->circular)) ? end:(size_t)(pseq->seqlen+pseq->circular);
        

                                        /* create local masks   */
@ -127,7 +127,7 @@ Int32 ManberNoErr(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
 Int32 ManberSub(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
 {
        int       e, emax, found;
-        Int32     pos;
+        UInt32     pos;
        UInt32    smask, cmask, sindx;
        UInt32    *pr, r[2 * MAX_PAT_ERR + 2];
        UInt8     *data;
@ -135,7 +135,7 @@ Int32 ManberSub(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
        UInt32    end;
        
        end = begin + length;
-        end = (end <= pseq->seqlen) ? end:pseq->seqlen;
+        end = (end <= (size_t)(pseq->seqlen+pseq->circular)) ? end:(size_t)(pseq->seqlen+pseq->circular);

                                        /* create local masks   */
        emax = ppat->maxerr;
@ -193,7 +193,7 @@ Int32 ManberSub(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
 Int32 ManberIndel(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
 {
        int       e, emax, found;
-        Int32     pos;
+        UInt32     pos;
        UInt32    smask, cmask, sindx;
        UInt32    *pr, r[2 * MAX_PAT_ERR + 2];
        UInt8     *data;
@ -201,7 +201,7 @@ Int32 ManberIndel(Seq *pseq, Pattern *ppat, int patnum,int begin,int length)
        UInt32    end;
        
        end = begin + length;
-        end = (end <= pseq->seqlen) ? end:pseq->seqlen;
+        end = (end <= (size_t)(pseq->seqlen+pseq->circular)) ? end:(size_t)(pseq->seqlen+pseq->circular);

                                        /* create local masks   */
        emax = ppat->maxerr;
--- a/src/libecoPCR/Makefile
+++ b/src/libecoPCR/Makefile
@ -15,6 +15,7 @@ SRCS=$(SOURCES)
 OBJECTS= $(patsubst %.c,%.o,$(SOURCES))

 LIBFILE= libecoPCR.a
+RANLIB= ranlib


 include ../global.mk
@ -27,3 +28,4 @@ clean:

 $(LIBFILE): $(OBJECTS)
 	ar -cr $@ $?
+	$(RANLIB) $@
--- a/src/libecoPCR/ecoPCR.h
+++ b/src/libecoPCR/ecoPCR.h
@ -220,7 +220,7 @@ econameidx_t     *read_nameidx(const char *filename,ecotaxonomy_t *taxonomy);
 	 * @return pointer to a taxonomy index structure
 	 */
 
-ecotxidx_t       *read_taxonomyidx(const char *filename);
+ecotxidx_t       *read_taxonomyidx(const char *filename,const char *filename2);

 ecotaxonomy_t    *read_taxonomy(const char *prefix,int32_t readAlternativeName);

@ -251,7 +251,7 @@ int32_t  delete_apatseq(SeqPtr pseq);
 PatternPtr buildPattern(const char *pat, int32_t error_max);
 PatternPtr complementPattern(PatternPtr pat);

-SeqPtr ecoseq2apatseq(ecoseq_t *in,SeqPtr out);
+SeqPtr ecoseq2apatseq(ecoseq_t *in,SeqPtr out,int32_t circular);

 char *ecoComplementPattern(char *nucAcSeq);
 char *ecoComplementSequence(char *nucAcSeq);
--- a/src/libecoPCR/ecoapat.c
+++ b/src/libecoPCR/ecoapat.c
@ -50,10 +50,13 @@ void EncodeSequence(SeqPtr seq)

        while (*cseq) {

-            *data++ = (IS_UPPER(*cseq) ? *cseq - 'A' : 0x0);
-
+            *data = (IS_UPPER(*cseq) ? *cseq - 'A' : 0x0);
+            data++;
            cseq++;
        }
+        
+        for (i=0,cseq=seq->cseq;i < seq->circular; i++,cseq++,data++)
+            *data = (IS_UPPER(*cseq) ? *cseq - 'A' : 0x0);

        for (i = 0 ; i < MAX_PATTERN ; i++)
            seq->hitpos[i]->top = seq->hiterr[i]->top = 0;
@ -63,7 +66,7 @@ void EncodeSequence(SeqPtr seq)
 #undef IS_UPPER


-SeqPtr ecoseq2apatseq(ecoseq_t *in,SeqPtr out)
+SeqPtr ecoseq2apatseq(ecoseq_t *in,SeqPtr out,int32_t circular)
 {
        int    i;

@ -83,20 +86,22 @@ SeqPtr ecoseq2apatseq(ecoseq_t *in,SeqPtr out)
 	        }
 		}

+		
 		out->name    = in->AC;
 		out->seqsiz = out->seqlen = in->SQ_length;
-
+		out->circular = circular;
+		
 		if (!out->data)
 		{
-			out->data = ECOMALLOC(out->seqlen *sizeof(UInt8),
+			out->data = ECOMALLOC((out->seqlen+circular) *sizeof(UInt8),
 		    	     			  "Error in Allocation of a new Seq data member");    
-		   	out->datsiz=  out->seqlen;
+		   	out->datsiz=  out->seqlen+circular;
 		}
-		else if (out->seqlen >= out->datsiz)
+		else if ((out->seqlen +circular) >= out->datsiz)
 		{
-			out->data = ECOREALLOC(out->data,out->seqlen,
+			out->data = ECOREALLOC(out->data,(out->seqlen+circular),
 			                      "Error during Seq data buffer realloc");
-		   	out->datsiz=  out->seqlen;			                      
+		   	out->datsiz=  out->seqlen+circular;			                      
 		}

 		out->cseq = in->SQ;
@ -191,4 +196,4 @@ PatternPtr complementPattern(PatternPtr pat)
 	
 	return pattern;
 		
-}
+}
--- a/src/libecoPCR/ecodna.c
+++ b/src/libecoPCR/ecodna.c
@ -104,27 +104,52 @@ char *ecoComplementSequence(char *nucAcSeq)


 char *getSubSequence(char* nucAcSeq,int32_t begin,int32_t end)
+/*
+   extract subsequence from nucAcSeq [begin,end[
+*/
 {
 	static char *buffer  = NULL;
 	static int32_t buffSize= 0;
 	int32_t length;
 	
-	length = end - begin;
-	
-	if (length >= buffSize)
+	if (begin < end)
 	{
-		buffSize = length+1;
-		if (buffer)
-			buffer=ECOREALLOC(buffer,buffSize,
-					   	      "Error in reallocating sub sequence buffer");
-		else
-			buffer=ECOMALLOC(buffSize,
-			          		 "Error in allocating sub sequence buffer");
-			
+		length = end - begin;
+		
+		if (length >= buffSize)
+		{
+			buffSize = length+1;
+			if (buffer)
+				buffer=ECOREALLOC(buffer,buffSize,
+						   	      "Error in reallocating sub sequence buffer");
+			else
+				buffer=ECOMALLOC(buffSize,
+				          		 "Error in allocating sub sequence buffer");
+				
+		}
+		
+		strncpy(buffer,nucAcSeq + begin,length);
+		buffer[length]=0;
+	}
+	else
+	{
+		length = end + strlen(nucAcSeq) - begin;
+		
+		if (length >= buffSize)
+		{
+			buffSize = length+1;
+			if (buffer)
+				buffer=ECOREALLOC(buffer,buffSize,
+						   	      "Error in reallocating sub sequence buffer");
+			else
+				buffer=ECOMALLOC(buffSize,
+				          		 "Error in allocating sub sequence buffer");
+				
+		}
+		strncpy(buffer,nucAcSeq+begin,length - end);
+		strncpy(buffer+(length-end),nucAcSeq ,end);
+		buffer[length]=0;
 	}
-	
-	strncpy(buffer,nucAcSeq + begin,length);
-	buffer[length]=0;
 	
 	return buffer;
 }
--- a/src/libecoPCR/ecofilter.c
+++ b/src/libecoPCR/ecofilter.c
@ -10,10 +10,11 @@ int eco_is_taxid_included(	ecotaxonomy_t *taxonomy,
 	
 	taxon = eco_findtaxonbytaxid(taxonomy, taxid);
 	
-	for (i=0; i < tab_len; i++)
-		if ( (taxon->taxid == restricted_taxid[i]) ||
-			 (eco_isundertaxon(taxon, restricted_taxid[i])) )
-			return 1;
+	if (taxon)
+		for (i=0; i < tab_len; i++)
+			if ( (taxon->taxid == restricted_taxid[i]) ||
+				 (eco_isundertaxon(taxon, restricted_taxid[i])) )
+				return 1;
 	
 	return 0;
-}
+}
--- a/src/libecoPCR/ecorank.c
+++ b/src/libecoPCR/ecorank.c
@ -12,14 +12,14 @@ ecorankidx_t     *read_rankidx(const char *filename)
 	int32_t      i;
 	int32_t      rs;
 	char         *buffer;
-	
+
 	f = open_ecorecorddb(filename,&count,1);
-	
+
 	index = (ecorankidx_t*) ECOMALLOC(sizeof(ecorankidx_t) + sizeof(char*) * (count-1),
 	                                  "Allocate rank index");
-	 
-	index->count=count;                                 
-	          
+
+	index->count=count;
+
 	for (i=0; i < count; i++)
 		{
 			buffer = read_ecorecord(f,&rs);
@ -27,21 +27,18 @@ ecorankidx_t     *read_rankidx(const char *filename)
 			                                  "Allocate rank label");
 			strncpy(index->label[i],buffer,rs);
 		}
-		
+
 	return index;
 }

 int32_t rank_index(const char* label,ecorankidx_t* ranks)
 {
 	char **rep;
-	
+        fprintf(stderr,"Looking for rank -%s-... ",label);
 	rep = bsearch(label,ranks->label,ranks->count,sizeof(char*),compareRankLabel);
-	
+
 	if (rep)
 		return rep-ranks->label;
-	else
-		ECOERROR(ECO_NOTFOUND_ERROR,"Rank label not found");
-		
 	return -1;
 }

--- a/src/libecoPCR/ecoseq.c
+++ b/src/libecoPCR/ecoseq.c
@ -4,6 +4,7 @@
 #include <zlib.h>
 #include <string.h>
 #include <stdio.h>
+#include <ctype.h>

 static FILE *open_seqfile(const char *prefix,int32_t index);

@ -11,32 +12,32 @@ static FILE *open_seqfile(const char *prefix,int32_t index);
 ecoseq_t *new_ecoseq()
 {
 	void *tmp;
-	
+
 	tmp = ECOMALLOC(sizeof(ecoseq_t),"Allocate new ecoseq structure");
-	
+
 	return tmp;
 }

 int32_t delete_ecoseq(ecoseq_t * seq)
 {
-	
+
 	if (seq)
 	{
 		if (seq->AC)
 			ECOFREE(seq->AC,"Free sequence AC");
-			
+
 		if (seq->DE)
 			ECOFREE(seq->DE,"Free sequence DE");
-			
+
 		if (seq->SQ)
 			ECOFREE(seq->SQ,"Free sequence SQ");
-			
+
 		ECOFREE(seq,"Free sequence structure");
-		
+
 		return 0;
-			
+
 	}
-	
+
 	return 1;
 }

@ -49,9 +50,9 @@ ecoseq_t *new_ecoseq_with_data( char *AC,
 	ecoseq_t *tmp;
 	int32_t lstr;
 	tmp = new_ecoseq();
-	
+
 	tmp->taxid=taxid_idx;
-	
+
 	if (AC)
 		{
 			lstr =strlen(AC);
@ -97,12 +98,14 @@ ecoseq_t *readnext_ecoseq(FILE *f)
 	int32_t  comp_status;
 	unsigned long int seqlength;
 	int32_t  rs;
-	
+	char *c;
+	int32_t i;
+
 	raw = read_ecorecord(f,&rs);
-	
+
 	if (!raw)
 		return NULL;
-		
+
 	if (is_big_endian())
 	{
 		raw->CSQ_length = swap_int32_t(raw->CSQ_length);
@ -110,44 +113,48 @@ ecoseq_t *readnext_ecoseq(FILE *f)
 		raw->SQ_length  = swap_int32_t(raw->SQ_length);
 		raw->taxid      = swap_int32_t(raw->taxid);
 	}
-	
+
 	seq = new_ecoseq();
-	
+
 	seq->taxid = raw->taxid;
-	
+
    seq->AC    = ECOMALLOC(strlen(raw->AC) +1,
                           "Allocate Sequence Accesion number");
    strncpy(seq->AC,raw->AC,strlen(raw->AC));

-                           
+
    seq->DE    = ECOMALLOC(raw->DE_length+1,
                           "Allocate Sequence definition");
    strncpy(seq->DE,raw->data,raw->DE_length);
-    
+
 	seqlength = seq->SQ_length = raw->SQ_length;
-    
+
    compressed = raw->data + raw->DE_length;

    seq->SQ = ECOMALLOC(seqlength+1,
                        "Allocate sequence buffer");
-                        
+
    comp_status = uncompress((unsigned char*)seq->SQ,
                             &seqlength,
                             (unsigned char*)compressed,
                             raw->CSQ_length);
-    
+
    if (comp_status != Z_OK)
    	ECOERROR(ECO_IO_ERROR,"I cannot uncompress sequence data");
-    
+
+    for (c=seq->SQ,i=0;i<seqlength;c++,i++)
+    	*c=toupper(*c);
+
+
 	return seq;
 }

 /**
 * Open the sequences database (.sdx file)
- * @param	prefix	name of the database (radical without extension) 
+ * @param	prefix	name of the database (radical without extension)
 * @param	index 	integer
- * 
- * @return	file object 
+ *
+ * @return	file object
 */
 FILE *open_seqfile(const char *prefix,int32_t index)
 {
@ -161,22 +168,22 @@ FILE *open_seqfile(const char *prefix,int32_t index)
 	                           "%s_%03d.sdx",
 	                           prefix,
 	                           index);
-	                           
-			fprintf(stderr,"# Coucou %s\n",filename_buffer);
-	                           
+
+		//	fprintf(stderr,"# Coucou %s\n",filename_buffer);
+

 	if (filename_length >= 1024)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"file name is too long");

 	filename_buffer[filename_length]=0;
-		
+
 	input=open_ecorecorddb(filename_buffer,&seqcount,0);
-	
+
 	if (input)
 		fprintf(stderr,"# Reading file %s containing %d sequences...\n",
 				filename_buffer,
 				seqcount);
-				
+
 	return input;
 }

@ -186,38 +193,38 @@ ecoseq_t *ecoseq_iterator(const char *prefix)
 	static int32_t current_file_idx = 1;
 	static char    current_prefix[1024];
 	ecoseq_t       *seq;
-	
+
 	if (prefix)
 	{
 		current_file_idx = 1;

 		if (current_seq_file)
 			fclose(current_seq_file);
-			
+
 		strncpy(current_prefix,prefix,1023);
 		current_prefix[1024]=0;
-		
+
 		current_seq_file = open_seqfile(current_prefix,
 		 							    current_file_idx);
-		
+
 		if (!current_seq_file)
 			return NULL;
-			
+
 	}
-	
+
 	seq = readnext_ecoseq(current_seq_file);
-	
+
 	if (!seq && feof(current_seq_file))
 	{
 		current_file_idx++;
 		fclose(current_seq_file);
 		current_seq_file = open_seqfile(current_prefix,
 		 							    current_file_idx);
-		 							    
-		
+
+
 		if (current_seq_file)
 			seq = readnext_ecoseq(current_seq_file);
 	}
-	
+
 	return seq;
-}
+}
--- a/src/libecoPCR/ecotax.c
+++ b/src/libecoPCR/ecotax.c
@ -5,28 +5,46 @@

 static ecotx_t *readnext_ecotaxon(FILE *f,ecotx_t *taxon);

- /** 
- * Open the taxonomy database 
- * @param	pointer to the database (.tdx file) 
- * @return	a ecotxidx_t structure 
+ /**
+ * Open the taxonomy database
+ * @param	pointer to the database (.tdx file)
+ * @return	a ecotxidx_t structure
 */
-ecotxidx_t     *read_taxonomyidx(const char *filename)
+ecotxidx_t     *read_taxonomyidx(const char *filename,const char *filename2)
 {
 	int32_t      count;
+	int32_t      count2;
 	FILE         *f;
+	FILE         *f2;
 	ecotxidx_t *index;
 	int32_t      i;
-	
-	f = open_ecorecorddb(filename,&count,1);
-	
-	index = (ecotxidx_t*) ECOMALLOC(sizeof(ecotxidx_t) + sizeof(ecotx_t) * (count-1),
+
+	f  = open_ecorecorddb(filename,&count,1);
+	f2 = open_ecorecorddb(filename2,&count2,0);
+
+
+
+	index = (ecotxidx_t*) ECOMALLOC(sizeof(ecotxidx_t) + sizeof(ecotx_t) * (count+count2-1),
 	                                  "Allocate taxonomy");
-	 
-	index->count=count;                                         
+
+	index->count=count+count2;
+
+	fprintf(stderr,"Reading %d taxa...\n",count);
 	for (i=0; i < count; i++){
 		readnext_ecotaxon(f,&(index->taxon[i]));
 		index->taxon[i].parent=index->taxon + (int32_t)index->taxon[i].parent;
-	}					
+	}
+
+	if (count2>0)
+		fprintf(stderr,"Reading %d local taxa...\n",count2);
+	else
+		fprintf(stderr,"No local taxon\n");
+
+	for (i=0; i < count2; i++){
+		readnext_ecotaxon(f2,&(index->taxon[count+i]));
+		index->taxon[count+i].parent=index->taxon + (int32_t)index->taxon[count+i].parent;
+	}
+
 	return index;
 }

@ -34,18 +52,18 @@ ecotxidx_t     *read_taxonomyidx(const char *filename)
 int32_t delete_taxonomy(ecotxidx_t *index)
 {
 	int32_t i;
-	
+
 	if (index)
 	{
 		for (i=0; i< index->count; i++)
 			if (index->taxon[i].name)
 				ECOFREE(index->taxon[i].name,"Free scientific name");
-				
+
 		ECOFREE(index,"Free Taxonomy");
-		
+
 		return 0;
 	}
-	
+
 	return 1;
 }

@ -57,32 +75,32 @@ int32_t delete_taxon(ecotx_t *taxon)
 	{
 		if (taxon->name)
 			ECOFREE(taxon->name,"Free scientific name");
-			
+
 		ECOFREE(taxon,"Free Taxon");
-		
+
 		return 0;
 	}
-		
+
 	return 1;
 }


 /**
- * Read the database for a given taxon a save the data 
+ * Read the database for a given taxon a save the data
 * into the taxon structure(if any found)
 * @param	*f	pointer to FILE type returned by fopen
 * @param	*taxon	pointer to the structure
- * 
- * @return	a ecotx_t structure if any taxon found else NULL 
+ *
+ * @return	a ecotx_t structure if any taxon found else NULL
 */
 ecotx_t *readnext_ecotaxon(FILE *f,ecotx_t *taxon)
 {
-	
+
 	ecotxformat_t *raw;
 	int32_t  rs;
-	
+
 	raw = read_ecorecord(f,&rs);
-	
+
 	if (!raw)
 		return NULL;

@ -91,18 +109,18 @@ ecotx_t *readnext_ecotaxon(FILE *f,ecotx_t *taxon)
 		raw->namelength = swap_int32_t(raw->namelength);
 		raw->parent     = swap_int32_t(raw->parent);
 		raw->rank       = swap_int32_t(raw->rank);
-		raw->taxid      = swap_int32_t(raw->taxid); 
+		raw->taxid      = swap_int32_t(raw->taxid);
 	}
-	
+
 	taxon->parent = (ecotx_t*)raw->parent;
 	taxon->taxid  = raw->taxid;
 	taxon->rank   = raw->rank;
-	
+
 	taxon->name   = ECOMALLOC((raw->namelength+1) * sizeof(char),
 	                          "Allocate taxon scientific name");
-	                          
+
 	strncpy(taxon->name,raw->name,raw->namelength);
-		
+
 	return taxon;
 }

@ -111,24 +129,28 @@ ecotaxonomy_t    *read_taxonomy(const char *prefix,int32_t readAlternativeName)
 {
 	ecotaxonomy_t *tax;
 	char          *filename;
+	char          *filename2;
 	int           buffsize;
-	
+
 	tax = ECOMALLOC(sizeof(ecotaxonomy_t),
 	                "Allocate taxonomy structure");
-	
+
 	buffsize = strlen(prefix)+10;
-	
+
 	filename = ECOMALLOC(buffsize,
 	                     "Allocate filename");
-	
+	filename2= ECOMALLOC(buffsize,
+	                     "Allocate filename");
+
 	snprintf(filename,buffsize,"%s.rdx",prefix);
-	
+
 	tax->ranks = read_rankidx(filename);
-	
+
 	snprintf(filename,buffsize,"%s.tdx",prefix);
-	
-	tax->taxons = read_taxonomyidx(filename);
-	
+	snprintf(filename2,buffsize,"%s.ldx",prefix);
+
+	tax->taxons = read_taxonomyidx(filename,filename2);
+
 	if (readAlternativeName)
 	{
  	   snprintf(filename,buffsize,"%s.ndx",prefix);
@ -137,7 +159,7 @@ ecotaxonomy_t    *read_taxonomy(const char *prefix,int32_t readAlternativeName)
 	else
 	   tax->names=NULL;
 	return tax;
-	
+
 }


@ -148,15 +170,15 @@ int32_t delete_ecotaxonomy(ecotaxonomy_t *taxonomy)
 	{
 		if (taxonomy->ranks)
 			ECOFREE(taxonomy->ranks,"Free rank index");
-			
+
 		if (taxonomy->taxons)
 			ECOFREE(taxonomy->taxons,"Free taxon index");
-			
+
 		ECOFREE(taxonomy,"Free taxonomy structure");
-		
+
 		return 0;
 	}
-	
+
 	return 1;
 }

@ -165,17 +187,17 @@ ecotx_t *eco_findtaxonatrank(ecotx_t *taxon,
 {
 	ecotx_t *current_taxon;
 	ecotx_t *next_taxon;
-	
+
 	current_taxon = taxon;
 	next_taxon    = current_taxon->parent;
-	
+
 	while ((current_taxon!=next_taxon) &&  // I' am the root node
 		   (current_taxon->rank!=rankidx))
 		   {
 		   	current_taxon = next_taxon;
 		   	next_taxon    = current_taxon->parent;
 		   }
-		   
+
 	if (current_taxon->rank==rankidx)
 		return current_taxon;
 	else
@ -185,19 +207,19 @@ ecotx_t *eco_findtaxonatrank(ecotx_t *taxon,
 /**
 * Get back information concerning a taxon from a taxonomic id
 * @param 	*taxonomy 	the taxonomy database
- * @param	taxid		the taxonomic id 
- * 
- * @result	a ecotx_t structure containing the taxonimic information  
+ * @param	taxid		the taxonomic id
+ *
+ * @result	a ecotx_t structure containing the taxonimic information
 **/
-ecotx_t *eco_findtaxonbytaxid(ecotaxonomy_t *taxonomy, 
+ecotx_t *eco_findtaxonbytaxid(ecotaxonomy_t *taxonomy,
 							  int32_t taxid)
 {
 	ecotx_t    *current_taxon;
 	int32_t     taxoncount;
 	int32_t     i;
-	
+
 	taxoncount=taxonomy->taxons->count;
-	
+
 	for (current_taxon=taxonomy->taxons->taxon,
 	     i=0;
 	     i < taxoncount;
@ -207,30 +229,30 @@ ecotx_t *eco_findtaxonbytaxid(ecotaxonomy_t *taxonomy,
 	     	return current_taxon;
 	     }
 	 }
-	
-	return (ecotx_t*)NULL;	
+
+	return (ecotx_t*)NULL;
 }

 /**
 * Find out if taxon is son of other taxon (identified by its taxid)
 * @param	*taxon son 		taxon
 * @param	parent_taxid 	taxonomic id of the other taxon
- * 
+ *
 * @return 	1 is the other taxid math a parent taxid, else 0
 **/
-int eco_isundertaxon(ecotx_t *taxon, 
+int eco_isundertaxon(ecotx_t *taxon,
 						int other_taxid)
 {
 	ecotx_t *next_parent;
-	
-	next_parent = taxon->parent;	
-	
-	while ( (other_taxid != next_parent->taxid) && 
+
+	next_parent = taxon->parent;
+
+	while ( (other_taxid != next_parent->taxid) &&
 			(strcmp(next_parent->name, "root")) )
 	{
 		next_parent = next_parent->parent;
 	}
-		
+
 	if (other_taxid == next_parent->taxid)
 		return 1;
 	else
@ -242,16 +264,16 @@ ecotx_t *eco_getspecies(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("species",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }

@ -260,16 +282,16 @@ ecotx_t *eco_getgenus(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("genus",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }

@ -279,16 +301,16 @@ ecotx_t *eco_getfamily(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("family",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }

@ -297,16 +319,16 @@ ecotx_t *eco_getkingdom(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("kingdom",taxonomy->ranks);
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
 }

@ -315,15 +337,18 @@ ecotx_t *eco_getsuperkingdom(ecotx_t *taxon,
 {
 	static ecotaxonomy_t *tax=NULL;
 	static int32_t		 rankindex=-1;
-	
+
 	if (taxonomy && tax!=taxonomy)
 	{
 		rankindex = rank_index("superkingdom",taxonomy->ranks);
+                if (rankindex < 0) {
+		   rankindex = rank_index("domain",taxonomy->ranks);
+                }
 		tax=taxonomy;
 	}
-		
+
 	if (!tax || rankindex < 0)
 		ECOERROR(ECO_ASSERT_ERROR,"No taxonomy defined");
-		
+
 	return eco_findtaxonatrank(taxon,rankindex);
-}
+}
--- a/src/libthermo/Makefile
+++ b/src/libthermo/Makefile
@ -0,0 +1,22 @@
+
+SOURCES = nnparams.c 
+
+SRCS=$(SOURCES)
+         
+OBJECTS= $(patsubst %.c,%.o,$(SOURCES))
+
+LIBFILE= libthermo.a
+RANLIB= ranlib
+
+
+include ../global.mk
+
+
+all: $(LIBFILE)
+
+clean:
+	rm -rf $(OBJECTS) $(LIBFILE)
+
+$(LIBFILE): $(OBJECTS)
+	ar -cr $@ $?
+	$(RANLIB) $@
--- a/src/libthermo/nnparams.c
+++ b/src/libthermo/nnparams.c
@ -0,0 +1,619 @@
+/*
+ *  nnparams.cpp
+ *  PHunterLib
+ *
+ *  Nearest Neighbor Model / Parameters
+ *
+ *  Created by Tiayyba Riaz on 7/2/09.
+ *
+ */
+
+#include <memory.h>
+#include <math.h>
+#include <stdio.h>
+#include <string.h>
+#include"nnparams.h"
+
+static char bpencoder[] = {	1,							// A
+		                   	0,                          // b
+		                   	2,                          // C
+		                   	0,0,0,                      // d, e, f
+		                   	3,                          // G
+		                   	0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,    // h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s
+		                   	4,0,                        // T,U
+		                   	0,0,0,0,0};                 // v,w,x,y,z
+
+
+double forbidden_entropy;
+
+
+double nparam_GetInitialEntropy(PNNParams nparm)
+{
+	return 	-5.9f+nparm->rlogc;
+}
+
+
+//Retrieve Enthalpy for given NN-Pair from parameter table
+double nparam_GetEnthalpy(PNNParams nparm, char x0, char x1, char y0, char y1)
+{
+	return ndH(x0,x1,y0,y1); //xx, yx are already numbers
+}
+
+
+//Retrieve Entropy for given NN-Pair from parameter table
+double nparam_GetEntropy(PNNParams nparm, char x0, char x1, char y0, char y1)
+{
+	//xx and yx are already numbers
+	char nx0=x0;//nparam_convertNum(x0);
+	char nx1=x1;//nparam_convertNum(x1);
+	char ny0=y0;//nparam_convertNum(y0);
+	char ny1=y1;//nparam_convertNum(y1);
+	double answer = ndS(nx0,nx1,ny0,ny1);
+	/*Salt correction Santalucia*/
+	if (nparm->saltMethod == SALT_METHOD_SANTALUCIA) {
+		if(nx0!=5 && 1<= nx1 && nx1<=4) {
+			answer += 0.5*nparm->kfac;
+		}
+		if(ny1!=5 && 1<= ny0 && ny0<=4) {
+			answer += 0.5*nparm->kfac;
+		}
+	}
+	/*Salt correction Owczarzy*/
+	if (nparm->saltMethod == SALT_METHOD_OWCZARZY) {
+		double logk = log(nparm->kplus);
+		answer += ndH(nx0,nx1,ny0,ny1)*((4.29 * nparm->gcContent-3.95)*0.00001*logk+ 0.0000094*logk*logk);
+	}
+	return answer;
+}
+
+/* PURPOSE:    Return melting temperature TM for given entropy and enthalpy
+*              Assuming a one-state transition and using the formula
+*                TM = dH / (dS + R ln(Ct/4))
+*              entropy = dS + R ln Ct/4 (must already be included!)
+*              enthaklpy = dH
+*              where
+*                dH = enthalpy
+*                dS = entropy
+*                R  = Boltzmann factor
+*                Ct = Strand Concentration
+*
+*  PARAMETERS:
+*	entrypy and enthalpy
+*
+*  RETURN VALUE:
+* 	temperature
+*/
+
+double nparam_CalcTM(double entropy,double enthalpy)
+{
+	double tm = 0;               // absolute zero - return if model fails!
+    if (enthalpy>=forbidden_enthalpy)   //||(entropy==-cfact))
+		return 0;
+	if (entropy<0)         // avoid division by zero and model errors!
+	{
+	  tm = enthalpy/entropy;// - kfac; //LKFEB
+		if (tm<0)
+			return 0;
+	}
+	return tm;
+}
+
+
+void nparam_InitParams(PNNParams nparm, double c1, double c2, double kp, int sm)
+{
+	nparm->Ct1 = c1;
+	nparm->Ct2 = c2;
+	nparm->kplus = kp;
+	int maxCT = 1;
+	if(nparm->Ct2 > nparm->Ct1)
+	{
+		maxCT = 2;
+	}
+	double ctFactor;
+ 	if(nparm->Ct1 == nparm->Ct2)
+	{
+		ctFactor = nparm->Ct1/2;
+	}
+	else if (maxCT == 1)
+	{
+		ctFactor = nparm->Ct1-nparm->Ct2/2;
+	}
+	else
+	{
+		ctFactor = nparm->Ct2-nparm->Ct1/2;
+	}
+	nparm->rlogc = R * log(ctFactor);
+	forbidden_entropy = nparm->rlogc;
+	nparm->kfac = 0.368 * log (nparm->kplus);
+	nparm->saltMethod = sm;
+	int x,y,a,b;  // variables used as counters...
+
+	// Set all parameters to zero!
+	memset(nparm->dH,0,sizeof(nparm->dH));
+	memset(nparm->dS,0,sizeof(nparm->dS));
+
+	// Set all X-/Y-, -X/Y- and X-/-Y so, that TM will be VERY small!
+	for (x=1;x<=4;x++)
+	{
+		for (y=1;y<=4;y++)
+		{
+			ndH(0,x,y,0)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(0,x,y,0)=forbidden_entropy;
+			ndH(x,0,0,y)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(x,0,0,y)=forbidden_entropy;
+			ndH(x,0,y,0)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(x,0,y,0)=forbidden_entropy;
+			// forbid X-/Y$ and X$/Y- etc., i.e. terminal must not be paired with gap!
+			ndH(x,5,y,0)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(x,5,y,0)=forbidden_entropy;
+			ndH(x,0,y,5)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(x,0,y,5)=forbidden_entropy;
+			ndH(5,x,0,y)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(5,x,0,y)=forbidden_entropy;
+			ndH(0,x,5,y)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(0,x,5,y)=forbidden_entropy;
+			// forbid X$/-Y etc.
+			ndH(x,5,0,y)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(x,5,0,y)=forbidden_entropy;
+			ndH(x,0,5,y)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(x,0,5,y)=forbidden_entropy;
+			ndH(5,x,y,0)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(5,x,y,0)=forbidden_entropy;
+			ndH(0,x,y,5)=forbidden_enthalpy;
+			ndS(0,x,y,5)=forbidden_entropy;
+
+		}
+		// also, forbid x-/-- and --/x-, i.e. no two inner gaps paired
+		ndH(x,0,0,0)=forbidden_enthalpy;
+		ndS(x,0,0,0)=forbidden_entropy;
+		ndH(0,0,x,0)=forbidden_enthalpy;
+		ndS(0,0,x,0)=forbidden_entropy;
+		// x-/-$
+		ndH(x,0,0,5)=forbidden_enthalpy;
+		ndS(x,0,0,5)=forbidden_entropy;
+		ndH(5,0,0,x)=forbidden_enthalpy;
+		ndS(5,0,0,x)=forbidden_entropy;
+		ndH(0,5,x,0)=forbidden_enthalpy;
+		ndS(x,0,0,5)=forbidden_entropy;
+		ndH(0,x,5,0)=forbidden_enthalpy;
+		ndS(0,x,5,0)=forbidden_entropy;
+	}
+	// forbid --/--
+	ndH(0,0,0,0)=forbidden_enthalpy;
+	ndS(0,0,0,0)=forbidden_entropy;
+
+	ndH(5,0,0,0)=forbidden_enthalpy;
+	ndS(5,0,0,0)=forbidden_entropy;
+	ndH(0,0,5,0)=forbidden_enthalpy;
+	ndS(0,0,5,0)=forbidden_entropy;
+	ndH(0,5,5,0)=forbidden_enthalpy;
+	ndS(0,5,5,0)=forbidden_entropy;
+
+	// Interior loops (double Mismatches)
+    #define iloop_entropy -0.97f
+    #define iloop_enthalpy 0.0f
+	for (x=1; x<=4; x++)
+		for (y=1; y<=4; y++)
+			for (a=1; a<=4; a++)
+				for (b=1; b<=4; b++)
+					// AT and CG pair, and as A=1, C=2, G=3, T=4 this means
+					// we have Watson-Crick pairs if (x+a==5) and (y+b)==5.
+					if (!((x+a==5)||(y+b==5)))
+					{
+						// No watson-crick-pair, i.e. double mismatch!
+						// set enthalpy/entropy to loop expansion!
+						ndH(x,y,a,b) = iloop_enthalpy;
+						ndS(x,y,a,b) = iloop_entropy;
+					}
+
+	// xy/-- and --/xy (Bulge Loops of size > 1)
+    #define bloop_entropy -1.3f
+    #define bloop_enthalpy 0.0f
+	for (x=1; x<=4; x++)
+		for (y=1; y<=4; y++)
+		{
+			ndH(x,y,0,0) = bloop_enthalpy;
+			ndS(x,y,0,0) = bloop_entropy;
+			ndH(0,0,x,y) = bloop_enthalpy;
+			ndS(0,0,x,y) = bloop_entropy;
+		}
+
+    // x-/ya abd xa/y- as well as -x/ay and ax/-y
+	// bulge opening and closing parameters with
+	// adjacent matches / mismatches
+	// obulge_mism and cbulge_mism chosen so high to avoid
+	//     AAAAAAAAA
+	//     T--G----T
+	// being better than
+	//     AAAAAAAAA
+	//     TG------T
+    #define obulge_match_H (-2.66f * 1000)
+    #define obulge_match_S -14.22f
+    #define cbulge_match_H (-2.66f * 1000)
+    #define cbulge_match_S -14.22f
+    #define obulge_mism_H (0.0f * 1000)
+    #define obulge_mism_S -6.45f
+    #define cbulge_mism_H 0.0f
+    #define cbulge_mism_S -6.45f
+	for (x=1; x<=4; x++)
+		for (y=1; y<=4; y++)
+			for (a=1; a<=4; a++)
+			{
+				if (x+y==5)  // other base pair matches!
+				{
+					ndH(x,0,y,a)=obulge_match_H;  // bulge opening
+					ndS(x,0,y,a)=obulge_match_S;
+					ndH(x,a,y,0)=obulge_match_H;
+					ndS(x,a,y,0)=obulge_match_S;
+					ndH(0,x,a,y)=cbulge_match_H;  // bulge closing
+					ndS(0,x,a,y)=cbulge_match_S;
+					ndH(a,x,0,y)=cbulge_match_H;
+					ndS(a,x,0,y)=cbulge_match_S;
+				}
+				else
+				{           // mismatch in other base pair!
+					ndH(x,0,y,a)=obulge_mism_H;   // bulge opening
+					ndS(x,0,y,a)=obulge_mism_S;
+					ndH(x,a,y,0)=obulge_mism_H;
+					ndS(x,a,y,0)=obulge_mism_S;
+					ndH(0,x,a,y)=cbulge_mism_H;   // bulge closing
+					ndS(0,x,a,y)=cbulge_mism_S;
+					ndH(a,x,0,y)=cbulge_mism_H;
+					ndS(a,x,0,y)=cbulge_mism_S;
+				}
+			}
+
+	// Watson-Crick pairs (note that only ten are unique, as obviously
+	// 5'-AG-3'/3'-TC-5'  =  5'-CT-3'/3'-GA-5' etc.
+	ndH(1,1,4,4)=-7.6f*1000;  ndS(1,1,4,4)=-21.3f;   // AA/TT 04
+	ndH(1,2,4,3)=-8.4f*1000;  ndS(1,2,4,3)=-22.4f;   // AC/TG adapted GT/CA
+	ndH(1,3,4,2)=-7.8f*1000;  ndS(1,3,4,2)=-21.0f;   // AG/TC adapted CT/GA
+	ndH(1,4,4,1)=-7.2f*1000;  ndS(1,4,4,1)=-20.4f;   // AT/TA 04
+	ndH(2,1,3,4)=-8.5f*1000;  ndS(2,1,3,4)=-22.7f;   // CA/GT 04
+	ndH(2,2,3,3)=-8.0f*1000;  ndS(2,2,3,3)=-19.9f;   // CC/GG adapted GG/CC
+	ndH(2,3,3,2)=-10.6f*1000; ndS(2,3,3,2)=-27.2f;   // CG/GC 04
+	ndH(2,4,3,1)=-7.8f*1000;  ndS(2,4,3,1)=-21.0f;   // CT/GA 04
+	ndH(3,1,2,4)=-8.2f*1000;  ndS(3,1,2,4)=-22.2f;   // GA/CT 04
+	ndH(3,2,2,3)=-9.8f*1000;  ndS(3,2,2,3)=-24.4f;   // GC/CG 04
+	ndH(3,3,2,2)=-8.0f*1000;  ndS(3,3,2,2)=-19.9f;   // GG/CC 04
+	ndH(3,4,2,1)=-8.4f*1000;  ndS(3,4,2,1)=-22.4f;   // GT/CA 04
+	ndH(4,1,1,4)=-7.2f*1000;  ndS(4,1,1,4)=-21.3f;   // TA/AT 04
+	ndH(4,2,1,3)=-8.2f*1000;  ndS(4,2,1,3)=-22.2f;   // TC/AG adapted GA/CT
+	ndH(4,3,1,2)=-8.5f*1000;  ndS(4,3,1,2)=-22.7f;   // TG/AC adapted CA/GT
+	ndH(4,4,1,1)=-7.6f*1000;  ndS(4,4,1,1)=-21.3f;   // TT/AA adapted AA/TT
+
+    // A-C Mismatches (Values for pH 7.0)
+	ndH(1,1,2,4)=7.6f*1000;   ndS(1,1,2,4)=20.2f;    // AA/CT
+	ndH(1,1,4,2)=2.3f*1000;   ndS(1,1,4,2)=4.6f;     // AA/TC
+	ndH(1,2,2,3)=-0.7f*1000;  ndS(1,2,2,3)=-3.8f;    // AC/CG
+	ndH(1,2,4,1)=5.3f*1000;   ndS(1,2,4,1)=14.6f;    // AC/TA
+	ndH(1,3,2,2)=0.6f*1000;   ndS(1,3,2,2)=-0.6f;    // AG/CC
+	ndH(1,4,2,1)=5.3f*1000;   ndS(1,4,2,1)=14.6f;    // AT/CA
+	ndH(2,1,1,4)=3.4f*1000;   ndS(2,1,1,4)=8.0f;     // CA/AT
+	ndH(2,1,3,2)=1.9f*1000;   ndS(2,1,3,2)=3.7f;     // CA/GC
+	ndH(2,2,1,3)=5.2f*1000;   ndS(2,2,1,3)=14.2f;    // CC/AG
+	ndH(2,2,3,1)=0.6f*1000;   ndS(2,2,3,1)=-0.6f;    // CC/GA
+	ndH(2,3,1,2)=1.9f*1000;   ndS(2,3,1,2)=3.7f;     // CG/AC
+	ndH(2,4,1,1)=2.3f*1000;   ndS(2,4,1,1)=4.6f;     // CT/AA
+	ndH(3,1,2,2)=5.2f*1000;   ndS(3,1,2,2)=14.2f;    // GA/CC
+	ndH(3,2,2,1)=-0.7f*1000;  ndS(3,2,2,1)=-3.8f;    // GC/CA
+	ndH(4,1,1,2)=3.4f*1000;   ndS(4,1,1,2)=8.0f;     // TA/AC
+	ndH(4,2,1,1)=7.6f*1000;   ndS(4,2,1,1)=20.2f;    // TC/AA
+
+	// C-T Mismatches
+	ndH(1,2,4,4)=0.7f*1000;   ndS(1,2,4,4)=0.2f;     // AC/TT
+	ndH(1,4,4,2)=-1.2f*1000;  ndS(1,4,4,2)=-6.2f;    // AT/TC
+	ndH(2,1,4,4)=1.0f*1000;   ndS(2,1,4,4)=0.7f;     // CA/TT
+	ndH(2,2,3,4)=-0.8f*1000;  ndS(2,2,3,4)=-4.5f;    // CC/GT
+	ndH(2,2,4,3)=5.2f*1000;   ndS(2,2,4,3)=13.5f;    // CC/TG
+	ndH(2,3,4,2)=-1.5f*1000;  ndS(2,3,4,2)=-6.1f;    // CG/TC
+	ndH(2,4,3,2)=-1.5f*1000;  ndS(2,4,3,2)=-6.1f;    // CT/GC
+	ndH(2,4,4,1)=-1.2f*1000;  ndS(2,4,4,1)=-6.2f;    // CT/TA
+	ndH(3,2,2,4)=2.3f*1000;   ndS(3,2,2,4)=5.4f;     // GC/CT
+	ndH(3,4,2,2)=5.2f*1000;   ndS(3,4,2,2)=13.5f;    // GT/CC
+	ndH(4,1,2,4)=1.2f*1000;   ndS(4,1,2,4)=0.7f;     // TA/CT
+	ndH(4,2,2,3)=2.3f*1000;   ndS(4,2,2,3)=5.4f;     // TC/CG
+	ndH(4,2,1,4)=1.2f*1000;   ndS(4,2,1,4)=0.7f;     // TC/AT
+	ndH(4,3,2,2)=-0.8f*1000;  ndS(4,3,2,2)=-4.5f;    // TG/CC
+	ndH(4,4,2,1)=0.7f*1000;   ndS(4,4,2,1)=0.2f;     // TT/CA
+	ndH(4,4,1,2)=1.0f*1000;   ndS(4,4,1,2)=0.7f;     // TT/AC
+
+	// G-A Mismatches
+	ndH(1,1,3,4)=3.0f*1000;   ndS(1,1,3,4)=7.4f;     // AA/GT
+	ndH(1,1,4,3)=-0.6f*1000;  ndS(1,1,4,3)=-2.3f;    // AA/TG
+	ndH(1,2,3,3)=0.5f*1000;   ndS(1,2,3,3)=3.2f;     // AC/GG
+	ndH(1,3,3,2)=-4.0f*1000;  ndS(1,3,3,2)=-13.2f;   // AG/GC
+	ndH(1,3,4,1)=-0.7f*1000;  ndS(1,3,4,1)=-2.3f;    // AG/TA
+	ndH(1,4,3,1)=-0.7f*1000;  ndS(1,4,3,1)=-2.3f;    // AT/GA
+	ndH(2,1,3,3)=-0.7f*1000;  ndS(2,1,3,3)=-2.3f;    // CA/GG
+	ndH(2,3,3,1)=-4.0f*1000;  ndS(2,3,3,1)=-13.2f;   // CG/GA
+	ndH(3,1,1,4)=0.7f*1000;   ndS(3,1,1,4)=0.7f;     // GA/AT
+	ndH(3,1,2,3)=-0.6f*1000;  ndS(3,1,2,3)=-1.0f;    // GA/CG
+	ndH(3,2,1,3)=-0.6f*1000;  ndS(3,2,1,3)=-1.0f;    // GC/AG
+	ndH(3,3,1,2)=-0.7f*1000;  ndS(3,3,1,2)=-2.3f;    // GG/AC
+	ndH(3,3,2,1)=0.5f*1000;   ndS(3,3,2,1)=3.2f;     // GG/CA
+	ndH(3,4,1,1)=-0.6f*1000;  ndS(3,4,1,1)=-2.3f;    // GT/AA
+	ndH(4,1,1,3)=0.7f*1000;   ndS(4,1,1,3)=0.7f;     // TA/AG
+	ndH(4,3,1,1)=3.0f*1000;   ndS(4,3,1,1)=7.4f;     // TG/AA
+
+	// G-T Mismatches
+	ndH(1,3,4,4)=1.0f*1000;   ndS(1,3,4,4)=0.9f;     // AG/TT
+	ndH(1,4,4,3)=-2.5f*1000;  ndS(1,4,4,3)=-8.3f;    // AT/TG
+	ndH(2,3,3,4)=-4.1f*1000;  ndS(2,3,3,4)=-11.7f;   // CG/GT
+	ndH(2,4,3,3)=-2.8f*1000;  ndS(2,4,3,3)=-8.0f;    // CT/GG
+	ndH(3,1,4,4)=-1.3f*1000;  ndS(3,1,4,4)=-5.3f;    // GA/TT
+	ndH(3,2,4,3)=-4.4f*1000;  ndS(3,2,4,3)=-12.3f;   // GC/TG
+	ndH(3,3,2,4)=3.3f*1000;   ndS(3,3,2,4)=10.4f;    // GG/CT
+	ndH(3,3,4,2)=-2.8f*1000;  ndS(3,3,4,2)=-8.0f;    // GG/TC
+//	ndH(3,3,4,4)=5.8f*1000;   ndS(3,3,4,4)=16.3f;    // GG/TT
+	ndH(3,4,2,3)=-4.4f*1000;  ndS(3,4,2,3)=-12.3f;   // GT/CG
+	ndH(3,4,4,1)=-2.5f*1000;  ndS(3,4,4,1)=-8.3f;    // GT/TA
+//	ndH(3,4,4,3)=4.1f*1000;   ndS(3,4,4,3)=9.5f;     // GT/TG
+	ndH(4,1,3,4)=-0.1f*1000;  ndS(4,1,3,4)=-1.7f;    // TA/GT
+	ndH(4,2,3,3)=3.3f*1000;   ndS(4,2,3,3)=10.4f;    // TC/GG
+	ndH(4,3,1,4)=-0.1f*1000;  ndS(4,3,1,4)=-1.7f;    // TG/AT
+	ndH(4,3,3,2)=-4.1f*1000;  ndS(4,3,3,2)=-11.7f;   // TG/GC
+//	ndH(4,3,3,4)=-1.4f*1000;  ndS(4,3,3,4)=-6.2f;    // TG/GT
+	ndH(4,4,1,3)=-1.3f*1000;  ndS(4,4,1,3)=-5.3f;    // TT/AG
+	ndH(4,4,3,1)=1.0f*1000;   ndS(4,4,3,1)=0.9f;     // TT/GA
+//	ndH(4,4,3,3)=5.8f*1000;   ndS(4,4,3,3)=16.3f;    // TT/GG
+
+	// A-A Mismatches
+	ndH(1,1,1,4)=4.7f*1000;   ndS(1,1,1,4)=12.9f;    // AA/AT
+	ndH(1,1,4,1)=1.2f*1000;   ndS(1,1,4,1)=1.7f;     // AA/TA
+	ndH(1,2,1,3)=-2.9f*1000;  ndS(1,2,1,3)=-9.8f;    // AC/AG
+	ndH(1,3,1,2)=-0.9f*1000;  ndS(1,3,1,2)=-4.2f;    // AG/AC
+	ndH(1,4,1,1)=1.2f*1000;   ndS(1,4,1,1)=1.7f;     // AT/AA
+	ndH(2,1,3,1)=-0.9f*1000;  ndS(2,1,3,1)=-4.2f;    // CA/GA
+    ndH(3,1,2,1)=-2.9f*1000;  ndS(3,1,2,1)=-9.8f;    // GA/CA
+	ndH(4,1,1,1)=4.7f*1000;   ndS(4,1,1,1)=12.9f;    // TA/AA
+
+	// C-C Mismatches
+	ndH(1,2,4,2)=0.0f*1000;   ndS(1,2,4,2)=-4.4f;    // AC/TC
+	ndH(2,1,2,4)=6.1f*1000;   ndS(2,1,2,4)=16.4f;    // CA/CT
+	ndH(2,2,2,3)=3.6f*1000;   ndS(2,2,2,3)=8.9f;     // CC/CG
+	ndH(2,2,3,2)=-1.5f*1000;  ndS(2,2,3,2)=-7.2f;    // CC/GC
+	ndH(2,3,2,2)=-1.5f*1000;  ndS(2,3,2,2)=-7.2f;    // CG/CC
+	ndH(2,4,2,1)=0.0f*1000;   ndS(2,4,2,1)=-4.4f;    // CT/CA
+	ndH(3,2,2,2)=3.6f*1000;   ndS(3,2,2,2)=8.9f;     // GC/CC
+	ndH(4,2,1,2)=6.1f*1000;   ndS(4,2,1,2)=16.4f;    // TC/AC
+
+	// G-G Mismatches
+	ndH(1,3,4,3)=-3.1f*1000;  ndS(1,3,4,3)=-9.5f;    // AG/TG
+	ndH(2,3,3,3)=-4.9f*1000;  ndS(2,3,3,3)=-15.3f;   // CG/GG
+	ndH(3,1,3,4)=1.6f*1000;   ndS(3,1,3,4)=3.6f;     // GA/GT
+	ndH(3,2,3,3)=-6.0f*1000;  ndS(3,2,3,3)=-15.8f;   // GC/GG
+	ndH(3,3,2,3)=-6.0f*1000;  ndS(3,3,2,3)=-15.8f;   // GG/CG
+	ndH(3,3,3,2)=-4.9f*1000;  ndS(3,3,3,2)=-15.3f;   // GG/GC
+	ndH(3,4,3,1)=-3.1f*1000;  ndS(3,4,3,1)=-9.5f;    // GT/GA
+	ndH(4,3,1,3)=1.6f*1000;   ndS(4,3,1,3)=3.6f;     // TG/AG
+
+	// T-T Mismatches
+	ndH(1,4,4,4)=-2.7f*1000;  ndS(1,4,4,4)=-10.8f;   // AT/TT
+	ndH(2,4,3,4)=-5.0f*1000;  ndS(2,4,3,4)=-15.8f;   // CT/GT
+	ndH(3,4,2,4)=-2.2f*1000;  ndS(3,4,2,4)=-8.4f;    // GT/CT
+	ndH(4,1,4,4)=0.2f*1000;   ndS(4,1,4,4)=-1.5f;    // TA/TT
+	ndH(4,2,4,3)=-2.2f*1000;  ndS(4,2,4,3)=-8.4f;    // TC/TG
+	ndH(4,3,4,2)=-5.0f*1000;  ndS(4,3,4,2)=-15.8f;   // TG/TC
+	ndH(4,4,1,4)=0.2f*1000;   ndS(4,4,1,4)=-1.5f;    // TT/AT
+	ndH(4,4,4,1)=-2.7f*1000;  ndS(4,4,4,1)=-10.8f;   // TT/TA
+
+	// Dangling Ends
+	ndH(5,1,1,4)=-0.7f*1000;  ndS(5,1,1,4)=-0.8f;    // $A/AT
+	ndH(5,1,2,4)=4.4f*1000;   ndS(5,1,2,4)=14.9f;    // $A/CT
+	ndH(5,1,3,4)=-1.6f*1000;  ndS(5,1,3,4)=-3.6f;    // $A/GT
+	ndH(5,1,4,4)=2.9f*1000;   ndS(5,1,4,4)=10.4f;    // $A/TT
+	ndH(5,2,1,3)=-2.1f*1000;  ndS(5,2,1,3)=-3.9f;    // $C/AG
+	ndH(5,2,2,3)=-0.2f*1000;  ndS(5,2,2,3)=-0.1f;    // $C/CG
+	ndH(5,2,3,3)=-3.9f*1000;  ndS(5,2,3,3)=-11.2f;   // $C/GG
+	ndH(5,2,4,3)=-4.4f*1000;  ndS(5,2,4,3)=-13.1f;   // $C/TG
+	ndH(5,3,1,2)=-5.9f*1000;  ndS(5,3,1,2)=-16.5f;   // $G/AC
+	ndH(5,3,2,2)=-2.6f*1000;  ndS(5,3,2,2)=-7.4f;    // $G/CC
+	ndH(5,3,3,2)=-3.2f*1000;  ndS(5,3,3,2)=-10.4f;   // $G/GC
+	ndH(5,3,4,2)=-5.2f*1000;  ndS(5,3,4,2)=-15.0f;   // $G/TC
+	ndH(5,4,1,1)=-0.5f*1000;  ndS(5,4,1,1)=-1.1f;    // $T/AA
+	ndH(5,4,2,1)=4.7f*1000;   ndS(5,4,2,1)=14.2f;    // $T/CA
+	ndH(5,4,3,1)=-4.1f*1000;  ndS(5,4,3,1)=-13.1f;   // $T/GA
+	ndH(5,4,4,1)=-3.8f*1000;  ndS(5,4,4,1)=-12.6f;   // $T/TA
+	ndH(1,5,4,1)=-2.9f*1000;  ndS(1,5,4,1)=-7.6f;    // A$/TA
+	ndH(1,5,4,2)=-4.1f*1000;  ndS(1,5,4,2)=-13.0f;   // A$/TC
+	ndH(1,5,4,3)=-4.2f*1000;  ndS(1,5,4,3)=-15.0f;   // A$/TG
+	ndH(1,5,4,4)=-0.2f*1000;  ndS(1,5,4,4)=-0.5f;    // A$/TT
+	ndH(1,1,5,4)=0.2f*1000;   ndS(1,1,5,4)=2.3f;     // AA/$T
+	ndH(1,1,4,5)=-0.5f*1000;  ndS(1,1,4,5)=-1.1f;    // AA/T$
+	ndH(1,2,5,3)=-6.3f*1000;  ndS(1,2,5,3)=-17.1f;   // AC/$G
+	ndH(1,2,4,5)=4.7f*1000;   ndS(1,2,4,5)=14.2f;    // AC/T$
+	ndH(1,3,5,2)=-3.7f*1000;  ndS(1,3,5,2)=-10.0f;   // AG/$C
+	ndH(1,3,4,5)=-4.1f*1000;  ndS(1,3,4,5)=-13.1f;   // AG/T$
+	ndH(1,4,5,1)=-2.9f*1000;  ndS(1,4,5,1)=-7.6f;    // AT/$A
+	ndH(1,4,4,5)=-3.8f*1000;  ndS(1,4,4,5)=-12.6f;   // AT/T$
+	ndH(2,5,3,1)=-3.7f*1000;  ndS(2,5,3,1)=-10.0f;   // C$/GA
+	ndH(2,5,3,2)=-4.0f*1000;  ndS(2,5,3,2)=-11.9f;   // C$/GC
+	ndH(2,5,3,3)=-3.9f*1000;  ndS(2,5,3,3)=-10.9f;   // C$/GG
+	ndH(2,5,3,4)=-4.9f*1000;  ndS(2,5,3,4)=-13.8f;   // C$/GT
+	ndH(2,1,5,4)=0.6f*1000;   ndS(2,1,5,4)=3.3f;     // CA/$T
+	ndH(2,1,3,5)=-5.9f*1000;  ndS(2,1,3,5)=-16.5f;   // CA/G$
+	ndH(2,2,5,3)=-4.4f*1000;  ndS(2,2,5,3)=-12.6f;   // CC/$G
+	ndH(2,2,3,5)=-2.6f*1000;  ndS(2,2,3,5)=-7.4f;    // CC/G$
+	ndH(2,3,5,2)=-4.0f*1000;  ndS(2,3,5,2)=-11.9f;   // CG/$C
+	ndH(2,3,3,5)=-3.2f*1000;  ndS(2,3,3,5)=-10.4f;   // CG/G$
+	ndH(2,4,5,1)=-4.1f*1000;  ndS(2,4,5,1)=-13.0f;   // CT/$A
+	ndH(2,4,3,5)=-5.2f*1000;  ndS(2,4,3,5)=-15.0f;   // CT/G$
+	ndH(3,5,2,1)=-6.3f*1000;  ndS(3,5,2,1)=-17.1f;   // G$/CA
+	ndH(3,5,2,2)=-4.4f*1000;  ndS(3,5,2,2)=-12.6f;   // G$/CC
+	ndH(3,5,2,3)=-5.1f*1000;  ndS(3,5,2,3)=-14.0f;   // G$/CG
+	ndH(3,5,2,4)=-4.0f*1000;  ndS(3,5,2,4)=-10.9f;   // G$/CT
+	ndH(3,1,5,4)=-1.1f*1000;  ndS(3,1,5,4)=-1.6f;    // GA/$T
+	ndH(3,1,2,5)=-2.1f*1000;  ndS(3,1,2,5)=-3.9f;    // GA/C$
+	ndH(3,2,5,3)=-5.1f*1000;  ndS(3,2,5,3)=-14.0f;   // GC/$G
+	ndH(3,2,2,5)=-0.2f*1000;  ndS(3,2,2,5)=-0.1f;    // GC/C$
+	ndH(3,3,5,2)=-3.9f*1000;  ndS(3,3,5,2)=-10.9f;   // GG/$C
+	ndH(3,3,2,5)=-3.9f*1000;  ndS(3,3,2,5)=-11.2f;   // GG/C$
+	ndH(3,4,5,1)=-4.2f*1000;  ndS(3,4,5,1)=-15.0f;   // GT/$A
+	ndH(3,4,2,5)=-4.4f*1000;  ndS(3,4,2,5)=-13.1f;   // GT/C$
+	ndH(4,5,1,1)=0.2f*1000;   ndS(4,5,1,1)=2.3f;     // T$/AA
+	ndH(4,5,1,2)=0.6f*1000;   ndS(4,5,1,2)=3.3f;     // T$/AC
+	ndH(4,5,1,3)=-1.1f*1000;  ndS(4,5,1,3)=-1.6f;    // T$/AG
+	ndH(4,5,1,4)=-6.9f*1000;  ndS(4,5,1,4)=-20.0f;   // T$/AT
+	ndH(4,1,5,4)=-6.9f*1000;  ndS(4,1,5,4)=-20.0f;   // TA/$T
+	ndH(4,1,1,5)=-0.7f*1000;  ndS(4,1,1,5)=-0.7f;    // TA/A$
+	ndH(4,2,5,3)=-4.0f*1000;  ndS(4,2,5,3)=-10.9f;   // TC/$G
+	ndH(4,2,1,5)=4.4f*1000;   ndS(4,2,1,5)=14.9f;    // TC/A$
+	ndH(4,3,5,2)=-4.9f*1000;  ndS(4,3,5,2)=-13.8f;   // TG/$C
+	ndH(4,3,1,5)=-1.6f*1000;  ndS(4,3,1,5)=-3.6f;    // TG/A$
+	ndH(4,4,5,1)=-0.2f*1000;  ndS(4,4,5,1)=-0.5f;    // TT/$A
+	ndH(4,4,1,5)=2.9f*1000;   ndS(4,4,1,5)=10.4f;    // TT/A$
+
+	return;
+}
+
+int nparam_CountGCContent(char * seq ) {
+	int lseq = strlen(seq);
+	int k;
+	double count = 0;
+	for( k=0;k<lseq;k++) {
+		if (seq[k] == 'G' || seq[k] == 'C' ) {
+			count+=1;
+		}
+	}
+	return count;
+}
+
+void nparam_CleanSeq (char* inseq, char* outseq, int len)
+{
+	int seqlen = strlen (inseq);
+	int i, j;
+
+	if (len != 0)
+		seqlen = len;
+
+	outseq[0]='x';
+
+	for (i = 0, j = 0; i < seqlen && outseq[0]; i++,j++)
+	{
+		switch (inseq[i])
+		{
+		case 'a':
+		case '\0':
+		case 'A':
+			outseq[j] = 'A'; break;
+		case 'c':
+		case '\1':
+		case 'C':
+			outseq[j] = 'C'; break;
+		case 'g':
+		case '\2':
+		case 'G':
+			outseq[j] = 'G'; break;
+		case 't':
+		case '\3':
+		case 'T':
+			outseq[j] = 'T'; break;
+		default:
+			outseq[0]=0;
+		}
+	}
+	outseq[j] = '\0';
+}
+
+//Calculate TM for given sequence against its complement
+double nparam_CalcSelfTM(PNNParams nparm, char* seq, int len)
+{
+	const unsigned long long minus1 = 0xFFFFFFFFFFFFFFFFLLU;
+	const double NaN = *((double*)&minus1);
+	double thedH = 0;
+	//double thedS = nparam_GetInitialEntropy(nparm);
+	double thedS = -5.9f+nparm->rlogc;
+	double mtemp;
+	char c1;
+	char c2;
+	char c3;
+	char c4;
+	unsigned int i;
+	char nseq[50];
+	char *useq = seq;
+
+	nparam_CleanSeq (seq, nseq, len);
+	if (!nseq[0])
+	         return NaN;
+	useq = nseq;
+
+	for ( i=1;i<len;i++)
+	{
+		c1 = GETREVCODE(useq[i-1]); //nparam_getComplement(seq[i-1],1);
+		c2 = GETREVCODE(useq[i]); //nparam_getComplement(seq[i],1);
+		c3 = GETNUMCODE(useq[i-1]);
+		c4 = GETNUMCODE(useq[i]);
+
+
+		thedH += nparm->dH[c3][c4][c1][c2];//nparam_GetEnthalpy(nparm, c3,c4,c1,c2);
+		thedS += nparam_GetEntropy(nparm, c3,c4,c1,c2);
+	}
+	//printf("------------------\n");
+	mtemp = nparam_CalcTM(thedS,thedH);
+		//fprintf(stderr,"Enthalpy: %f, entropy: %f, seq: %s  rloc=%f\n", thedH, thedS, useq, nparm->rlogc);
+		//exit (0);
+	return mtemp;
+}
+
+double nparam_CalcTwoTM(PNNParams nparm, char* seq1, char* seq2, int len)
+{
+	const unsigned long long minus1 = 0xFFFFFFFFFFFFFFFFLLU;
+	const double NaN = *((double*)&minus1);
+	double thedH = 0;
+	//double thedS = nparam_GetInitialEntropy(nparm);
+	double thedS = -5.9f+nparm->rlogc;
+	double mtemp;
+	char c1;
+	char c2;
+	char c3;
+	char c4;
+	unsigned int i;
+	char nseq1[50];
+	char nseq2[50];
+	char *useq1;
+	char *useq2;
+
+	nparam_CleanSeq (seq1, nseq1, len);
+	if (!nseq1[0])
+	         return NaN;
+	useq1 = nseq1;
+
+	nparam_CleanSeq (seq2, nseq2, len);
+	if (!nseq2[0])
+	         return NaN;
+	useq2 = nseq2;
+
+	//fprintf (stderr,"Primer : %s\n",useq);
+	for ( i=1;i<len;i++)
+	{
+		c1 = GETREVCODE(useq2[i-1]); //nparam_getComplement(seq[i-1],1);
+		c2 = GETREVCODE(useq2[i]);   //nparam_getComplement(seq[i],1);
+		c3 = GETNUMCODE(useq1[i-1]);
+		c4 = GETNUMCODE(useq1[i]);
+
+		//fprintf (stderr,"Primer : %s %f %f %d %d, %d %d %f\n",useq,thedH,thedS,(int)c3,(int)c4,(int)c1,(int)c2,nparam_GetEnthalpy(nparm, c3,c4,c1,c2));
+
+		thedH += nparm->dH[c3][c4][c1][c2];//nparam_GetEnthalpy(nparm, c3,c4,c1,c2);
+		thedS += nparam_GetEntropy(nparm, c3,c4,c1,c2);
+	}
+	//fprintf(stderr,"------------------\n");
+	mtemp = nparam_CalcTM(thedS,thedH);
+	//if (mtemp == 0)
+	//{
+	//	fprintf(stderr,"Enthalpy: %f, entropy: %f, seq: %s\n", thedH, thedS, useq);
+		//exit (0);
+	//}
+	return mtemp;
+}
+
+double calculateMeltingTemperatureBasic (char * seq) {
+	int gccount;
+	double temp;
+	int seqlen;
+
+	seqlen = strlen (seq);
+	gccount = nparam_CountGCContent (seq);
+	temp = 64.9 + 41*(gccount - 16.4)/seqlen;
+	return temp;
+}
--- a/src/libthermo/nnparams.h
+++ b/src/libthermo/nnparams.h
@ -0,0 +1,63 @@
+/*
+ *  nnparams.h
+ *  PHunterLib
+ *
+ * Nearest Neighbor Model Parameters
+ *
+ *  Created by Tiayyba Riaz on 02/07/09.
+ *
+ */
+
+#ifndef NNPARAMS_H_
+#define NNPARAMS_H_
+
+#include <math.h>
+#include <string.h>
+//#include "../libecoprimer/ecoprimer.h"
+
+// following defines to simplify coding...
+#define ndH(a,b,c,d) nparm->dH[(int)a][(int)b][(int)c][(int)d]
+#define ndS(a,b,c,d) nparm->dS[(int)a][(int)b][(int)c][(int)d]
+#define forbidden_enthalpy 1000000000000000000.0f
+#define	R 1.987f
+#define	SALT_METHOD_SANTALUCIA 1
+#define	SALT_METHOD_OWCZARZY 2
+
+#define DEF_CONC_PRIMERS 0.0000008
+#define DEF_CONC_SEQUENCES 0
+#define DEF_SALT 0.05
+
+#define GETNUMCODE(a) bpencoder[a - 'A']
+#define GETREVCODE(a) 5-bpencoder[a - 'A']
+
+
+extern double forbidden_entropy;
+
+
+typedef struct CNNParams_st
+{
+	double Ct1;
+	double Ct2;
+	double rlogc;
+	double kplus;
+	double kfac;
+	int saltMethod;
+	double gcContent;
+	double new_TM;
+	double dH[6][6][6][6];  // A-C-G-T + gap + initiation (dangling end, $ sign)
+	double dS[6][6][6][6];
+}CNNParams, * PNNParams;
+
+void nparam_InitParams(PNNParams nparm, double c1, double c2, double kp, int sm);
+int nparam_CountGCContent(char * seq );
+double nparam_GetEntropy(PNNParams nparm, char x0, char x1, char y0, char y1);
+double nparam_GetEnthalpy(PNNParams nparm, char x0, char x1, char y0, char y1);
+double nparam_CalcTM(double entropy,double enthalpy);
+double nparam_CalcSelfTM(PNNParams nparm, char* seq, int len);
+double nparam_CalcTwoTM(PNNParams nparm, char* seq1, char* seq2, int len);
+
+double nparam_GetInitialEntropy(PNNParams nparm) ;
+double calculateMeltingTemperatureBasic (char * seq);
+//void getThermoProperties (ppair_t* pairs, size_t count, poptions_t options);
+
+#endif
--- a/tools/ecoPCRFormat.py
+++ b/tools/ecoPCRFormat.py
@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python2.7

 import re
 import gzip
@ -7,6 +7,9 @@ import sys
 import time
 import getopt

+_dbenable=False
+
+
 #####
 #
 #
@ -293,16 +296,19 @@ def emblEntryParser(entry):

 ######################

+_fastaSplit=re.compile(';\W*')
+
 def parseFasta(seq):
+    seq=seq.split('\n')
    title = seq[0].strip()[1:].split(None,1)
    id=title[0]
    if len(title) == 2:
-        field = title[1].split('; ')
+        field = _fastaSplit.split(title[1])
    else:
        field=[]
-    info = dict(x.split('=') for x in field if '=' in x)
+    info = dict(x.split('=',1) for x in field if '=' in x)
    definition = ' '.join([x for x in field if '=' not in x])
-    seq=(''.join([x.strip() for x in seq[1:]])).upper()
+    seq=(''.join([x.strip() for x in seq[1:]])).upper()   
    return id,seq,definition,info

  
@ -540,6 +546,7 @@ def ecoParseOptions(arguments):
            printHelp()
            exit()
        elif name in ('-t','--taxonomy'):
+            opt['taxmod']='dump'
            opt['taxdir']=value
        elif name in ('-n','--name'):
            opt['prefix']=value
@ -559,6 +566,7 @@ def ecoParseOptions(arguments):

    return opt,filenames

+
 def printHelp():
    print "-----------------------------------"
    print " ecoPCRFormat.py"
@ -579,6 +587,6 @@ if __name__ == '__main__':
    opt,filenames = ecoParseOptions(sys.argv[1:])
    
    taxonomy = readTaxonomyDump(opt['taxdir'])
-   
+    
    ecoDBWriter(opt['prefix'], taxonomy, filenames, opt['parser'])
Author	SHA1	Message	Date
coissac	40f2972bda	Actualiser src/libecoPCR/ecorank.c	2025-06-12 13:35:06 +00:00
coissac	7db34d77a4	Actualiser src/libecoPCR/ecotax.c	2025-06-12 13:34:30 +00:00
Eric Coissac	3503f66520	Update ecopcr.c to comment a debug message	2020-04-27 14:10:30 +02:00
Eric Coissac	9deb30a8c4	Patch a bug inducing that sequences were considered as circular whatever the -c option was present or not.	2020-04-27 12:07:28 +02:00
Celine Mercier	c4321036be	Fixed length computation bug introduced in last version	2019-01-22 15:17:59 +01:00
Celine Mercier	a92a7fa070	Fixed version + some git ignore things	2018-07-30 14:45:48 +02:00
Celine Mercier	bd1db764d4	Fixed a bug when primers would touch or overlap, producing amplicons of size <= 0	2018-07-26 19:03:59 +02:00
Celine Mercier	f0cca648ea	Version 0.8.0	2017-02-06 14:34:57 +01:00
Celine Mercier	573bd5bad7	Removed deprecated code in ecoPCRFormat	2017-02-06 11:24:32 +01:00
Celine Mercier	17387dae8d	Deleted OS X code specificities	2017-02-03 13:56:32 +01:00
Celine Mercier	18583c4d2e	Changed compilation flags and fixed typo in ecoPCR help	2017-02-03 11:36:36 +01:00
Celine Mercier	2dd4a217f1	Merge branch 'master' of https://git.metabarcoding.org/obitools/ecopcr	2017-02-01 17:12:18 +01:00
Celine Mercier	9a0d77535f	Fixing versioning problem with new version 0.6.0	2017-02-01 16:50:07 +01:00
Eric Coissac	b09bd1455b	Add license	2017-01-11 13:01:41 +01:00
Celine Mercier	194ec811f4	Fixes #2 by adding the missing -D option in the help	2015-05-19 13:52:35 +02:00
Eric Coissac	126bf80670	Convert svn:ignore properties to .gitignore.	2015-05-16 17:51:46 +02:00
Frédéric Boyer	46d086b215	unsufficient space allocated for handling strings in arguments git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@595 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2013-03-07 09:25:16 +00:00
Frédéric Boyer	0a62ff49cc	MOD: updated the help to include the -P option git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@424 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2012-05-16 11:56:36 +00:00
Frédéric Boyer	2452df90de	MOD: Added a [P]ath option displaying for each taxon its full path git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@423 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2012-05-16 11:43:33 +00:00
Frédéric Boyer	745d50cfa4	MOD: Corrected condition in getSon to handle the root of the taxonomy git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@422 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2012-05-16 07:52:28 +00:00
Eric Coissac	e2fe83fcb7	remove extra obitools directory from ecoPCR subversion archive git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@418 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2012-05-07 09:31:08 +00:00
Frédéric Boyer	2a118eedda	MOD: In the printRepeat function, corrected rdelta and ldelta management git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@417 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2012-05-07 09:14:09 +00:00
Céline Mercier	93c530e090	removed the "without temperature" option git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@416 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2012-05-04 14:53:33 +00:00
Eric Coissac	4e5d8893e5	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@390 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-12-05 12:59:34 +00:00
Eric Coissac	957a59eb5d	Add management of local taxa from the new extension of the OBI Taxonomy library git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@315 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-07-19 06:44:47 +00:00
Eric Coissac	9adf426abf	delta bug git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@310 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-06-30 15:26:36 +00:00
Eric Coissac	ae528e48f4	delta bug git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@309 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-06-30 15:12:38 +00:00
Eric Coissac	f53cc6d500	patch on printing git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@299 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-06-15 21:54:33 +00:00
Eric Coissac	8313c67a9b	syntax debug on ecopcr.c git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@297 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-05-25 16:35:30 +00:00
Eric Coissac	01173d22cf	add an hidden -D option git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@296 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2011-05-25 15:41:22 +00:00
Eric Coissac	87c2496447	patch a bug in Tm computation git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@260 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-05-23 12:30:16 +00:00
Eric Coissac	9867859237	patch for 64bits constants git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@244 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-02-24 15:10:11 +00:00
Eric Coissac	f6f39f58fe	patch Tm calculation to return NaN if one of the two sequence is composed with letters different than ACGT git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@243 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-02-24 15:00:11 +00:00
Eric Coissac	7331dd5612	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@242 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-01-22 09:21:04 +00:00
Eric Coissac	0214be011e	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@241 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-01-22 09:20:09 +00:00
Eric Coissac	1c30a8604f	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@240 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-01-22 09:19:36 +00:00
Eric Coissac	985d067bd8	New version 0.2 of ecoPCR, with Tm computation. Take care file format have change. You must use corresponding version of ecogrep You can use -t option to go back to the old format without tm computation git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@239 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-01-22 09:19:19 +00:00
Eric Coissac	f7e25b2082	New version 0.2 of ecoPCR, with Tm computation. Take care file format have change. You must use corresponding version of ecogrep You can use -t option to go back to the old format without tm computation git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@238 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2010-01-22 09:16:53 +00:00
Eric Coissac	ad6f493d0f	Accept to deal with sequence in lower case git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@217 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2009-05-13 13:21:10 +00:00
Eric Coissac	1428cd7499	patch online help in ecoPCR software git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@168 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2008-05-16 08:53:11 +00:00
Eric Coissac	708b7c387e	Sequence circularity, bug correction git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@167 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2008-04-28 16:46:18 +00:00
Eric Coissac	d863b7e48e	Manage sequence circularity git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@166 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2008-04-28 15:49:12 +00:00
Eric Coissac	4b74056af8	change reference column for taxonomy filtering in ecogrep.c git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@165 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2008-03-12 21:26:08 +00:00
Eric Coissac	f68f4af244	Add option to ecoPCRFormat to deal with an obischema db as taxonomy source git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@158 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2008-02-08 10:27:42 +00:00
Eric Coissac	a1141a77b5	-- git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@119 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2007-09-24 10:10:03 +00:00
Eric Coissac	6835206344	Add version file git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@118 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2007-09-24 10:07:39 +00:00
Eric Coissac	45c85a9f32	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@117 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2007-09-24 10:06:00 +00:00
Eric Coissac	471bf72bf9	Add rule for ecogrep build in makefile git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@116 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2007-09-24 09:58:48 +00:00
Eric Coissac	22ecb4b842	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@115 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2007-09-24 09:48:19 +00:00
Eric Coissac	bc4c7656c6	git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPCR/trunk@114 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d	2007-09-24 09:48:08 +00:00